博文
- 单细胞RNA测序数据聚类的显著性分析
- 单细胞 RNA 测序数据聚类的显著性分析 无监督聚类广泛应用于单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 工作流程中。目标是检测不同的细胞群，这些细胞群可以被注释为已知的细胞类型或被发现为新的细胞类型。应用这些工作流的一个常见说法是，新的细胞亚型或状态已经被发现，因为聚类算法将与已知细胞类型相关 ...
- LncRNADisease v3.0：lncRNA-疾病关系数据库更新版
- LncRNADisease v3.0 ： lncRNA- 疾病关系数据库更新版 非编码 RNA 最初被认为是转录噪声，随着多种技术的进步，这一观点已经被推翻。长链非编码 RNA (long non-coding RNA, lncRNA) 作为一类长度超过 200nt 的非编码 RNA ，参与多种生物学过程，如染色质重塑、通过与表观遗传调控复合物相 ...
- circRNA对microRNA的调控
- circRNA 对 microRNA 的调控 尽管几十年前就发现了植物类病毒，但环状 RNA (circRNA) 的重要性直到 2012 年才被发现，当时对 RNA 测序的计算分析揭示了各种组织和细胞中的数百种环状 RNA 。环状 RNA 被归类为广泛表达的新型单链 RNA ，因为它们的闭环结构缺少 3‘ 和 5’ 末端。尽 ...
- circRNA发现和分析的生物信息学工具箱
- circRNA 发现和分析的生物信息学工具箱 环状 RNA (Circular RNA, circRNA) 是一种具有生物活性的核酸分子，与信使 RNA 相比，它以闭环 RNA 形式存在，缺乏聚腺苷化的尾部。 circRNA 通常被归类为非编码 RNA (Noncoding RNA ， ncRNA) ，尽管一些 circRNA 具有蛋白质编码潜能。 circRNA ...
- circRNA海绵：广泛分析circRNA表达及其在miRNA海绵中的作用
- circRNA 海绵：广泛分析 circRNA 表达及其在 miRNA 海绵中的作用 环状 RNA (circRNA) 被归类为长链非编码 RNA (lncRNA) ，尽管有报道称有少数环状 RNA 编码蛋白质。环状 RNA 的特点是其环状结构，这使得它们不容易降解。 circRNA 的生物发生可以通过前体信使 RNA (pre-mRNA) 的 ...
- R和Bioconductor的单细胞多模态基准数据集
- R 和 Bioconductor 的单细胞多模态基准数据集 了解分子与生理之间的定量关系推动了定量分析技术的发展，特别是单细胞测序。单细胞多模态组学技术将单细胞 RNA 测序与其他分子图谱 ( 如 DNA 序列、甲基化、染色质可及性、细胞表面蛋白和空间信息 ) 同时结合在同一个细胞中。例如，对来自同 ...
- SCOM：刻画ncRNA协同竞争的泛癌特征揭示潜在致癌生物标志物
- SCOM ：刻画 ncRNA 协同竞争的泛癌特征揭示潜在致癌生物标志物 恶性肿瘤是一类复杂的人类疾病，其特征是生长不受控制的恶性细胞扩散及组织浸润。根据最新的全球癌症报告根据国际癌症研究机构 (IARC) 统计，恶性肿瘤是最常见的全球第二大死亡原因，严重威胁人类生命和健康。根据恶性肿瘤细胞的类 ...
- SWEET：用于破译疾病个体特征的单样本网络推理方法
- SWEET ：用于破译疾病个体特征的单样本网络推理方法 在大多数情况下，特别是对于复杂疾病，表型变化被认为是难以通过单一分子 ( 如基因和蛋白质 ) 或途径完全阐明的。相反，复杂网络经常被用来表征生物过程中的扰动，因为网络结构会随着表型变化而改变。然而，目前作为背景的生物网络仍然不完整，并 ...
- 网络生物学的当前和未来方向
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- 网络生物学的当前和未来方向 网络 ( 或图 ) 由一组节点 ( 或顶点 ) 组成，这些节点 ( 或顶点 ) 由一组边 ( 或链接 ) 连接。网络使我们能够研究复杂系统的特性，这些特性是由各个组成部分之间的相互作用产生的。网络已经成为表征各种现实世界现象的有力方式，包括技术、信息、交通、社会、金 ...
- P-CSN：偏细胞特异性网络分析单细胞测序数据
- P-CSN ：偏细胞特异性网络分析单细胞测序数据 单细胞转录组测序 (scRNA-seq) 产生了大量的单细胞转录组数据，为我们在单个细胞水平上分析基因转录谱提供了机会。已经提出了许多用于分析 scRNA-seq 数据的计算方法，如降维方法、聚类方法和伪时间重建方法。基于这些方法，可以在复杂组织中发现新的或 ...
