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基于深度学习融合多模态数据以发现肿瘤生物标志物
张俊鹏 2023-4-26 10:22
基于深度学习融合多模态数据以发现肿瘤生物标志物 近几十年来，随着支持诊断和护理的临床数据不断增加，技术创新已经改变了医疗保健领域。特别是在癌症等与年龄相关的慢性疾病的背景下，医学正在朝着收集多模态患者数据的方向发展。整合不同模态数据可以增强我们对癌症的理解，并为精准医学铺平道路。这里， ...
个人分类: 科普|663 次阅读|没有评论
估计因果效应的局部因果发现
热度 1 张俊鹏 2023-4-24 11:31
估计因果效应的局部因果发现 根据观测数据估计平均治疗效果（ ATE ）通常需要结构知识，可以用因果图形式表示。虽然有丰富的文献提供了在已知因果图的情况下识别和估计因果效应的方法，但许多应用程序要求我们研究当因果图未知时， ATE 可能取的值。在这种情况下，我们可以（ i ）进行因果发现，使用 ...
个人分类: 科普|651 次阅读|2 个评论 热度 1
局部搜索以高效估计因果效应
张俊鹏 2023-4-21 15:10
局部搜索以高效估计因果效应 因果推理的基本任务之一是估计治疗对结果的因果效应（又称治疗效应）。因果效应估计在计算机科学、流行病学、心理学和计量经济学等许多领域引起了越来越多的关注。随机对照试验（ RCT ）被认为是估计因果效应的最可靠手段，但由于伦理问题和 / 或高昂的费用，随机对照试验往 ...
个人分类: 科普|557 次阅读|没有评论
癌症中药物-基因组互作概况
张俊鹏 2023-4-19 10:00
癌症中药物 - 基因组互作概况 癌症的发生是因为基因组中的体细胞变异改变了关键癌症基因的功能，其中许多变异被认为是临床治疗反应的决定因素。来自癌症基因组图谱（ TCGA ）和国际癌症基因组联合会（ ICGC ）的研究已经生成了涉及多种癌症类型肿瘤发生的癌症基因的综合目录。癌症的新兴景观指出 ...
个人分类: 科普|604 次阅读|没有评论
R神经网络包综述：准确性和易用性
张俊鹏 2023-4-17 13:50
R 神经网络包综述：准确性和易用性 作为任何开源平台的统计计算 R 项目，都依赖其贡献者来保持最新。受大脑本身的启发，神经网络是机器学习领域不断发展的一类模型， R 为其提供了许多工具。以前，神经网络通常被认为是理论上的，而不是实际的，部分原因是使用的算法计算成本很高。 术语 ...
个人分类: 科普|580 次阅读|没有评论
细胞标志物数据库：singleCellBase
张俊鹏 2023-4-12 08:09
细胞标志物数据库： singleCellBase 单细胞技术的发展为细胞异质性提供了前所未有的见解，在理解生物系统的内部方面取得了进展。这项革命性的技术使我们有更多的机会以单细胞分辨率来阐明不同组织的复杂细胞组成，这比生物样本中的大量细胞收集更具优势。单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 已经阐明了从免 ...
个人分类: 科普|513 次阅读|没有评论
分子组织生物学的空间组成
张俊鹏 2023-4-11 17:34
分子组织生物学的空间组成 多细胞生物的功能依赖于组织中细胞之间相互作用的平衡，组织是复杂、结构化和动态的细胞生态系统。在健康状态下，组织内不同的实质细胞和附属细胞类型之间进行动态分工，通过多种细胞的共同作用来维持内稳态。在疾病中，功能障碍通常跨越多种类型细胞，并伴随着组织成分、结构和组 ...
个人分类: 科普|503 次阅读|没有评论
单细胞数据预处理和质控分析工具：popsicleR
张俊鹏 2023-4-7 09:51
单细胞数据预处理和质控分析工具： popsicleR 不断增长的高维和复杂单细胞数据，迫切需要先进的计算专业知识，以有效地注释这些数据。与批量实验相比，由于单细胞数据集的固有异质性（实验协议和生物学背景方面有很大差异），其分析进一步复杂化。另外，软件工具之间有限的交互性和缺乏一致定义的标准程 ...
个人分类: 科普|539 次阅读|没有评论
生物网络融合方法：BIONIC
张俊鹏 2023-4-7 09:49
生物网络融合方法： BIONIC 高通量功能基因组学项目产生了数千个基因的大量生物学数据，这些数据通常被表示为基因 - 基因相互作用网络，它们将相关功能的基因或蛋白质连接起来。这些功能交互网络具有不同的假阳性率和假阴性率，集成它们有望生成更准确和完整的功能网络。然而，实验方法的多样性使得统 ...
个人分类: 科普|556 次阅读|没有评论
细菌必需非编码RNA资源：DBEncRNA
张俊鹏 2023-4-3 09:33
细菌必需非编码 RNA 资源： DBEncRNA 必须非编码 RNA （ essential ncRNA ）的概念来源于必须基因（ essential gene ），它指的是生物体生存所必不可少的 ncRNA 。在原核生物细菌中，必需 ncRNA 可 以作为药物开发的潜在靶标，以降低致病菌的耐药性。针对抗菌药物靶标发现和药物设计需 ...
个人分类: 科普|652 次阅读|没有评论
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