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edgeR 4.0：支持小计数和大数据的差异表达分析升级版: 张俊鹏 2024-2-26 09:04; edgeR 4.0 ：支持小计数和大数据的差异表达分析升级版在过去的 15-20 年里，下一代测序 (NGS) 已经彻底改变了生物医学研究。 RNA-seq 已成为分析基因和转录物表达的标准技术，而其他技术如 ChIP-seq 、 ATAC-seq 、 CUTTag 、 BS-seq 和 Hi-C 则可以高分辨率地探索表达调控的分子机制 ...; 个人分类: 科普|973 次阅读|没有评论

PTC：识别miRNA-mRNA在生物过程中的相互作用: 张俊鹏 2024-2-23 17:08; PTC ：识别 miRNA-mRNA 在生物过程中的相互作用确定表征生物过程的 microRNAs (miRNAs) 和信使 RNA (mRNA) 之间的调控关系是一项至关重要的任务。例如， Gregory 等发现 miR-200c 在上皮到间充质转化 (Epithelial to Mesenchymal Transition, EMT) 过程中调控 ZEB1 ，这是癌症转移的关键过程，因 ...; 个人分类: 科普|1388 次阅读|没有评论

空间转录组学技术、数据资源和分析方法指南: 张俊鹏 2024-2-21 09:54; 空间转录组学技术、数据资源和分析方法指南包括人类在内的多细胞生物是由组织和器官组成的，这些组织和器官都专门从事单一的生物过程，由大量的细胞组成。尽管构成多细胞生物的数百种细胞都共享相同的基因组，但它们的基因表达模式却截然不同。这种差异不仅是由内部基因调控引起的，而且是由来自外部组织微环境的信号 ...; 个人分类: 科普|1279 次阅读|没有评论

STIGMA：单细胞组织特异性基因优先排序: 张俊鹏 2024-2-19 10:07; STIGMA ：单细胞组织特异性基因优先排序下一代测序方法的广泛引入使得基因分析在临床环境中成为常规。它有利于正在进行的基因发现、功能注释和疾病映射 ( 例如， HPO, OMIM) ，以及在这些基因中调用、注释、优先排序和过滤变体 ( 例如， gnomAD, DECIPHER) 的工具和资源的改进。因此，基因组或外显子组测 ...; 个人分类: 科普|879 次阅读|没有评论

scMayoMap：单细胞RNA测序数据的细胞类型注释工具: 张俊鹏 2024-2-16 09:16; scMayoMap ：单细胞 RNA 测序数据的细胞类型注释工具在多细胞物种中，组织由不同的细胞类型构成，支持高度特定的功能。单细胞测序 (scRNA-seq) 技术的发展增强了我们了解这些单个细胞分子谱的能力，使我们能够研究发育、衰老、健康和疾病背景下复杂组织的异质细胞组成。在 scRNA-seq 数据分析中，细胞类型 ...; 个人分类: 科普|1514 次阅读|没有评论

scGeneRAI：可解释人工智能的单细胞基因调控网络预测: 张俊鹏 2024-2-15 20:26; scGeneRAI ：可解释人工智能的单细胞基因调控网络预测在与癌症的斗争中，治疗决策越来越依赖于肿瘤的分子特征，而癌症组织的分子谱分析正成为常规诊断的一个组成部分。尽管如此，在许多情况下，治疗结果只能根据分子特性进行预测，这表明当前标记物与其对肿瘤发生或治疗耐药性的功能含义之间存在差异。从转录组学 ...; 个人分类: 科普|1305 次阅读|没有评论

DeepRIG：用图形自编码器模型从单细胞转录组推断基因调控网络: 张俊鹏 2024-2-15 20:25; DeepRIG ：用图形自编码器模型从单细胞转录组推断基因调控网络与批量 RNA 测序 (RNA-seq) 技术相比，单细胞 RNA-seq (scRNA-seq) 数据提供了鉴定细胞异质性和动态细胞分化生物学过程的机会。在 scRNA-seq 数据中，基因调控网络 (GRN) 的重建可以成功揭示细胞分化机制。 GRN 是在基因水平上描述复杂生 ...; 个人分类: 科普|1107 次阅读|没有评论

SCA：基于信息降维恢复单细胞异质性: 张俊鹏 2024-2-10 10:17; SCA ：基于信息降维恢复单细胞异质性单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 产生单个细胞的转录本计数，使生物组织的细粒度分析成为可能。单细胞数据集可以揭示在生物和病理现象中起关键作用的细胞群体和基因相互作用。识别和表征这种异质性是许多单细胞实验的关键动力。然而，单细胞数据的大小、高维和噪 ...; 个人分类: 科普|915 次阅读|没有评论

GEARS：预测多基因扰动的转录结果: 热度 1 张俊鹏 2024-2-7 08:35; GEARS ：预测多基因扰动的转录结果细胞对遗传扰动的转录反应揭示了细胞如何运作的基本见解。转录反应可以描述多种功能，从基因调控机制如何帮助维持细胞身份到调节基因表达如何逆转疾病表型。这对生物医学研究，特别是在开发个性化治疗方面具有重要意义。例如，通过基因扰动研究来验证药物靶点，增加了临床试验成 ...; 个人分类: 科普|1260 次阅读|1 个评论热度 1

组学基准的挑战和最佳实践: 张俊鹏 2024-2-5 09:00; 组学基准的挑战和最佳实践组学技术产生大量的高维数据，可以使用各种计算方法和算法进行分析，以提取有意义的生物信息。这些分析方法的准确性、灵敏度、特异性和效率可能因所问的具体问题和输入的数据而有很大差异。通过执行严格的基准测试——比较不同分析方法的性能——研究人员可以确保他们的分析是基于最有效的审 ...; 个人分类: 科普|673 次阅读|没有评论

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