博文
- 置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)
- 隐藏
- bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...
- viome肠道微生物检测笔记
- 最近在 肠道产业 微信公众号看到了这家公司的消息，之前一直是ubiome的消息，这反映了这样一个真理呀，行业老大的知名度才高，这老二老三知道的人就很少了。好像前面也了解过这家公司的一点信息，但是由于它是做健康生活方式管理 的，没怎么认真看。现在，趁着这个机会，学习一下这家公司的相关情况，做个笔记分享给大家。 ...
- 基于文献的冠心病遗传风险评分
- 想要阅读这篇文章是因为《遗传风险评分的原理与方法》这篇论文里提到了，想要进一步了解OR-GRS这个方法，于是挑选部分翻译了下。 Literature-Based Genetic Risk Scores for Coronary Heart Disease 摘要 背景 全基因组关联研究(GWAS)已经鉴定出许多与冠心病(CHD)或冠心病危险因素(RF)相关的单核苷酸多态性(SNPs)。 ...
- 久等了的QIIME 2 2020.2 更新来了
- QIIME 2 2020.2 更新踩着2月的尾巴来了！疫情仍在，学习的好时光呀，加油！这次更新有一些小的命令更改，已经把需要关注的重点更新 突出 显示。官方提醒下一次的更新发布是QIIME 2 2020.5，请持续关注更新。 有关安装最新的QIIME2发行版的详细信息，以及教程和其他资源，请查看QIIME2 2020.2文档 。如果您遇到任何问题， ...
- Excel实现序列反向互补
- 最近有需求需要把很多excel里的引物序列反向互补，当然，任何一个编程语言都能解决，可是编个脚本需要一定的时间，而且，跨平台性也不足够好吧。Excel就不一样了，人人电脑里有，天天用，如果能做一些小工具也是很棒的事嘛。Excel也是“万能”的，哈哈。这里，我通过百度，挑战一下Excel的极限，用公式解决。首先声明，公 ...
- ubiome数据分析流程学习笔记1
- 从科研的角度讲，肠道微生物的研究依然大热，cns大作文章层出不穷，带来新的idea和见解，另一方面，微生物产业却道路曲折，根据肠道产业公众号的报道： uBiome 仅以 1%残值出售知识产权 2019 年 12 月 17 日，已经在 9 月 4 日向美国破产法院申请破产保护的 uBiome 公司宣布，将其名下 246 项微生物相关专利和 30 万 ...
- [转载]QIIME2-2019.10更新学习笔记
- QIIME2 2019.10发布了，虽然已经是11月份，依然对这个版本有满满的期待，看看这个版本改进了什么吧！ 下一个版本将会是2020.1，虚拟机镜像将在下周发布。 发布亮点： QIIME 2 Framework 1.在TextFileFormat和BinaryFileFormat类中添加了一个view方法，该方法可简化类型转换（尤其是对于开发人员！）。 2.更新了规范QI ...
- PRS多基因评分教程学习笔记(一）
- 最近发现PRS是近两年比较热门的领域，从科学家对糖尿病等几种疾病的评分，到23andme对糖尿病的评估，发表的文章也越来越多，有必要学习一下他的基本过程。这里找到了一个比较详细的教程，学习和记录一下。教程是一个毕业于香港大学的博士写的，还是PRS分析软件PRSice-2的作者之一，地址放在这：https://choishingwan.githu ...
- 使用melonnpan通过扩增子或宏基因组测序数据有效预测微生物群落的代谢图谱
- Nature子刊：基于扩增子或宏基因组测序，预测菌群代谢组 Nature Communications ① MelonnPan是从菌群特征预测其代谢组的计算框架，给予模型上训练配对的代谢组和宏基因组，在新的菌群环境中预测潜在不可观察的代谢产物；② 将MelonnPan应用于两个独立的肠道宏基因组数据集，共220例受试者包括溃疡性结肠炎、克罗恩病和健 ...
- 画个草原之旅路线图
- 这周的六天时间，去了祖国的内蒙古，体验了草原的辽阔，人民的好客，精准扶贫开发的进展。由于报了个以大巴车为主要交通工具的团，行程两千公里以上，跨越半个中国，我突发奇想觉得画个路线图是一个多么好玩的事，于是，我一路上用地图记录经过和几个大的地点，决定使用R语言来画个图看看。 一、找到轮子 说干就干， ...
- 内蒙风光
- 这周的六天时间，去了祖国的内蒙古，体验了草原的辽阔，人民的好客，精准扶贫开发的进展。 从导游口中得知，内蒙古分东中西三部分，东部的呼伦贝尔大草原，水草丰茂，是内蒙古最美的地方，只是距离更遥远，成本更高。中部，也就是我这次去的地方，年平均降水量400MM，偏干旱，生态环境相对脆弱，草原容易沙化成沙漠， ...
