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- 置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)
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- bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...
- QIIME 2 2021.4发布啦
- 小编提示： 最值得关注的几点： 1、qiime2可以在galaxy中使用啦！ 2、q2-dada2denoise-paired增加了一个新的参数，使这种方法的用户能够 控制最小长度的前进/反向重叠 。此方法的的默认值12，和先前版本保持不变。 3、现在提供样本元数据是可选 qiime2可以在galaxy中使用啦！ QIIM ...
- 《高效R语言编程》笔记
- 1、跑分 直接是代码了。 #安装跑分包install.packages(c(microbenchmark,profvis))library(microbenchmark)#这个包默认运行程序100次，进行基准测试，获得微秒级差异df-data.frame(v-1:4,name-letters )microbenchmark(df ,df ,df$name )#纳表级别差异，第三 ...
- QIIME 2 2021.2 版本发布啦
- QIIME 2 2021.2 版本现已推出！感谢所有参与者的辛勤工作！ 提醒一下，我们下一个计划发布的QIIME 2计划于2021年4月发布（QIIME 2 2021.4），但请继续关注更新。 查看 QIIME 2 2021.2 文档 16 有关安装最新QIIME 2版本以及教程和其他资源的详细信息。如果您遇到任何问题，可以联系QIIME 2论坛！ 虚拟机将 ...
- Kraken2 Vs qiime2 16S物种注释
- 最早接触Kraken2这个软件是在宏基因组，但官网上说其实这个软件也是可以用于16S物种注释的。当时没怎么在意，后面发现有个美国肠道微生物检测公司Thryve是使用这个软件进行物种注释的。最近发现2020年9月的一篇文章是比较了kraken2和qiime2的物种注释结果，详细见 宏基因组公众号的文章 。 今天我要说的是亲自拿 ...
- SMURF流程之q2-sidle
- 前面已经完成了qiime2-sidle插件的安装，测试方法就是输入qiime： sidle Plugin for kmer-based marker gene reconstruction 出现了上面的选项，应该就说明已经安装成功了。 数据库准备 数据库准备是一劳永逸的，前面我们已经完成了数据库过滤 ...
- SMURF(5R)-Science封面文章使用的16S新流程(二)
- 前面介绍的SMURF流程的运行以失败告终了，不过这个是这篇文章的参考方法，至于这篇文章改进过的方法，还没有试过，这就试一下，顺便考虑是否能把6区的移植过来，搞个6R呢，可能，算法上有略微的区别，毕竟这篇Science研究的是肿瘤中的含量很少的微生物，用了严格的去污染策略，不管怎样，试试吧！ 1、环境准备 类似 ...
- SMURF-Science封面文章使用的16S新流程
- 肠道微生物是近两年的研究热点，但是去年登上Science封面的是一篇研究 肿瘤中的微生物 的文章，另人眼前一亮，有些肿瘤即使没有与外界环境相通，也是有微生物的存在的。外行看热闹，内行要看看他是具体怎么进行研究的。 首先是研究手段，并不是宏基因组，是16S，估计是由于肿瘤中的微生物含量过少，多数不能满 ...
- 学点深度学习
- 最近尝试入门点深度学习的内容，首先来个框架试试嘛，tensorflow2.0的GPU要求已经是nvida算力3.5以上的设备，当然，如果你能过G F W，tesla据说可以白嫖。想用自己的设备咋办呢，只有单纯CPU上了，那这速度就无语了，慢上几十倍，毕竟再差的GPU的核心数，也是cpu的几十倍，所以使用opencl，苹果metal等的框架是个不错的选 ...
- QIIME 2 2020.11发布啦
- 下一个更新将是2021.2 更新亮点 一般通告 1、在 q2-cutadapt 插件中发现了一个数据完整性错误，并在这个版本的 qiime2 中得到了修复。有关更多详细信息，请查看“ q2-cutapt 的 trim paired ， 在处理混合方向时 ”。 2、开发人员“staging”环境现在托管在 https://packages.qiime2.org ！staging ...
- ngs进行HLA分型的尝试
- Optitype 软件安装 最开始尝试使用docker，无奈悲剧的失败，发现bioconda有这个软件的，于是上conda，感觉比docker更方便呢。还有一个好处是，win10家庭版不支持docker，要想支持得修改注册表一通操作，太麻烦了。 # 下面两个命令选一就可以了 conda install -c bioconda optitype conda install -c biocon ...
