博文

各个生物密码子优化数据库

已有 14354 次阅读 2013-5-9 21:40 |个人分类:科研资源|系统分类:论文交流| 数据库, 密码

http://www.kazusa.or.jp/codon/

codon usage database

http://www.bioon.com/experiment/data/58761.shtml

因工作的需要，需要检查一下要表达的基因是否存在稀有密码子，所以捡起了多年前在课堂学过的知识。还是最为熟悉的guca网站，还有一个就是实验室介绍的codon usage database都是这方面的权威网站。

Guca主要是分析一段基因中，跟目标宿主菌的密码子偏好性相比，哪些密码子是稀有的。主要有两种方式：以二十种氨基酸为index和以三联密码子的顺序为index。前者（以一种氨基酸为例），给出编码这个氨基酸的所有密码子，然后以不同颜色显示基因和宿主的使用频率，各自以频率最高的密码子为100。所以两者相差较大的就很可能是转录瓶颈。

大肠杆菌进行表达的密码子优化

后者则是对应每个三联密码子只给出一个柱形表示，数值越高代表越是宿主菌的常用密码子，同样是以100为最高值。

大肠杆菌进行表达的密码子优化

同时，guca网站还提供了另外一种功能：比较不同宿主菌的密码子偏好性。

Codon usage database可以算是guca的一个支持，能提供很多生物的密码子使用情况，支持guca网站的调用。

有人曾经委托公司做了密码子的优化，他们改造的原则是，宿主菌里面表达这个蛋白的密码子的使用低于10%的，就进行优化。我顺便还看了一下Rosetta，这是通过质粒的形式编码表达了7个稀有密码子tRNA的菌株。以E. coli K12为宿主，查了一下其密码子偏好性，发现Rosetta改造的这7个密码子都是K12里面每个氨基酸的密码子里面使用情况小于13%的。但有一个让人迷惑的，就是编码Gly的密码子中，有2个密码子其使用频率都较小，但Rosetta却取了使用频率稍大的来进行改造，不知道还有什么原因。