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circRNA对microRNA的调控: 张俊鹏 2023-10-26 14:05; circRNA 对 microRNA 的调控尽管几十年前就发现了植物类病毒，但环状 RNA (circRNA) 的重要性直到 2012 年才被发现，当时对 RNA 测序的计算分析揭示了各种组织和细胞中的数百种环状 RNA 。环状 RNA 被归类为广泛表达的新型单链 RNA ，因为它们的闭环结构缺少 3‘ 和 5’ 末端。尽 ...; 个人分类: 科普|902 次阅读|没有评论

circRNA发现和分析的生物信息学工具箱: 张俊鹏 2023-10-25 08:58; circRNA 发现和分析的生物信息学工具箱环状 RNA (Circular RNA, circRNA) 是一种具有生物活性的核酸分子，与信使 RNA 相比，它以闭环 RNA 形式存在，缺乏聚腺苷化的尾部。 circRNA 通常被归类为非编码 RNA (Noncoding RNA ， ncRNA) ，尽管一些 circRNA 具有蛋白质编码潜能。 circRNA ...; 个人分类: 科普|726 次阅读|没有评论

circRNA海绵：广泛分析circRNA表达及其在miRNA海绵中的作用: 张俊鹏 2023-10-23 10:31; circRNA 海绵：广泛分析 circRNA 表达及其在 miRNA 海绵中的作用环状 RNA (circRNA) 被归类为长链非编码 RNA (lncRNA) ，尽管有报道称有少数环状 RNA 编码蛋白质。环状 RNA 的特点是其环状结构，这使得它们不容易降解。 circRNA 的生物发生可以通过前体信使 RNA (pre-mRNA) 的 ...; 个人分类: 科普|950 次阅读|没有评论

R和Bioconductor的单细胞多模态基准数据集: 张俊鹏 2023-10-20 10:56; R 和 Bioconductor 的单细胞多模态基准数据集了解分子与生理之间的定量关系推动了定量分析技术的发展，特别是单细胞测序。单细胞多模态组学技术将单细胞 RNA 测序与其他分子图谱 ( 如 DNA 序列、甲基化、染色质可及性、细胞表面蛋白和空间信息 ) 同时结合在同一个细胞中。例如，对来自同 ...; 个人分类: 科普|665 次阅读|没有评论

SCOM：刻画ncRNA协同竞争的泛癌特征揭示潜在致癌生物标志物: 张俊鹏 2023-10-18 09:35; SCOM ：刻画 ncRNA 协同竞争的泛癌特征揭示潜在致癌生物标志物恶性肿瘤是一类复杂的人类疾病，其特征是生长不受控制的恶性细胞扩散及组织浸润。根据最新的全球癌症报告根据国际癌症研究机构 (IARC) 统计，恶性肿瘤是最常见的全球第二大死亡原因，严重威胁人类生命和健康。根据恶性肿瘤细胞的类 ...; 个人分类: 科普|596 次阅读|没有评论

SWEET：用于破译疾病个体特征的单样本网络推理方法: 张俊鹏 2023-10-16 10:36; SWEET ：用于破译疾病个体特征的单样本网络推理方法在大多数情况下，特别是对于复杂疾病，表型变化被认为是难以通过单一分子 ( 如基因和蛋白质 ) 或途径完全阐明的。相反，复杂网络经常被用来表征生物过程中的扰动，因为网络结构会随着表型变化而改变。然而，目前作为背景的生物网络仍然不完整，并 ...; 个人分类: 科普|712 次阅读|没有评论

网络生物学的当前和未来方向: 热度 1 张俊鹏 2023-10-13 20:44; 网络生物学的当前和未来方向网络 ( 或图 ) 由一组节点 ( 或顶点 ) 组成，这些节点 ( 或顶点 ) 由一组边 ( 或链接 ) 连接。网络使我们能够研究复杂系统的特性，这些特性是由各个组成部分之间的相互作用产生的。网络已经成为表征各种现实世界现象的有力方式，包括技术、信息、交通、社会、金 ...; 个人分类: 科普|676 次阅读|2 个评论热度 1

P-CSN：偏细胞特异性网络分析单细胞测序数据: 张俊鹏 2023-10-11 13:42; P-CSN ：偏细胞特异性网络分析单细胞测序数据单细胞转录组测序 (scRNA-seq) 产生了大量的单细胞转录组数据，为我们在单个细胞水平上分析基因转录谱提供了机会。已经提出了许多用于分析 scRNA-seq 数据的计算方法，如降维方法、聚类方法和伪时间重建方法。基于这些方法，可以在复杂组织中发现新的或 ...; 个人分类: 科普|905 次阅读|没有评论

NetRank：基于网络的生物标志物发现方法: 张俊鹏 2023-10-9 18:49; NetRank ：基于网络的生物标志物发现方法在肿瘤学领域，基因表达是疾病进展及其结果预测的有力指标。几十年来，微阵列和 RNA 测序已被广泛用于通过量化癌症患者 RNA 数据中基因的表达水平与健康个体的平均水平相比，以生物标志物特征的形式来研究概况。为此，引入了几种经典的统计方法，如 DESeq ...; 个人分类: 科普|1271 次阅读|没有评论

Normi：利用非冗余互信息推断单细胞基因调控网络: 张俊鹏 2023-10-7 19:52; Normi ：利用非冗余互信息推断单细胞基因调控网络每个生物体内都存在着由基因组成的各种网络，称为基因调控网络 (gene regulatory networks, GRNs) ，可以用来解释基因之间如何相互调控。近几十年的研究证明，这些看不见的 GRN 是细胞周期、细胞分化等细胞功能等生物活动的基础。从基因表达谱推断 ...; 个人分类: 科普|1092 次阅读|没有评论

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