写在前面 科学文献太多，收集起来之后都是 PDF 文档。现在想要弄清楚这些 PDF 文献之间的关系，怎么办？给定一个研究者，想知道该研究者与哪些研究者有合作关系？抑或，想知道某个杂志与哪些杂志有引文关系？这些关系共同构成了图谱网络，如何产生和可视化这些图谱网络呢？本次就说一下文献图谱可视化软件： VOSviewe ...
写在前面 存储、可视化和分析生物数据的交互式生物 Web 应用程序是生物信息学领域的一个重要课题。在生物数据分析和生物信息学领域， R 是最受欢迎的编程语言之一。然而，在 Shiny 工具包被 RStudio 公司于 2012 年开发之前， R 用户搭建交互式 Web 应用程序面临不小的挑战。 Shiny 通过将 R 代码编译成 HTML 、 CSS ...
写在前面 单细胞测序让我们能够在前所未有的精度水平下研究基因表达，该技术同时衍生了众多单细胞数据分析方法。目前单细胞数据分析方法繁多，如何从这些方法中挑选适用于用户自己的单细胞数据分析方法，成为了大家的关注点。基于此，本次推荐一份单细胞数据分析教程《 Current best practices in single-cell RNA-se ...
写在前面 在 PLoS Computational Biology 杂志中，曾经发表了一篇标题为《 Ten simple rules for biologists initiating a collaboration with computer scientists 》（图 1 ）的文章。当生物学家想与计算机学家合作时，里面的第一条规则是：不要试图将计算机学家变成生物学家（ Do not try to turn them into biolo ...
写在前面 基于单细胞转录组数据，我们有机会在单细胞精度水平下研究基因调控（ 单细胞水平 miRNA 调控 ）。在上次，已经推荐了 CSN （ C ell- S pecific N etwork ）方法来识别单细胞特异性基因网络。本次再介绍一个 CSN 改进方法： c-CSN （ C onditional C ell- S pecific N etwork ）。 ...
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