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miRNA活性识别之因果推理方法: 张俊鹏 2021-12-30 08:23; 写在前面因果推理模型除了识别 miRNA 靶基因（ miRNA 靶基因识别之 IDA ， miRNA 靶基因识别之 DirectTarget ， miRNA 靶基因识别之 JointIDA 和 miRNA 靶基因识别之 hiddenICP ），而且还能够识别 miRNA 活性。这次说一下基于因果推理方法识别 miRNA 活性。 01 — 动机 ...; 个人分类: 科普|2870 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别之hiddenICP: 张俊鹏 2021-12-28 11:48; 写在前面前三次说了基于因果推理方法识别 miRNA 靶基因（ miRNA 靶基因识别之 IDA ， miRNA 靶基因识别之 DirectTarget 和 miRNA 靶基因识别之 JointIDA ）。这次说一下基于 hiddenICP （ hidden I nvariant C ausal P rediction ）因果推理方法识别 miRNA 靶基因。 01 — ...; 个人分类: 科普|2758 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别之JointIDA: 张俊鹏 2021-12-23 11:09; 写在前面前两次说了基于 IDA （ I ntervention calculus when the D AG is A bsent ）因果推理方法识别 miRNA 靶基因（ miRNA 靶基因识别之 IDA 和 miRNA 靶基因识别之 DirectTarget ）。这次说一下基于 JointIDA （ Joint I ntervention calculus when the D AG is A bsent ）因果推理方法 ...; 个人分类: 科普|2305 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别之DirectTarget: 张俊鹏 2021-12-21 09:30; 写在前面上次说了基于 IDA （ I ntervention calculus when the D AG is A bsent ）因果推理方法识别 miRNA 靶基因（ miRNA 靶基因识别之 IDA ）。这次继续说基于 IDA 因果推理识别 miRNA 靶基因，方法为 DirectTarget 。 01 — 动机以往识别 miRNA 靶基因往往是直接和间接调控 ...; 个人分类: 科普|2175 次阅读|没有评论

EMT，你怎么那么多调控因子！: 张俊鹏 2021-12-17 10:13; 写在前面在前面文章（ miRNA 与 EMT ）中，已经介绍了 EMT （ Epithelial-Mesenchymal Transition ）基本概念及其相关的 miRNAs 。这次，通过一篇评论论文（图 1 ， Bracken, C.P., Goodall, G.J. The many regulators of epithelial − mesenchymal transition. Nat Rev Mol Cell Biol (2021). https:// ...; 个人分类: 科普|3645 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别之IDA: 张俊鹏 2021-12-16 09:31; 写在前面在前面文章（ miRNA 靶基因识别）中， miRNA 靶基因识别方法大致划分为相关分析法、回归分析法、贝叶斯网络法和因果推理法等。本次就专门说一下基于 IDA （ I ntervention calculus when the D AG is A bsent ）因果推理方法识别 miRNA 靶基因。有关因果推理方法简介参见以前文章（你想了解因果 ...; 个人分类: 科普|2775 次阅读|没有评论

听说你想了解生物信息学？: 张俊鹏 2021-12-14 10:05; 目前，生物信息学（ Bioinformatics ）概念还未统一。根据百度百科（ https://baike.baidu.com/item/%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6/207195 ）定义，生物信息学是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合 ...; 个人分类: 科普|3073 次阅读|没有评论

你看同行评审意见与作者回复吗？: 张俊鹏 2021-12-11 08:27; 写在前面随着开放获取（ Open Access ）学术论文出版方式的进一步普及，学术论文的附件信息越来越丰富了。近年来，这些附件信息中出现了 Peer Review （同行评审）文件的身影。该文件记录了学术论文的同行评审意见以及作者对这些评审意见的点对点回复。如果遇到自己感兴趣的学术论文，翻看 Peer Review 文件还是挺有 ...; 个人分类: 科普|3180 次阅读|没有评论

单细胞水平miRNA调控: 张俊鹏 2021-12-9 07:24; 写在前面在前面聊 miRNA 调控的计算机方法时（ miRNA 靶基因识别， miRNA 靶基因识别：下一步），所利用的转录组数据都是群细胞（ bulk-cell ）基因表达数据。在群细胞内，基因表达是一群细胞“合唱”的结果。然而，事实上每个细胞都是独一无二的。为了获取每个细胞“独唱”结果，单细胞测序技术应运而生。 ...; 个人分类: 科普|3495 次阅读|没有评论

miRNA协作之因果推理方法: 张俊鹏 2021-12-7 15:56; 写在前面在上次，介绍了识别 miRNA 协作的方法 MFSN （ miRNA 协作之 MFSN ）。 miRNA 协作的计算机方法还是有一些，这次就介绍两个基于因果推理的 miRNA 协作识别方法。一个是模拟单基因敲除因果推理方法 mirSRN ，另外一个是模拟多基因敲除因果推理方法 miRsyn 。 01 — 模拟单基因敲 ...; 个人分类: 科普|2278 次阅读|没有评论

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