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- 网络生物学的当前和未来方向
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- 网络生物学的当前和未来方向 网络 ( 或图 ) 由一组节点 ( 或顶点 ) 组成，这些节点 ( 或顶点 ) 由一组边 ( 或链接 ) 连接。网络使我们能够研究复杂系统的特性，这些特性是由各个组成部分之间的相互作用产生的。网络已经成为表征各种现实世界现象的有力方式，包括技术、信息、交通、社会、金 ...
- P-CSN：偏细胞特异性网络分析单细胞测序数据
- P-CSN ：偏细胞特异性网络分析单细胞测序数据 单细胞转录组测序 (scRNA-seq) 产生了大量的单细胞转录组数据，为我们在单个细胞水平上分析基因转录谱提供了机会。已经提出了许多用于分析 scRNA-seq 数据的计算方法，如降维方法、聚类方法和伪时间重建方法。基于这些方法，可以在复杂组织中发现新的或 ...
- NetRank：基于网络的生物标志物发现方法
- NetRank ：基于网络的生物标志物发现方法 在肿瘤学领域，基因表达是疾病进展及其结果预测的有力指标。几十年来，微阵列和 RNA 测序已被广泛用于通过量化癌症患者 RNA 数据中基因的表达水平与健康个体的平均水平相比，以生物标志物特征的形式来研究概况。为此，引入了几种经典的统计方法，如 DESeq ...
- Normi：利用非冗余互信息推断单细胞基因调控网络
- Normi ：利用非冗余互信息推断单细胞基因调控网络 每个生物体内都存在着由基因组成的各种网络，称为基因调控网络 (gene regulatory networks, GRNs) ，可以用来解释基因之间如何相互调控。近几十年的研究证明，这些看不见的 GRN 是细胞周期、细胞分化等细胞功能等生物活动的基础。从基因表达谱推断 ...
- 生物复杂性的进化
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- 生物复杂性的进化 达尔文进化是一个简单而有力的过程，它只需要一群具有繁殖能力的生物，其中每个后代都有可能从其亲本遗传变异。这一原则支配着自然界的进化，优雅地产生了极其复杂的生物体。然而，复杂性是否会随着进化而增加已经成为一个有争议的问题。例如， Gould 认为，任何可识别的趋势都可以用 ...
- SARS-CoV-2感染的临床信息microRNAs
- SARS-CoV-2 感染的临床信息 microRNAs COVID-19 是由冠状病毒 SARS-CoV-2 引起的呼吸道感染。新冠肺炎大流行给全人类带来了重大的健康问题。尽管人们已经做了各种尝试来阐明冠状病毒增殖过程中所涉及的途径，但我们对 COVID-19 致病发展的理解仍存在显著差距。 miRNA 是一种非编码的 ...
- 通过交叉映射熵推断单细胞因果网络
- 通过交叉映射熵推断单细胞因果网络 从 scRNA-seq 数据中揭示基因调控网络 (GRN) 或机制对于理解细胞过程至关重要。细胞的 GRN 不仅调节大多数生物过程，如发育、稳态和疾病过程，而且还表征该细胞的转录状态。此外，对细胞中网络拓扑结构的了解实际上可以在网络水平上对这些过程的分子机制进行深入的 ...
- 基因调控网络中的因果关系推理探讨
- 基因调控网络中的因果关系推理探讨 人体由各种各样的细胞组成，这些细胞共同发挥维持生命所必需的各种功能。生物学的一个长期目标是了解细胞行为和维持的复杂性，这些行为和维持是这种功能多样性的基础。单个细胞通常被认为是最基本的生命单位，在人体的几乎所有部位都共享相同的遗传物质。这种遗传物质在不 ...
- 分子网络分析的因果发现方法综述
- 分子网络分析的因果发现方法综述 分子网络对于理解超越单个基因或分子分析的生物过程非常重要。分子表型在所有水平上的运作都不是孤立的，相互作用构成了包含丰富信息的复杂网络。在一个数据产生比以往任何时候都多的时代，这些网络可能变得越来越复杂。分子网络包含一组节点和边。节点代表来自多组学的信息 ...
- Dictys：动态基因调控网络剖析发育连续体
- Dictys ：动态基因调控网络剖析发育连续体 生物分子网络包括 mRNA 、蛋白质、 DNA 调控元件等之间的上下文依赖的物理相互作用、化学反应和其他因果关系的纲要。这些网络共同决定了细胞身份、基因功能和最终的表型特征。在发育过程中，高度有序、动态进化的基因调控网络 (GRN) 是由一系列细胞类型特 ...
