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一份真核生物环状RNA命名指南: 张俊鹏 2023-2-11 09:03; 一份真核生物环状 RNA 命名指南真核信使 RNA 转录本的选择性剪接通常会导致从单个基因位点产生几种成熟的 RNA ，包括线性 RNA 和环状 RNA （ circRNAs ）。环状 RNA 的名称通常是模棱两可的，在研究中缺乏一致性。本次介绍的指南呼吁业界采用通用命名法来命名环状 RNA ，以确保清晰性 ...; 个人分类: 科普|843 次阅读|没有评论

局部细胞特异性网络识别方法LocCSN: 张俊鹏 2023-2-8 15:04; 局部细胞特异性网络识别方法 LocCSN 单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）为单个细胞提供了高通量 RNA 表达，揭示了细胞群的异质性。基于单细胞测序数据，计算方法让细胞类型分类、新型细胞类型识别和轨迹分析成为可能。然而，在这些方法中，很少有人关注基因 - 基因相关关系和转录网络（揭示许多重要 ...; 个人分类: 科普|780 次阅读|没有评论

RNA修饰关联的“读出、擦除、写入”蛋白靶标数据库：RM2Target: 张俊鹏 2023-2-3 17:06; RNA 修饰关联的“读出、擦除、写入”蛋白靶标数据库： RM2Target 众所周知， RNA 修饰在调节 RNA 代谢中起着关键作用，如基因转录、 RNA 稳定性、 RNA 剪接、核定位和翻译。 RNA 修饰由三种不同类型的蛋白质动态介导即“读出、擦除、写入”蛋白（ Writer 、 Erasers 和 Reader ， WE ...; 个人分类: 科普|1065 次阅读|没有评论

单细胞组学测序在脑疾病中的应用: 张俊鹏 2023-1-30 11:00; 单细胞组学测序在脑疾病中的应用关于单细胞组学测序，在前几次已经发表了几篇公众文章。例如基于单细胞转录组数据差异表达基因识别（参见单细胞数据中数据特异性差异表达基因识别）、基于单细胞转录组数据的细胞类型自动识别方法（参见单细胞转录组数据细胞类型自动识别方法）、单细胞测序 ...; 个人分类: 科普|982 次阅读|没有评论

发育、稳态和癌症中的细胞竞争: 张俊鹏 2023-1-23 20:48; 发育、稳态和癌症中的细胞竞争在前面几次介绍中，我们主要介绍了细胞通讯或互作的基本概念（参见生物组织内细胞通讯）、识别方法和数据库（参见细胞通讯推理框架、细胞互作网络识别方法： CINS 、人类细胞互作数据库： CITEdb ）。除了通讯或互作，细胞之间还存在相互竞争的机理。 ...; 个人分类: 科普|861 次阅读|没有评论

LncRNA富集分析工具：LncSEA: 张俊鹏 2023-1-17 16:41; LncRNA 富集分析工具： LncSEA 关于基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis ， GSEA ），本公众号已经介绍了好几款使用的工具。例如，关于编码基因，已经介绍了 clusterProfiler 工具（ miRNA 富集分析之 clusterProfiler ）。关于非编码基因，介绍了 miRNA 集富集工具 TAM ...; 个人分类: 科普|979 次阅读|没有评论

带有权重的miRNA富集分析工具：wTAM: 张俊鹏 2023-1-14 14:09; 带有权重的 miRNA 富集分析工具： wTAM 基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis ， GSEA ）是生物信息学领域功能分析的常规操作，其背后的含义是给定基因集，寻找该基因集到底与哪些生物过程、信号通路等功能富集相关。这里，已知的生物过程、信号通路、疾病等与哪些基因相关肯定是 ...; 个人分类: 科普|868 次阅读|没有评论

细胞互作网络识别方法：CINS: 张俊鹏 2023-1-8 20:46; 细胞互作网络识别方法： CINS 细胞通讯或互作是多细胞生物的基本而重要的生命活动，关于其基本概念可以参见生物组织内细胞通讯。随着单细胞测序技术和空间转录组测序技术的发展，许多细胞通讯网络识别方法被开发出来，这些方法各有特色，因此统一识别的框架 LIANA 应运而（参见生细胞通讯推 ...; 个人分类: 科普|838 次阅读|没有评论

RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0: 张俊鹏 2022-12-30 21:07; RNA 与疾病关系数据库： RNADisease v4.0 在 RNA 研究领域， RNA 承载着疾病的发生和发展。这里， RNA 不仅包含非编码 RNA ，而且囊括蛋白质编码 RNA 。疾病对象不仅存在于动植物，而且还广泛分布在非动植物物种中。可以说， RNA 与疾病之间的关系，呈现多 RNA 类型、多物种和多疾病 ...; 个人分类: 科普|1087 次阅读|没有评论

EMT基因调控数据库：EMT-Regulome: 张俊鹏 2022-12-24 17:26; EMT 基因调控数据库： EMT-Regulome 在前两次，分别介绍了 EMT 标记物数据库 EMTome 和 EMT 基因数据库 dbEMT （分别参见 EMT 标记物数据库： EMTome 和 EMT 基因数据库： dbEMT ）。以往研究表明， EMT 受多个基因调控。那么， EMT 相关的基因调控关系、基元（ motifs ...; 个人分类: 科普|1221 次阅读|没有评论

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