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- CanCellVar：人类癌症单细胞变异图谱数据库
- CanCellVar ：人类癌症单细胞变异图谱数据库 癌症的发生与变异密切相关，包括 DNA 中的单核苷酸变异 (SNV) 和 mRNA 中的 AG RNA 编辑。这些变异是细胞增殖和肿瘤发生的重要驱动因素，通常与癌症的进展和生长有关。在肿瘤发生过程中，大量的变异不断积累，导致不同的亚群。分布模式、变异频率和谱在不同 ...
- 探索谜团：癌症中lncRNA的历史、现在和未来
- 探索谜团：癌症中 lncRNA 的历史、现在和未来 长链非编码 RNA (lncRNA) 已经成为我们理解基因组进化、大小和复杂性不可或缺的一部分，这一过程始于 20 世纪 50 年代。测量单倍体基因组 DNA 含量的 C 值研究揭示了有趣的悖论，特别是 DNA 数量与生物体复杂性之间的有限相关性。这种 “C 值悖论 ” ...
- Flame 2.0：整合和解释多个来源的功能富集结果
- Flame 2.0 ：整合和解释多个来源的功能富集结果 功能富集是识别涉及基因或蛋白质组的生物功能、途径、疾病或表型的过程。为此，开发了几种应用程序，例如 DAVID 、 Panther 、 Metascape 、 WebGestalt 、 Enrichr 、 aGOtool 、 AllEnricher 、 GO-Elite 、 MSigDB 、 WEGO 、 KOBAS 、 cl ...
- dbCRAF：人类癌症中放疗反应调控知识图谱
- dbCRAF ：人类癌症中放疗反应调控知识图谱 癌症是一种复杂的疾病，在世界范围内大大降低了人类的预期寿命。放射治疗 (Radiation therapy ， RT) 是治疗复杂疾病的重要方式之一，它可以单独使用，也可以与其他治疗方法联合使用，以治愈肿瘤并缓解癌症患者的肿瘤相关症状。然而，放射治疗的作用不是肿瘤细胞特异 ...
- R入门十个简单规则
- R 入门十个简单规则 跨学科对数据科学技能的需求导致了大学数据相关项目、独立课程和其他学习材料的大量增长。虽然需求很高，但项目管理人员经常很难找到教师。许多学习者最终自学成才，学习曲线非常陡峭。另一方面，具有深厚研究背景的科学家往往在缺乏经验或指导的情况下进行教学。为忙碌和 / 或经验不足的教师 ...
- 面向表格基础模型：现状、挑战和机遇
- 面向表格基础模型：现状、挑战和机遇 毫无疑问，深度学习是近年来许多技术进步的关键驱动力。这一进展在自然语言处理和计算机视觉领域尤为显著，在这些领域，深度学习方法长期以来一直优于传统的工程和机器学习范式。目前发展的前沿是所谓的基础模型——在大量数据上训练的大型通用架构，在各种下游任务中表现出前所未 ...
- 面向阿尔茨海默病早期诊断的免疫相关血液生物标志物和计算方法研究进展
- 面向阿尔茨海默病早期诊断的免疫相关血液生物标志物和计算方法研究进展 随着老龄化社会的发展，阿尔茨海默病 (Alzheimer’s disease ， AD) 在世界范围内的发病率呈上升趋势。从 2019 年到 2050 年，阿尔茨海默病患者人数估计将增加两倍，从 5740 万增加到 1.528 亿。近年来，阿尔茨海默病导致的死亡人数 ...
- 发育多巴胺能信号调节神经回路形成与ASD表型相关
- 发育多巴胺能信号调节神经回路形成与 ASD 表型相关 自闭症谱系障碍 (ASD) 是一种发育障碍，通常表现在儿童早期。虽然临床结果因病例而异，但自闭症的诊断是由于对社交互动和重复行为的兴趣受限。这与扩散张力成像显示的大脑连接中断相吻合。研究表明， ASD 可能会影响几个神经发育过程，包括神经发生、神经迁 ...
- GRouNdGAN：基因调控网络引导的因果隐式生成模型来模拟单细胞数据
- GRouNdGAN ：基因调控网络引导的因果隐式生成模型来模拟单细胞数据 揭示基因调控相互作用，通常被表示为基因调控网络 (GRN) ，在研究不同条件下的生物过程、模拟敲低和敲除实验和确定治疗药物靶点中起着至关重要的作用。 已经提出了许多算法，单独使用或与其他模式一起使用批量或单细胞 RNA 测序数据 (scRNA ...
- MicroRNA测序数据的统计建模
- MicroRNA 测序数据的统计建模 MicroRNA-seq (miRNA-seq) 数据分析通常使用为批量信使 RNA-seq (mRNA-seq) 开发的方法，如 DESeq2 和 edgeR 。这些方法的一个基本方面是近似独立性假设，允许独立分析每个特征 (miRNA) 。当存在大量独特的 RNA 分子时，这种假设尤其有效，并且测序读数相当均匀地分布在这 ...
