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发育、稳态和癌症中的细胞竞争: 张俊鹏 2023-1-23 20:48; 发育、稳态和癌症中的细胞竞争在前面几次介绍中，我们主要介绍了细胞通讯或互作的基本概念（参见生物组织内细胞通讯）、识别方法和数据库（参见细胞通讯推理框架、细胞互作网络识别方法： CINS 、人类细胞互作数据库： CITEdb ）。除了通讯或互作，细胞之间还存在相互竞争的机理。 ...; 个人分类: 科普|1032 次阅读|没有评论

LncRNA富集分析工具：LncSEA: 张俊鹏 2023-1-17 16:41; LncRNA 富集分析工具： LncSEA 关于基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis ， GSEA ），本公众号已经介绍了好几款使用的工具。例如，关于编码基因，已经介绍了 clusterProfiler 工具（ miRNA 富集分析之 clusterProfiler ）。关于非编码基因，介绍了 miRNA 集富集工具 TAM ...; 个人分类: 科普|1231 次阅读|没有评论

带有权重的miRNA富集分析工具：wTAM: 张俊鹏 2023-1-14 14:09; 带有权重的 miRNA 富集分析工具： wTAM 基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis ， GSEA ）是生物信息学领域功能分析的常规操作，其背后的含义是给定基因集，寻找该基因集到底与哪些生物过程、信号通路等功能富集相关。这里，已知的生物过程、信号通路、疾病等与哪些基因相关肯定是 ...; 个人分类: 科普|1114 次阅读|没有评论

细胞互作网络识别方法：CINS: 张俊鹏 2023-1-8 20:46; 细胞互作网络识别方法： CINS 细胞通讯或互作是多细胞生物的基本而重要的生命活动，关于其基本概念可以参见生物组织内细胞通讯。随着单细胞测序技术和空间转录组测序技术的发展，许多细胞通讯网络识别方法被开发出来，这些方法各有特色，因此统一识别的框架 LIANA 应运而（参见生细胞通讯推 ...; 个人分类: 科普|1067 次阅读|没有评论

RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0: 张俊鹏 2022-12-30 21:07; RNA 与疾病关系数据库： RNADisease v4.0 在 RNA 研究领域， RNA 承载着疾病的发生和发展。这里， RNA 不仅包含非编码 RNA ，而且囊括蛋白质编码 RNA 。疾病对象不仅存在于动植物，而且还广泛分布在非动植物物种中。可以说， RNA 与疾病之间的关系，呈现多 RNA 类型、多物种和多疾病 ...; 个人分类: 科普|1370 次阅读|没有评论

EMT基因调控数据库：EMT-Regulome: 张俊鹏 2022-12-24 17:26; EMT 基因调控数据库： EMT-Regulome 在前两次，分别介绍了 EMT 标记物数据库 EMTome 和 EMT 基因数据库 dbEMT （分别参见 EMT 标记物数据库： EMTome 和 EMT 基因数据库： dbEMT ）。以往研究表明， EMT 受多个基因调控。那么， EMT 相关的基因调控关系、基元（ motifs ...; 个人分类: 科普|1505 次阅读|没有评论

EMT基因数据库：dbEMT: 张俊鹏 2022-12-19 18:25; EMT 基因数据库： dbEMT 在上次，已经介绍了 EMT （ Epithelial-Mesenchymal Transition ）标记物数据库（参见 EMT 标记物数据库： EMTome ），本次介绍一个比较早的与 EMT 相关的基因数据库 dbEMT （图 1 ， http://dbemt.bioinfo-minzhao.org/index.html ），已经更新 ...; 个人分类: 科普|1921 次阅读|没有评论

EMT标记物数据库：EMTome: 张俊鹏 2022-12-15 10:07; EMT 标记物数据库： EMTome EMT （ Epithelial-Mesenchymal Transition ）为上皮细胞 - 间充质细胞转换生物过程，该生物过程与恶性肿瘤的发生、发展和恶化紧密相关。在前面的文章中，已经知道 miRNA 也参与 EMT 过程（参见 miRNA 与 EMT ）以及介绍了调控 EMT 过程的许多调控因子 ...; 个人分类: 科普|1708 次阅读|没有评论

单细胞数据中数据特异性差异表达基因识别: 张俊鹏 2022-12-12 08:56; 单细胞数据中数据特异性差异表达基因识别基因差异表达分析是转录组等数据分析中非常常规的手段之一，其重要意义在于能够帮助理解所要研究的生物学问题。本质上，基因差异表达分析也是一种预处理（降维）方法。尤其是在处理样本少、变量多（即多 n 少 p 问题）的数据时，基因差异表达分析能够化繁 ...; 个人分类: 科普|1446 次阅读|没有评论

人类细胞互作数据库：CITEdb: 张俊鹏 2022-12-5 09:11; 人类细胞互作数据库： CITEdb 细胞是多细胞生物的基本单元，它们相互协作共同实现生物的生理功能。细胞互作或通讯的研究将扩宽和加深理解细胞的运作模式。关于细胞互作或通讯，在前面已经对其基本概念（参见生物组织内细胞通讯）和一体化的推理框架（参见细胞通讯推理框架）进行了介绍。本 ...; 个人分类: 科普|1130 次阅读|没有评论

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