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置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)

隐藏 2017-9-21 13:04

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...

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SNP2HLA软件使笔记

2018-1-25 14:19

最近在尝试用芯片数据进行HLA分型，做做笔记。 1. 基本概念学习 Imputation ：中文名称叫做基因型填充，是根据已知的基因分型数据对未分型的数据进行预测。代表软件有MACH和IMPUTE。 plink :是基因型--表型分析软件，其ped文件格式前六列是家系、个体、父亲、母亲、性别（1男/2女/0其他） ...

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HLA分型软件总结

2018-1-17 13:42

HLA分型仍然是现在医学的难题，特别是在现在短读长测序依旧盛行的时代。虽然三代测序可有效解决HLA的测序，但现阶段成本较低的依旧是以illumina为首的测序分型。临床下在使用的金标准PCR-SBT技术存在分型不唯一的问题。主流的两家公司的产品，华大的5M panel，illumina的50k pannel，已经能满足临床的使用要求，能将分型 ...

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omictools的HLA分型软件爬取

2018-1-15 09:23

某天在生信技能树变异查找群里看到有个来自台湾的哥们要在合肥举办讨论R语言爬虫的讲座，引起了我的兴趣，刚好最近在学习HLA分型方面的内容，在omictools网站上测试一下。 1.工具名称爬取 首先安装上rvest的包，直接安装就可以了。然后，加载包，读取网址。代码参考自知乎教程： https://zhuanlan.zhihu.com ...

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简易tcga下载脚本

2018-1-9 15:24

如果你不懂代码，不懂网站规则，那么最简单的就是UCSC xena 浏览器啦！！！网站；https://xenabrowser.net/datapages/ 看到微信公众号生信技能树的jimmy总结的如此有规律的下载地址链接，我尝试用python写几句脚本下载一下tcga数据。 1.尝试用爬虫获得所有疾病条目 尝试写爬虫发现网页需要javascript，暂时没有搞定 ...

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(译)flexbar3.0--单指令多数据（SIMD）和多核并行

2017-12-22 09:15

文章原文： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28541403 1.摘要 高通量测序仪可以一次运行处理多个样品。 对于Illumina系统中，测序reads分别用额外的DNA标签（barcode）标记。 因此条形码和接头序列的识别在下一代测序数据的分析中通常是需要的。 Flexbar根据barcode进行样本测序数据的修剪和分离。 现代 ...

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kindle dx当显示器，凑合着用吧

2017-12-12 16:12

我的个人博客： http://blog.zd200572.com 和 www.zd200572.com 最近对大上科技的电纸书显示器很着迷，想着哪天可以来一台，但是那价格实在是感人，从4000多飙到5000多，文石有款3000多的，索尼大法更是只有信仰才会入手。 囊中羞涩的我只有从淘宝上看看有什么可以代替的，发现7年前产的dx，价格最便宜，只要1000不 ...

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