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癌症中药物-基因组互作概况: 张俊鹏 2023-4-19 10:00; 癌症中药物 - 基因组互作概况癌症的发生是因为基因组中的体细胞变异改变了关键癌症基因的功能，其中许多变异被认为是临床治疗反应的决定因素。来自癌症基因组图谱（ TCGA ）和国际癌症基因组联合会（ ICGC ）的研究已经生成了涉及多种癌症类型肿瘤发生的癌症基因的综合目录。癌症的新兴景观指出 ...; 个人分类: 科普|1093 次阅读|没有评论

R神经网络包综述：准确性和易用性: 张俊鹏 2023-4-17 13:50; R 神经网络包综述：准确性和易用性作为任何开源平台的统计计算 R 项目，都依赖其贡献者来保持最新。受大脑本身的启发，神经网络是机器学习领域不断发展的一类模型， R 为其提供了许多工具。以前，神经网络通常被认为是理论上的，而不是实际的，部分原因是使用的算法计算成本很高。术语 ...; 个人分类: 科普|1373 次阅读|没有评论

细胞标志物数据库：singleCellBase: 张俊鹏 2023-4-12 08:09; 细胞标志物数据库： singleCellBase 单细胞技术的发展为细胞异质性提供了前所未有的见解，在理解生物系统的内部方面取得了进展。这项革命性的技术使我们有更多的机会以单细胞分辨率来阐明不同组织的复杂细胞组成，这比生物样本中的大量细胞收集更具优势。单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 已经阐明了从免 ...; 个人分类: 科普|1783 次阅读|没有评论

分子组织生物学的空间组成: 张俊鹏 2023-4-11 17:34; 分子组织生物学的空间组成多细胞生物的功能依赖于组织中细胞之间相互作用的平衡，组织是复杂、结构化和动态的细胞生态系统。在健康状态下，组织内不同的实质细胞和附属细胞类型之间进行动态分工，通过多种细胞的共同作用来维持内稳态。在疾病中，功能障碍通常跨越多种类型细胞，并伴随着组织成分、结构和组 ...; 个人分类: 科普|1236 次阅读|没有评论

单细胞数据预处理和质控分析工具：popsicleR: 张俊鹏 2023-4-7 09:51; 单细胞数据预处理和质控分析工具： popsicleR 不断增长的高维和复杂单细胞数据，迫切需要先进的计算专业知识，以有效地注释这些数据。与批量实验相比，由于单细胞数据集的固有异质性（实验协议和生物学背景方面有很大差异），其分析进一步复杂化。另外，软件工具之间有限的交互性和缺乏一致定义的标准程 ...; 个人分类: 科普|1215 次阅读|没有评论

生物网络融合方法：BIONIC: 张俊鹏 2023-4-7 09:49; 生物网络融合方法： BIONIC 高通量功能基因组学项目产生了数千个基因的大量生物学数据，这些数据通常被表示为基因 - 基因相互作用网络，它们将相关功能的基因或蛋白质连接起来。这些功能交互网络具有不同的假阳性率和假阴性率，集成它们有望生成更准确和完整的功能网络。然而，实验方法的多样性使得统 ...; 个人分类: 科普|1373 次阅读|没有评论

细菌必需非编码RNA资源：DBEncRNA: 张俊鹏 2023-4-3 09:33; 细菌必需非编码 RNA 资源： DBEncRNA 必须非编码 RNA （ essential ncRNA ）的概念来源于必须基因（ essential gene ），它指的是生物体生存所必不可少的 ncRNA 。在原核生物细菌中，必需 ncRNA 可以作为药物开发的潜在靶标，以降低致病菌的耐药性。针对抗菌药物靶标发现和药物设计需 ...; 个人分类: 科普|1340 次阅读|没有评论

MicroRNA作为增强子上调基因表达水平: 张俊鹏 2023-3-31 17:46; MicroRNA 作为增强子上调基因表达水平 MicroRNAs (miRNAs) 是一种小的非编码 RNAs (ncRNAs) ，主要通过靶向细胞质中 mRNA 转录物 3 端非翻译区 (3’UTR) 来实现降解或翻译抑制。然而，最近的一些研究表明， miRNAs 也涉及到通过靶向启动子元件正向调节基因转录，这种现象被称为 RNA 激活 ( ...; 个人分类: 科普|2002 次阅读|没有评论

计算智能在癌症诊断、预后和治疗中的应用: 张俊鹏 2023-3-29 21:45; 计算智能在癌症诊断、预后和治疗中的应用癌症被认为是一种异质性疾病，可分为几种不同的亚型。根据世卫组织最近的报告，癌症是全球死亡的主要原因。因此，早期诊断、预后和分类是非常必要的，因为这有助于后续的临床管理和治疗计划。计算智能方法，包括人工神经网络、模糊逻辑、进化计算、各种机器学习和深 ...; 个人分类: 科普|1449 次阅读|没有评论

臣服实验: 张俊鹏 2023-3-27 18:52; 臣服实验经常推送学术文献，已经很久没有推送书籍了，这次推送一本可以算作是哲学的书籍《臣服实验》。其原版《 The Surrender Experiment: My Journey into Life’s Perfection 》在 2015 年就已经出版，并且很快成为畅销书籍。中文版，也就是《臣服实验》在 2019 年才问世（图 1 ）。我自己直到 ...; 个人分类: 科普|2624 次阅读|没有评论

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