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通过深度学习识别空间转录组学中的空间域：DeepST
张俊鹏 2023-5-14 19:13
通过深度学习识别空间转录组学中的空间域： DeepST 组织由不同的细胞组成，其空间组织对发挥其生物功能具有重要意义。空间转录组（ ST ）的最新进展，如 10×Visium （ https://www.10xgenomics.com/ ）、 Slideeq 和 Stereoseq ，使得通过原位测序在转录组水平上理解组织功能和细胞结构成为 ...
个人分类: 科普|1746 次阅读|没有评论
空间转录组学的整合分析方法
张俊鹏 2023-5-10 09:33
空间转录组学的整合分析方法 多细胞生物是由组成它们的细胞以及这些细胞之间的关系来定义的，这些细胞部分被细胞的空间组织所捕获。尽管单细胞转录组测序（ scRNA-seq ）在将细胞表征为独立元素方面产生了变革性的影响，但这种技术失去了细胞关系的许多方面，包括空间分布。新开发的工具专注于检测组织中 ...
个人分类: 科普|1714 次阅读|没有评论
自我监督学习食谱
张俊鹏 2023-5-8 12:12
自我监督学习食谱 自我监督学习被称为“智能的暗物质”，是推进机器学习的一条很有前途的道路。与受标记数据限制的监督学习不同，自我监督学习可以从大量未标记数据中学习。自我监督学习（ Self-supervised learning ， SSL ）支撑了深度学习在自然语言处理中的成功，导致从自动机器翻译到在未标记文本 ...
个人分类: 科普|1326 次阅读|没有评论
从跨学科对话视角模拟癌症的群体细胞行为
张俊鹏 2023-5-2 22:17
从跨学科对话视角模拟癌症的群体细胞行为 研究癌症的传统方法是研究单个细胞是如何通过一系列逐步突变获得生存、生长和移动能力的。对单个细胞的关注导致了对同源物和肿瘤抑制剂的功能、细胞周期检查点、细胞生长控制、 DNA 损伤修复和细胞死亡机制的重要发现；然而，它已经很难对癌症发展进行更全面和系 ...
个人分类: 科普|1294 次阅读|没有评论
单细胞RNA测序数据复杂分析
张俊鹏 2023-5-2 22:15
单细胞 RNA 测序数据复杂分析 单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）是一项真正革命性的技术，它极大地扩展了我们对各种生物细胞中转录组的异质性和动态性的理解。该方法于 2009 年首次用于研究第二分裂阶段的小鼠卵裂球。尽管已经证明，在基因表达的定量评估方面，单细胞测序优于微阵列技术，但当时 ...
个人分类: 科普|1583 次阅读|没有评论
基于深度学习融合多模态数据以发现肿瘤生物标志物
张俊鹏 2023-4-26 10:22
基于深度学习融合多模态数据以发现肿瘤生物标志物 近几十年来，随着支持诊断和护理的临床数据不断增加，技术创新已经改变了医疗保健领域。特别是在癌症等与年龄相关的慢性疾病的背景下，医学正在朝着收集多模态患者数据的方向发展。整合不同模态数据可以增强我们对癌症的理解，并为精准医学铺平道路。这里， ...
个人分类: 科普|1926 次阅读|没有评论
估计因果效应的局部因果发现
热度 1 张俊鹏 2023-4-24 11:31
估计因果效应的局部因果发现 根据观测数据估计平均治疗效果（ ATE ）通常需要结构知识，可以用因果图形式表示。虽然有丰富的文献提供了在已知因果图的情况下识别和估计因果效应的方法，但许多应用程序要求我们研究当因果图未知时， ATE 可能取的值。在这种情况下，我们可以（ i ）进行因果发现，使用 ...
个人分类: 科普|1466 次阅读|2 个评论 热度 1
局部搜索以高效估计因果效应
张俊鹏 2023-4-21 15:10
局部搜索以高效估计因果效应 因果推理的基本任务之一是估计治疗对结果的因果效应（又称治疗效应）。因果效应估计在计算机科学、流行病学、心理学和计量经济学等许多领域引起了越来越多的关注。随机对照试验（ RCT ）被认为是估计因果效应的最可靠手段，但由于伦理问题和 / 或高昂的费用，随机对照试验往 ...
个人分类: 科普|1431 次阅读|没有评论
癌症中药物-基因组互作概况
张俊鹏 2023-4-19 10:00
癌症中药物 - 基因组互作概况 癌症的发生是因为基因组中的体细胞变异改变了关键癌症基因的功能，其中许多变异被认为是临床治疗反应的决定因素。来自癌症基因组图谱（ TCGA ）和国际癌症基因组联合会（ ICGC ）的研究已经生成了涉及多种癌症类型肿瘤发生的癌症基因的综合目录。癌症的新兴景观指出 ...
个人分类: 科普|1075 次阅读|没有评论
R神经网络包综述：准确性和易用性
张俊鹏 2023-4-17 13:50
R 神经网络包综述：准确性和易用性 作为任何开源平台的统计计算 R 项目，都依赖其贡献者来保持最新。受大脑本身的启发，神经网络是机器学习领域不断发展的一类模型， R 为其提供了许多工具。以前，神经网络通常被认为是理论上的，而不是实际的，部分原因是使用的算法计算成本很高。 术语 ...
个人分类: 科普|1352 次阅读|没有评论
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