zhangjunpeng的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zhangjunpeng

博文

按标题搜索
miRNA靶基因之miRBaseConverter
2021-11-9 09:30
写在前面 当使用异构数据源识别 miRNA 基因时,可能会遇到 miRNA 名称不一致的问题。例如,有些数据库中的 miRNA 版本比较低,但是有些数据库中 miRNA 又是最新版本。因此,在整合多种异构数据源之前,首先要将 miRNA 名称一致化。为了将 miRNA 名称一致化,这次就介绍一下 R 工具包 miRBaseConverter ( https://bio ...
个人分类: 科普|1128 次阅读|没有评论
网络可视化软件推荐两款
2021-11-6 08:09
写在前面 网络是一种数据,也是一种信息和知识。在信息时代,网路无处不在。例如,人与人之间的关系、城市与城市之间交通关系、论文引证关系、基因之间的关系、信号之间的关系、蛋白质间的互作关系等等,都可以构成错综复杂的网络数据。对于网络而言,主要分为有向、无向和混合(包含有向和无向)三种类型。有向网络 ...
个人分类: 科普|1752 次阅读|没有评论
miRNA靶基因之miRLAB
2021-11-4 15:17
写在前面 前面几次主要介绍了 miRNA 靶基因的方法简介与数据库。对于 miRNA 靶基因识别方法,一般比较零散。有些方法还不开放代码,所以结果很难复现。这次就介绍一个 R 工具包 miRLAB ( https://bioconductor.org/packages/miRLAB/ ),该工具包汇总 10 多种常规方法进行 miRNA 靶基因识别。 01 ...
个人分类: 科普|1596 次阅读|没有评论
miRNA靶基因之综合型数据库
2021-11-3 09:35
写在前面 接着前两次的介绍( ​ miRNA 靶基因之实验验证型数据库 , ​ miRNA 靶基因之预测型数据库 ),这次就轮到综合型数据库了。 miRNA 靶基因综合型数据同时含有实验验证型和计算机预测两种类型数据。在 miRNA 靶基因识别领域,综合型数据库既可以被当成真实数据( ground truth ),又 ...
个人分类: 科普|938 次阅读|没有评论
机器学习软件推荐一个
2021-10-29 12:14
写在前面 谈起机器学习和数据挖掘,很多非计算机专业的人就望而却步。很重要的原因是,敲代码。这次就推荐一款无需敲代码的独立软件 Weka ,专门做机器学习和数据挖掘,用起来真的很香。当然, Weka 也为开发者提供了接口,方便用户开发新应用。 01 — Weka 之名 Weka 全称为怀卡 ...
个人分类: 科普|1290 次阅读|没有评论
miRNA靶基因之预测型数据库
2021-10-28 10:22
写在前面 接着上次的介绍( ​ miRNA 靶基因之实验验证型数据库 ),这次就轮到预测型数据库了。 miRNA 靶基因预测型数据主要基于序列数据来预测 miRNA 靶基因(详细见 miRNA 靶基因识别 )。数据库实在是太多了,这次只介绍两款常用的预测型 miRNA 靶基因数据库: TargetScan ( http://www.targets ...
个人分类: 科普|1923 次阅读|没有评论
miRNA靶基因之实验验证型数据库
2021-10-26 12:15
写在前面 目前, miRNA 靶基因方面有三大类型数据库:实验验证型、计算机预测性和综合型。这次就先介绍两款常用的实验验证型 miRNA 靶基因数据库: miRTarBase 和 TarBase 。在 miRNA 靶基因识别领域,实验验证型数据库经常被当作真实数据( ground truth )来比较不同计算机识别方法的预测效果。 01 ...
个人分类: 科普|1387 次阅读|没有评论
你想了解因果推理吗?
2021-10-22 14:27
写在前面 2021 年诺贝尔经济学奖一半授予 David Card (戴维·卡德),另一半授予 Joshua D. Angrist (乔舒亚· D ·安格里斯特)和 Guido W. Imbens (吉多· W ·因本斯)。其中, Joshua D. Angrist 和 Guido W. Imbens 的贡献是对因果关系分析的方法学(如图 1 )。经济学与人类密切相关,而 ...
个人分类: 科普|1364 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别:下一步
2021-10-21 09:40
写在前面 在上次,我们说了 miRNA 靶基因识别的三大类方法。留下了一个问题:如何选择合适的 miRNA 靶基因识别方法呢?我的回答:每个方法都可以选择,毕竟每种方法都具有数据特异性。作为后来的人,最关心的问题是:如果我想做 miRNA 靶基因识别,下一步如何下手?这次就围绕这个问题,从数据和算力两个维度展望一下 ...
个人分类: 科普|1006 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别
2021-10-19 09:27
写在前面 在前面介绍中( miRNA 是何方神圣? ),我们已经知道, miRNA 和靶基因 mRNA 通过碱基互补配对原则来完成剪切、抑制翻译和蛋白质降解过程,在调控发育过程中有重要调节功能。那么,在计算机角度,如何识别 miRNA 靶基因呢? 01 — 基于序列数据识别 miRNA 靶基因 这个 ...
个人分类: 科普|1888 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2022-5-21 21:25

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部