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《高效R语言编程》笔记

已有 981 次阅读 2021-4-19 09:34 |系统分类:科研笔记

1、跑分

直接是代码了。

# 安装跑分包install.packages(c("microbenchmark","profvis"))library(microbenchmark)# 这个包默认运行程序100次,进行基准测试,获得微秒级差异df <- data.frame(v<-1:4,name<-letters[1:4])microbenchmark(df[3,2], df[3,"name"],df$name[3])# 纳表级别差异,第三种效率最高Unit: nanoseconds          expr  min   lq    mean median     uq   max neval
      df[3, 2] 8002 8202 8619.04 8402.0 8650.5 13902   100
 df[3, "name"] 8301 8501 9361.11 8701.5 9001.0 63001   100    df$name[3]  800  902 1246.00 1001.0 1101.0 19801   100# 性能测试profvis()把代码包里面就可以啦library("profvis")library(microbenchmark)profvis(
  expr = {
    x <- 1:1000    # cycle
    cs_for <- function(x){
      for (i in x) {
        if (i==1) {
          xc<- x[i]
        } else{
          xc <- c(xc,sum(x[1:i]))
        }
      }
      xc    }
    #apply
    cs_apply <- function(x){
      sapply(x, function(x) sum(1:x))
    }
    # cumsum
    microbenchmark(cs_for(x),cs_apply(x),cumsum(x))
  })# 查看系统信息Sys.info()
                                     sysname                                      release                                      version 
                                     "Linux"                          "4.15.0-96-generic" "# SMP Wed Apr 1 03:25:46 UTC 2020" 
                                    nodename                                      machine                                        login 
                             "VM-0-6-ubuntu"                                     "x86_64"                                    "unknown" 
                                        user                               effective_user 
                                  "zd2572"                                   "zd2072"

在这里插入图片描述

2、安装和加载包的简便快捷方法

# 更新R Windows, 其他系统需要下载或者系统命令更新installr::updateR()# 批量安装pkgs <- c('ggplot2','raster')install.packages(pkgs)# 批量加载,不使用require()是因为library()在包不存在时会报错inst <- lapply(pkgs, library,chracter.only=True)# 安装R包依赖项# Debian系sudo apt-cache r-cran-*sudo apt install r-cran-rgdal# Windowsinstallr::install.rtools()# 更新Rupdate.packages(ask=FALSE)# 可以将以下放在Rprofile文件的.Last函数,方便使用:utils::update.packages(ask=FALSE)

3、R的启动参数

这些启动参数可以添加到R启动命令中, 可以加快R的加载。

# 仅在工作目录下查找启动文件--no-environ 
--no-init  
# 不加载当前工作目录下的Rdata--no-restore# q()退出时不保存RAM对象--no-save# 加载基础RR --vanilla




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