科学网—zhangjunpeng的博文

动态基因网络中模拟生物干预效应

张俊鹏 2025-5-30 20:30

动态基因网络中模拟生物干预效应真核细胞在其基础状态下的功能及其对环境变化的反应是一种动态现象，涉及多个参与者以多种水平的调节级联激活。细胞外信号后多个基因的顺序激活（转录反应）是这种反应的关键步骤。其中一些基因是转录因子，它们级联激活其他基因，特别是编码蛋白质的基因，这些蛋白质是适应初 ...

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数据丰富时代对集体细胞迁移进行建模：挑战和机遇

张俊鹏 2025-5-26 09:45

数据丰富时代对集体细胞迁移进行建模：挑战和机遇集体细胞迁移涉及大量细胞作为一个内聚单元的协调运动，在发育、疾病和修复中起着至关重要的作用。这种集体行为是由复杂的细胞 - 细胞和细胞 - 环境相互作用驱动的，这使得很难区分主导的驱动机制。数学建模提供了一个理想的平台，可以对集体细胞迁移的不 ...

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借助Bioconductor社区开展生物数据科学教学

张俊鹏 2025-5-24 20:21

借助 Bioconductor 社区开展生物数据科学教学现代生物学研究在很大程度上依赖于高通量技术，包括测序、成像、细胞流和质谱法。这些技术生成了大量数据，这些数据需要多学科团队和复杂计算方法进行分析和解释。为了满足对生物学训练有素的数据科学家日益增长的需求，已经付出巨大努力来建立和传播教学最佳 ...

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生物信息学大模型基准

张俊鹏 2025-5-21 21:14

生物信息学大模型基准在过去十年中，高通量取得了快速进展，产生了大量的基因组、转录组和蛋白质组数据集。这推动了对创新计算方法的需求，从而能够从复杂生物数据集中提取新见解。虽然数据集解释是理解复杂生物现象的核心，但由于这些数据集固有的复杂性和数量，提取有意义的新颖见解是一项具有挑战性的工作 ...

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同一单细胞内染色质可及性和基因表达联合分析揭示癌症特异性调控程序

张俊鹏 2025-5-19 18:26

同一单细胞内染色质可及性和基因表达联合分析揭示癌症特异性调控程序肿瘤微环境（ TME ）的细胞异质性和可塑性强烈影响癌症的进展和肿瘤对治疗的反应。单细胞测序技术的出现揭示了基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组水平的肿瘤内异质性。这些技术可以以联合的方式描绘样本的多模式景观（即 “ 多组学 ...

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UKB-MDRMF：基于biobank数据的多疾病风险和多发病率框架

张俊鹏 2025-5-17 10:40

UKB-MDRMF ：基于 biobank 数据的多疾病风险和多发病率框架生物医学队列数据的持续增加为临床诊断和疾病分析中的稳健和全面建模提供了重要机会。然而，许多研究仍然侧重于预测或评估特定疾病或广泛疾病类别的风险，这限制了对风险因素和疾病间相关性的探索。此外，探索过程往往是分散的，缺乏整合多个 ...

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HCDT 2.0：高置信度药物靶点数据库

张俊鹏 2025-5-17 10:38

HCDT 2.0 ：高置信度药物靶点数据库新药开发是一个耗时耗力的过程，往往受到药物作用机制复杂性和耐药性出现的阻碍。将新药推向市场的平均成本估计约为 26 亿美元，从发现到上市需要十多年的时间。因此，迫切需要找到一种新的药物发现策略。常见的药物相互作用靶点包括基因、通路和 RNA ，药物能够与 ...

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单细胞转录组图谱中推断肿瘤微环境生态系统

张俊鹏 2025-5-12 13:13

单细胞转录组图谱中推断肿瘤微环境生态系统表达谱分析技术的最新进展显著加快了我们以单细胞和空间分辨率量化细胞表型的能力。单细胞转录组（ scRNA-seq ）能够以单细胞分辨率进行全转录组基因表达测量，并导致了与患者预后和治疗反应相关的细胞类型和转录状态的多项发现。空间表达谱分析技术以（亚）细胞 ...

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基因调控网络推理的机器学习方法

张俊鹏 2025-5-12 13:12

基因调控网络推理的机器学习方法基因表达是遗传信息合成功能产物（如 RNA 和蛋白质）的过程，在所有生物体中都至关重要。适当调控基因表达对于确保基因仅在必要时被激活以及其活性得到适当控制至关重要。基因表达的调控是通过理解基因和其他分子之间复杂的相互作用来实现的。当前，基因调控网络已经成为一 ...

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scContrast：基于对比学习的单细胞基因表达数据编码方法

张俊鹏 2025-5-8 10:51

scContrast ：基于对比学习的单细胞基因表达数据编码方法单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）使研究人员能够在单个细胞水平上分析基因表达，从而深入了解细胞异质性、发育过程和疾病机制。典型的 scRNA-seq 分析首先对相似的细胞进行聚类，并确定每个聚类的关键标记基因，以绘制分化通路或揭示疾病机制 ...

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