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你想了解因果推理吗？: 张俊鹏 2021-10-22 14:27; 写在前面 2021 年诺贝尔经济学奖一半授予 David Card （戴维·卡德），另一半授予 Joshua D. Angrist （乔舒亚· D ·安格里斯特）和 Guido W. Imbens （吉多· W ·因本斯）。其中， Joshua D. Angrist 和 Guido W. Imbens 的贡献是对因果关系分析的方法学（如图 1 ）。经济学与人类密切相关，而 ...; 个人分类: 科普|2112 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别：下一步: 张俊鹏 2021-10-21 09:40; 写在前面在上次，我们说了 miRNA 靶基因识别的三大类方法。留下了一个问题：如何选择合适的 miRNA 靶基因识别方法呢？我的回答：每个方法都可以选择，毕竟每种方法都具有数据特异性。作为后来的人，最关心的问题是：如果我想做 miRNA 靶基因识别，下一步如何下手？这次就围绕这个问题，从数据和算力两个维度展望一下 ...; 个人分类: 科普|1418 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别: 张俊鹏 2021-10-19 09:27; 写在前面在前面介绍中（ miRNA 是何方神圣？），我们已经知道， miRNA 和靶基因 mRNA 通过碱基互补配对原则来完成剪切、抑制翻译和蛋白质降解过程，在调控发育过程中有重要调节功能。那么，在计算机角度，如何识别 miRNA 靶基因呢？ 01 — 基于序列数据识别 miRNA 靶基因这个 ...; 个人分类: 科普|4051 次阅读|没有评论

机器学习资源库推荐一个: 张俊鹏 2021-10-16 08:16; 写在前面在机器学习领域，训练和测试数据是很普遍的操作。尤其是在机器学习领域的晚辈：人工智能领域，训练和测试数据尤其重要，并且它还要求数据量要大。如果开发了一个新的模型（例如分类模型），那么自然就想知道该新模型表现如何。这时就需要一些基准数据集（ benchmark data ）来训练和测试。今天就推荐一个 ...; 个人分类: 科普|1780 次阅读|没有评论

miRNA富集分析之clusterProfiler: 张俊鹏 2021-10-14 09:45; 写在前面关于 miRNA 富集分析，前面介绍的都是在线工具。在线工具的主要问题是数据更新问题。地球人都知道， miRNA 与表型或者 miRNA 靶基因与表型之间的关系数据库始终处于动态。如果用在线数据库（最新版本停留在 2020 年，不知道要等几年才更新）， miRNA 富集分析结果可能存在过时问题。那么，如何保持 miRNA 富 ...; 个人分类: 科普|3365 次阅读|没有评论

miRNA富集分析之miEAA: 张俊鹏 2021-10-12 09:42; 写在前面上回说过， TAM 2.0 专注于人类 miRNA 的富集分析，有没有工具能够做多个物种 miRNA 富集分析呢？当然是有的，今天就介绍一款多个物种的在线 miRNA 富集分析工具 miEAA （ https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/ ）。 01 — miEAA 历史 miEAA （图 1 ）是一款能够支持 ...; 个人分类: 科普|3329 次阅读|没有评论

SCI专刊推荐一个: 张俊鹏 2021-10-9 09:45; 写在前面在 Frontiers in Molecular Biosciences 杂志（ 2020_IF = 5.246 ）整了个 “ Computational Identification of ceRNA Regulation ” 主题专刊。一晃，该专题已开放近三个月了。为了能让更多相关领域的人能看见这个主题征稿，继续推荐一下。 01 — 征稿范围征稿范围主 ...; 个人分类: 征稿|1086 次阅读|没有评论

miRNA富集分析之TAM: 张俊鹏 2021-10-7 07:50; 写在前面上次介绍了一款 miRNA 富集分析在线工具 miRPath （ miRNA 富集分析之 miRPath ），但该工具只能够进行 miRNA 在 KEGG （ Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ， https://www.kegg.jp/ ）信号通路方面的富集分析。如果我想要富集其他表型，怎么办？这次就介绍一款 miRNA 富集分析在线工具 TAM ...; 个人分类: 科普|2798 次阅读|没有评论

miRNA富集分析之miRPath: 张俊鹏 2021-10-5 09:22; 写在前面一般而言，基因富集分析指的是给定一个基因集与先验表型（比如生物过程、信号通路或疾病等）的富集程度（显著性 p 值衡量）。如果 p 值越小，该基因集在统计水平下与某些先验表型显著性相关。因此，基因富集分析搭建了基因型与表型之间的桥梁。以往，基因富集分析专指编码基因的富集分析。那么作为非编 ...; 个人分类: 科普|4327 次阅读|没有评论

文献订阅App只推荐一个！: 张俊鹏 2021-10-2 12:52; 写在前面每天如果手动检索自己领域的最新文献，耗时耗力而且麻烦，另外还有检索不全的风险。以往许多工具也能够帮助了解领域的最新文献，例如 PubMed （ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ ）、 Stork 文献鸟（ https://www.storkapp.me/ ）、部分文献管理器（如 Mendeley ， https://www.mendeley.com/ ...; 个人分类: 科普|6135 次阅读|没有评论

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