留言板
- [50]sdyang68
- 我是一名普通高校的老师，年过不惑，做了几个转录组，也上过培训机构举办的生物信息培训班，但是总觉得还没有入门，编程软件也在自学，但是感觉到统计学很遥远，到底需要哪些统计学方面的知识，请您推荐一下合适的教材吧。多谢了。
- 我的回复(2013-11-29 13:02)：统计学教材我也没有系统地学过。我自己的经历是看文献中遇到什么统计问题就翻书或问人或看统计软件的帮助。自己的工作中的统计方法参加文献中的。
- [49]张成岗
- 登科兄：
欢迎批评我的一些新看法：
http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=40692&do=blog&id=740335
关于【心与肠】的真相大白——心理活动在肠中！
CZ @ 2013.11.10 08:13:13
- [48]张成岗
- 登科兄，您好！
欢迎批评指正我对于肿瘤的分析与思考：
就是这样（上）——你不得肿瘤，谁得肿瘤？——试论肿瘤的发生机制（CZ）
http://bbs.sciencenet.cn/blog-40692-736336.html
就是这样（下）——肿瘤患者的人生告别之旅：目前肿瘤治疗的误区和改良方案（CZ）
http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=40692&do=blog&id=737722
目前肿瘤中的很多哲学问题没有被弄清楚，所以国际学术界对于肿瘤的治疗迟迟没有办法，以至于大家以为肿瘤都是死症。
也欢迎您对我的其他相关博客提出宝贵的意见和建议：
再提【患者是检验医学的唯一标准】——【医患矛盾的根源所在】：
http://bbs.sciencenet.cn/blog-40692-736730.html
【再次向科学进军】，并再论【患者是检验医学的唯一标准】：
http://bbs.sciencenet.cn/blog-40692-730810.html
迄今为止我最为意外的科研成果——解决了便秘、肥胖等问题：
http://bbs.sciencenet.cn/blog-40692-729309.html
中医中药和西医西药不必争来争去——在便秘肥胖面前，哪个行？：
http://bbs.sciencenet.cn/blog-40692-717111.html
驼峰理论——胖人体内的脂肪是顶级的营养品，兼谈减肥逻辑：
http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=40692&do=blog&id=736503
主动预防，可以让人体远离理化因素对健康的影响，确保身体健康 ：http://bbs.sciencenet.cn/blog-40692-732416.html
浅论现代医学、现代药学、现代营养学的误区和改良之法：
http://bbs.sciencenet.cn/blog-40692-729707.html
（现代医学）悲剧的诞生：
http://bbs.sciencenet.cn/blog-40692-730131.html
未来的医学，必将是哲学的世界——呼唤思维定势的理性回归！：
http://bbs.sciencenet.cn/blog-40692-730062.html
‘血液脏’导致高血压和心血管疾病——高血压形成的原因分析：
http://bbs.sciencenet.cn/blog-40692-729308.html
我是不是一个【装模作样】的科技工作者？——兼论转化医学研究：
http://bbs.sciencenet.cn/blog-40692-736275.html
谢谢。
张成岗 @ 2013.11.05 07:02:55
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张成岗，研究员，室主任，电磁与激光生物学研究室
军事医学科学院放射与辐射医学研究所
蛋白质组学国家重点实验室(副主任)
地址：北京市太平路27号，邮政编码：100850
电话：010-66931590，传真：010-68169574
http://www.sciencenet.cn/blog/zcgweb.htm
http://www.researcherid.com/rid/B-1480-2009
Email: zhangcg@bmi.ac.cn, zcgweb@126.com
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- [47]王林波
- 您会招一个以前一直都是做湿实验的人读您的博士，或博后吗？？
- [46]王林波
- 牛老师，您好！季羡林先生，曾今说现代科学知识一味的分析、分析、再分析越分越细，比适合西方人的思维；而二十一世纪的科学可能是整合的科学，适合东方人的思维。不知道您是否认同这种看法？如果认同的话，在生物领域整合的方向会哪里呢？会是基因组学吗？？
-
我的回复(2013-10-15 09:01)：季羡林这句话很像哲学家的话。我感觉哲学家关于科学问题的话都是废话：说与不说没区别。
研究鸡蛋，如果你不打开蛋壳看看里面，只从“整体上”研究，研究一千年结果也很有限。同时，当我们打开了鸡蛋，了解了鸡蛋内部的组成成分，思考鸡蛋的功能（孵出小鸡或者给人类提供营养），当然需要综合各部分的知识。我认为，整合和分解应该是根据研究的问题，顺其自然。随着问题的改变可以随时调整。
- [45]zhifengmuyu
- 刚才问的有些唐突，请牛老师多包涵。如能赐教，不胜感激
- [44]zhifengmuyu
- 牛老师，您好，我是IT民工，硕士，已经工作多年，感叹软件实在是工具学科，唯养家糊口而已（也许是个人不够努力），一直就对生物感兴趣，要了解一些生物信息学发展，您的一句话感动我“对所有生命现象都感兴趣”。只是招生简章上看到您2014春似乎已经确定了博士生人选，是这样吗？ 如果是，能否在北京范围内给推荐几个生物信息方面的所或者最好是导师？ PS：我的想法是，要那种有生物学底蕴的地方，而不是单纯是拿大型计算机做生物计算的地方。多谢老师
- 我的回复(2013-9-23 08:17)：给我发邮件
- [43]lcy123
- 诚邀牛老师参与，不胜感激！愧于打扰。http://www.diaochapai.com/survey/a3544933-e58e-4b13-9b0d-a75c69f10e15
- [42]jenneyw
- 牛老师，您好！我是2014年毕业的本科生，今年获得本科学校的推免名额，对生物信息学有一点简单的接触，对您的研究方向也非常感兴趣，想攻读您的研究生，不知道您是否还有名额，我（jenneyw）的个人信息发送到您的邮箱。我对用内含子研究生物进化并结合生物信息学方法很有兴趣，特别希望能加入你的团队，很希望老师能够接收！
- 我的回复(2013-9-18 20:49)：很遗憾，我已经答应了另外一位同学来参加面试。你们都很优秀，不要因为不必要的竞争而丧失了免试读研的机会，联系其他导师吧。实在找不到合适的导师再考虑填报我这边。
- [40]宋小健
- 老师，我其实就是想去BGI，因为我看了很多BGI的报道，评价很高，过几天我还想去实地考察一下。老师您说不建议我去他们那里，因为感觉那里的研究像流水线，不适合培养人才。老师，您能说具体点吗？我们学校的老师也好像不要我去，说商业氛围太浓，而且老师都是些跟我一样大的人（但我们学校没有生物信息方面的老师）。。我虽然是个独立自由的人，但在关乎人生道路的选择上还是很希望能够听到各种不同甚至反对的声音。。期待老师的指点！！
- 我的回复(2013-8-24 00:03)：我对BGI的看法并没有建立在深入了解的基础上。
- 我的回复(2013-8-23 23:19)：你既然要去看看，还是相信你自己吧。我的看法也不一定准确。
- [39]宋小健
- 老师好！我是学生物的，现在大三结束了，我对生物信息、基因组学很感兴趣。我认为从生命最基本的东西来认识生命才能更好的理解生命的本质！同时我想到，如果信息技术与生命技术完美结合，将会对人类社会产生不可思议的影响！！老师您是研究生物信息的，肯定对国内外研究生物信息的高校和科研机构很了解。我主要希望老师能够为我考研择校指点一下迷津。请老师推荐一些国内生物信息科研，教学比较好的高校，科研单位，研究院等等。。谢谢老师！
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我的回复(2013-8-23 17:07)：首先是我们这里啦。
。你既然问我，就是想别的单位，没关系。
国内做生物信息学和基因组学成果最多的是华大（BGI深圳）。但我不建议去他们那里。感觉那里的研究像流水线，不适合培养人才。其他的，北京生命科学研究所，中科院基因组所、遗传所、生物物理所、动物所、昆明动物所等很多单位都做得很好。高校相对差一些。但清华北大复旦浙大等名校也都很不错。竞争不太激烈但水平又很高的学校有华中农业大学、哈尔滨医科大学、内蒙古大学（可能在物理系而非生命科学学院）等。你自己上这些院所的网页，仔细研究研究老师们的研究内容和研究论文，然后自己判断吧。
- [38]王林波
- 谢谢牛老师的细致回复，我会再好好考虑考虑！还有一个问题，就是做干实验发大文章似乎很难，三大上的文章几乎都是湿实验的，您说这对以后的求职会不会有影响？
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我的回复(2013-8-18 14:30)：发顶尖期刊，生物信息相对来说确实难一些。但正当期刊、普通国际上普遍认可的专业期刊，生物信息就和湿实验差不多了，甚至好一些。
关键是，生物信息学省钱，对刚工作的人来说，不会因为经费少影响工作的开展。
大数据时代，人才缺考很大，这也是应该考虑的。
- [37]王林波
- 牛老师，您好！很喜欢您研究的方向-内含子的进化规律。我现在做的是湿实验，下半年就研二了，以后做科研想专做进化。您说我是直接直博读完湿实验的博士再转进化的方向好呢，还是读完硕士直接考进化的博士呢？其实我更倾向于后者，只是现在国内名校招收的都是硕博连读的，招收的博士名额实在有限，所以一直很矛盾。希望牛老师给予指点------
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我的回复(2013-8-16 21:10)：计划体制下的博士招生制度可能确实阻碍了你报考。我也担心你希望报考的导师都没有名额。以我这里为例，每年就一个名额，不管遇上多么优秀的学生都没用。我一般在春季与一年级的硕士生商量他们是否有意向转博，如果没有，暑假制定第二年的博士招生简章时，我才明确招统考考生。
当然，你的目标导师如果是院长、校长、院士级的，也许名额宽松一些。还有一种选择，就是出国读博士。
在干湿研究之间，我倾向于硕士三年湿研究就够了。大数据时代，社会上更需要分析数据的人，而产生数据的人相对不太缺乏。
- [36]wenxin7
- 老师，你好，我是14年的考研生，本科也是生物信息学，打算考北师大的生科院，只是近几年生物信息学被归并为生态学的一个方向，我不太理解，那假如我考上了是不是代表转专业了呢？？？并且我在贵校官网看到本身生态学里确实有一个生物信息方向，不过生物信息学叶包括四个方向。。。。。ps。可能问的有点乱。。。希望老师能回复我
- [35]Ivyyang100
- 牛老师您好！今天看了几组深海生物的图片，于是想请教您一些我突然想到的问题。
首先，我们知道深海环境是极度黑暗、压强极大、温度衡为0℃并且食物匮乏的。那么深海生物包括其它极端环境生物的祖先，为什么要舍弃环境温和的区域，而偏要选择在如此恶劣的环境中繁衍并演化至今的呢？这是我一直以来都好奇的问题。
其次，深海生物为了适应环境，而形成了非常奇异的外部形态。如果说是深海的特殊环境塑造了深海生物的外观，那么既然大环境是基本一致的，为什么有的物种棱角分明形，如鮟鱇鱼；而有的物种却长着柔软光滑的体态，如水滴鱼？
第三，既然深海压强巨大，我个人有一个比较幼稚简单的想法，那就是深海生物都应该是近似球形的外观。而事实上它们并不是像一般海洋生物那样，有着流线型的身体，也不是像我想的那样呈球形，而是非常奇异的各类形态，这是为什么呢？
第四，由于光线完全不能到达，深海环境极度黑暗，这又使深海生物演化出了两个大类，一是为了捕捉到更多更细微的光线而特化出巨大眼睛的类群，如毒蛇鱼；一是由于眼睛完全无用而逐渐退化的类群，如盲鳗。为什么在这方面，深海生物的演化并不一致呢？是与它们不同的摄食方式有关吗？我觉得这个很有意思。
以上是我刚刚想到的问题中的几个，我在这方面其实了解的并不是很多，只是觉得非常好奇，希望能够从生物进化等角度得到您的一些启发，谢谢老师！ -
我的回复(2013-8-8 09:04)：这些问题我也说不好。仅提供一些个人看法，供您参考。
“偏要选择在如此恶劣的环境中繁衍并演化至今的呢”。思考进化问题时，不要带有人的情感，自然界如果存在尚未被占领的生态位，生活在附近（不限只空间）生物，新产生的突变体就可能使其不再适应原生态位而是新生态位。没有方向的突变不断产生，如果没有新生态位存在，适应新的但不存在的环境的变异就被淘汰了。
关于体型，我不确定高压下近似球形就是最好的？对高压可能有别的适应机制，更有效。一旦出现，就可以摆脱体型的限制。适应各自的食物链等生态位特征进化出各自的形态结构。
每一生物，捕食、避险等行为适用的策略不同，走上不同的进化路线不难理解。
- [34]abiaogz
- 很喜欢您的空间，来顶你了！ http://www.lansdo.com
- [33]孙润红
- 不错，很不好的革新。
- [32]王书平
- 牛老师您好，我最近在用pymol软件对一个蛋白建模。在用pymol对一个蛋白的A、B两条链进行建模的过程中，如何添加链间的二硫键？形成二硫键的半胱氨酸在蛋白中的位置已经明确，我在链内进行添加的时候，可以添加，但是链间不行。谢谢您
- 我的回复(2013-4-27 16:14)：抱歉。我没接触过您所说的工作。
- [31]LRambo
- 牛老师，你好!
冒昧地请教一下一个不太科学的问题：是这样的，我发现一个现象，手指关节比较突出的人，上鄂牙齿好像都不太整齐，这其中是否有什么联系? -
我的回复(2013-4-25 22:10)：这就像动物能预感地震一下，你会越看越像你所想的。
科学的办法是统计，统计几百甚至更多人，确认这两个性状确实显著相关。如果确认了，再用现在基因组学特别流行的GWAS研究是否真正存在遗传基础。
在做这些研究之前，我只能说，你说的这个比动物能预感地震可能性稍大一些。因为没有任何现有知识理论与之矛盾。
