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- 置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)
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- bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...
- 2019年主流测序仪参数对比
- 大浪淘沙，好多基因测序仪厂家已经被历史的车轮甩在了滚滚红尘里，还余下几家大的公司屹立在市场上，有的正在垄断市场（Illumina），有的是正在急速掘起的翘楚(Oxford Nanopore, Pacbio)，还有的是国产的希望(华大智造)。今天，让我们来再看一下它们主流机器的参数，来对比下机器的性能。 华大智造 在“川建国”同志的大 ...
- ABO血型与SNP
- 根据SNPedia（一个snp维基百科式的网站）,以及果壳网上的一篇文章，来看一下我的血型，顺便还可以分辨你的血型抗原基因型，比如A和B型血，到底是AA（BB）还是AI(BI)。下面我就来看一下我的，当然准确率有限，因为： 其实通过SNP（Single Nucleotide Polymorphism,单核苷酸多态）位点检验ABO血型的方法早有研究，但是人群 ...
- 祖源探索"三步曲"
- 最近探索了一下祖源的分析，从R语言代码分析所有染色体的祖源成分，到Y染色体和线粒体，大概是三步，和大家分享一下： 一、R语言代码分析所有染色体的祖源成分 除了祖上有不间断的详细族谱的人（这毕竟是少数大家望族才能有的待遇），想必每个人都会对自己的祖上来自哪里充满了好奇，这也是许多人做基因检测的主要 ...
- aspera在mac和win下的使用命令整理
- 这两天在用mac下载ena的fastq数据，发现aspera connect，windows和mac版本的死活不会用呢，于是就学习了一下，发现一样是可以使用命令行的，这里是mac的，后面再整理下win的。 Mac的命令，找的比较辛苦 /Users/zd200572/Applications/AsperaConnect.app/Contents/Resources cpasperaweb_id_dsa.openssh&nbs ...
- 将QIIME2学习进行到底
- qiime2-2019.1已经发布，程序稳定性越来越好，鉴于官方已经停止支持qiime1，有必要把qiime2的所有细节都理清，学好，这样才能对自己的数据进行实战分析，并将结果运用于实验和生产过程中。发现文档更新也相当快，感谢公众号宏基因组翻译的文档，让我在看许多专业术语方面扫清不少障碍，但是你介于翻译过来的命令却已经过时 ...
- qiime2-2019.1更新学习笔记
- QIIME2 2019.1发布啦，继续紧跟步伐，看看更新了哪些内容，一并备忘。 这个发布生版本主要针对更新依赖环境，升级到了Python 3.6，一个新的 r-vegan Adonis visualizer，修复了一些小bugs，虚拟机镜像和新的预训练分类器立马可得。后面qiime2的发布节奏会是这样的： QIIME 2 2019.4 QIIME 2 2019.7 QIIME 2 2019. ...
- 肠型分析学习笔记
- 肠型，Enterotype，是2011年在这篇文章中提出的，即将过去的2018年又有20多们肠道微生物的大佬对肠型的概念进行了回顾和确认。一直比较好奇怎样来用代码分析肠型，今天找到了这个教程，放在这： 这是那篇原始的文章：Arumugam, M., Raes, J., et al. (2011) Enterotypes of the human gut microbiome, Nature,doi://10.10 ...
- [译]如何理解你的肠道微生物检测报告和数据
- https://www.vitamodularis.org/articles/how_to_interpret_your_microbiome_data.shtml 内容来自这篇文章，只是摘抄翻译了部分内容，英文好的直接出门左转到原文。 首先，作者提到了在国外几个较早的肠道菌检测机构和平台，美国肠道计划AGP，uBiome，Atlasbiomed，这三家，是西方人能做的其中几个。 然后，作者强调了HLA ...
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