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使用图进行多模态学习
张俊鹏 2023-6-9 09:02
使用图进行多模态学习 基于图的深度学习为生物学、化学、物理学和社会科学的突破做出了贡献。图神经网络的主要用途是学习基于神经信息传递策略的各种图组件的表示,例如节点、边、子图和整个图。学习到的表示用于下游任务,包括通过半监督学习进行标签预测、自监督学习、图设计和生成。在大多数现有的应用程 ...
个人分类: 科普|1285 次阅读|没有评论
shinyCircos v2.0:Circos图创建和可视化工具
张俊鹏 2023-6-7 12:45
shinyCircos v2.0 : Circos 图创建和可视化工具 Circos 是 Krzywinski 等人于 2009 年开发的一种用于比较基因组学的可视化工具,已成为新测序基因组和其他基因组研究不可或缺的工具。它能够以圆形格式显示各种类型的基因组数据,包括单核苷酸多态性、 InDels 、基因、 DNA 甲基化等。自 ...
个人分类: 科普|1712 次阅读|没有评论
US-align:蛋白质、核酸和大分子复合物的通用结构比对工具
张俊鹏 2023-6-5 21:03
US-align :蛋白质、核酸和大分子复合物的通用结构比对工具 生物大分子(包括蛋白质、 RNA 和 DNA )的结构比较和比对在结构生物学研究中具有重要意义。除了提供形状比较的直观可视化外,基于结构的蛋白质功能注释、突变效应建模、合理的蛋白质设计和蛋白质结构分类还需要结构比对。最近的应用还包括 ...
个人分类: 科普|1567 次阅读|没有评论
PRPS:去除大规模RNA测序数据中不需要的变异
张俊鹏 2023-6-2 22:46
PRPS :去除大规模 RNA 测序数据中不需要的变异 RNA 测序 (RNA-seq) 数据分析的一个重要步骤是归一化,即去除不同来源的不需要的变异,使样本内部和样本之间的基因表达测量具有可比性。在癌症 RNA-seq 数据中,样本内归一化应根据基因长度、 GC 含量和细胞组成进行调整,而样本间归一化应消 ...
个人分类: 科普|1410 次阅读|没有评论
类器官细胞图谱
张俊鹏 2023-5-31 14:56
类器官细胞图谱 人类类器官在生物医学应用方面具有巨大的潜力 ( 图 1a,b) 。这些培养细胞的三维结构概括了体内器官发育和生物功能的重要方面。它们提供了易于处理的人体生理和病理的体外模型,从而使难以或不可能在人类受试者中进行的介入性研究成为可能。例如,类器官允许在反映人类生物学的复杂细胞环 ...
个人分类: 科普|1248 次阅读|没有评论
单细胞和空间转录组学:解读健康和疾病大脑复杂性
热度 1 张俊鹏 2023-5-29 09:43
单细胞和空间转录组学:解读健康和疾病大脑复杂性 首次尝试将脑组织学与基因表达结合起来,旨在检测结节性硬化症患者脑切片中的多个转录本。在 20 世纪 90 年代中期, Eberwine 及其同事开发了一种多步骤方案,包括 Nestin 免疫染色、原位反转录、原位 cDNA 合成、标记细胞抽吸和通过反向 Northe ...
个人分类: 科普|1247 次阅读|1 个评论 热度 1
寻找网络合适尺度:基于谱聚类有效识别优先连接网络的因果涌现
张俊鹏 2023-5-24 09:41
寻找网络合适尺度:基于谱聚类有效识别优先连接网络的因果涌现 网络可以用来表示广泛的系统,在过去的十年里,它们的使用在整个科学领域变得越来越普遍。虽然网络分析通常是在网络的完整、微观尺度表示上进行的,但最近研究表明,信息量较大的网络也可以识别和建模。使用这些技术,可以将网络 G 重新构 ...
个人分类: 科普|847 次阅读|没有评论
精确精神病学需要解开障碍特异性变异:以ASD为案例
张俊鹏 2023-5-22 15:45
精确精神病学需要解开障碍特异性变异:以 ASD 为案例 1. 纠缠的变异 自闭症谱系障碍( ASD )的个体变异是一个既定的事实。对某些人有效的干预措施对其他人无效。症状严重程度、适应性行为评分和智商与干预结果的差异部分相关,但仍有大量差异未被解释。预测个体对不同干预措施的反应是临 ...
个人分类: 科普|1021 次阅读|没有评论
使用他人代码的十条简单规则
张俊鹏 2023-5-22 15:43
使用他人代码的十条简单规则 每次你使用计算机时,你都在使用别人的代码,无论是操作系统、文字处理器、网络应用程序、研究工具,还是简单的代码片段。几乎所有的代码都有一些 bug 和错误。在日常生活中,这些错误通常并不太重要,或者至少在它们发生时并不明显(想想操作系统崩溃)。然而,在研究中,有 ...
个人分类: 科普|1085 次阅读|没有评论
实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述
张俊鹏 2023-5-17 10:46
实验验证型人类 miRNA-mRNA 互作数据库综述 微小 RNA ( miRNA )在疾病发展中的作用越来越成为生物行为研究的主题。 miRNA 是长度在 17 至 25 个核苷酸的小型单链非编码 RNA ,在转录后水平上发挥作用以调节基因表达。通过与信使 RNA ( mRNAs )的 3′ 非翻译区( UTR )结合, ...
个人分类: 科普|1572 次阅读|没有评论

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