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scIB:单细胞数据融合基准框架
2022-2-18 08:45
给定一个疾病,围绕该疾病产生的单细胞数据会有许多个。这些单细胞数据的产生来自不同实验条件、不同实验室以及不同组织区域。如果我们想融合该疾病所有关联的单细胞数据,必须要解决的困难是:消除或者减轻这些不同单细胞数据之间复杂并且嵌套的批次效应( batch effect )。 何谓批次效应?简而言之,批 ...
个人分类: 科普|1379 次阅读|没有评论
mRNA表达无法取代蛋白质表达
2022-2-16 16:59
基因表达涉及转录、翻译以及蛋白质和 mRNA 之间的转换率,其通路将基因型与表型有效的连接起来(图 1 )。蛋白质丰度多大程度取决于 mRNA 表达以及 mRNA 与蛋白质是否存在相关性,仍然是一个具有争议性的话题。由于 mRNA 与蛋白质的符号( symbol )名称一样,为了省事,许多研究者用 mRNA 表达近似取代蛋 ...
个人分类: 科普|1796 次阅读|没有评论
要选哪个蛋白质互作数据库作为先验信息?
2022-2-14 09:16
作为中心法则的末端产物,蛋白质( Protein )是组成人体一切细胞、组织的重要有机大分子。可以说,没有蛋白质就没有生命,它是生命的物质基础,也是行使生命活动的主要执行者。在生命活动过程中,蛋白质通常与其他蛋白质结合,共同实现特定生物功能,这种结合被称为蛋白质互作( Protein-Protein Interaction )。众 ...
个人分类: 科普|1016 次阅读|没有评论
借助Bioconductor策划单细胞分析
2022-2-10 10:47
单细胞测序技术的广泛应用使得我们能够从单细胞精度水平来研究基因。近几年,大量人力物力的投入产生了丰富的单细胞测序数据。基于这些单细胞测序数据,一系列数据驱动生物信息学方法被开发出来。从 2001 开始, Bioconductor 计划就致力于汇集高通量生物学数据分析的开源 R 软件包,其计划发展与高通量测序技术密 ...
个人分类: 科普|1485 次阅读|没有评论
预印本知多少?
2022-2-7 09:35
预印本( Preprint )相对于后印本( Postprint ),两者最大的区别为是否经过了同行评议。预印本形式的出现在很大程度避免了研究成果的滞后和被抢发。虽然预印本的研究成果还未在正式刊物发表,但是也算是公开发表了,并且加快了与同行信息交流的速率。一般而言,研究成果分享的速度为:预印本最快,会议论文次之,期刊论 ...
个人分类: 科普|1692 次阅读|没有评论
IT问答平台:Stack Overflow
热度 1 2022-2-1 10:35
前两次,介绍完国外知乎问答平台: Quora ( 国外知乎: Quora )和生信问答平台: Biostars 。本次就说一下专注于 IT 领域的问答平台: Stack Overflow (图 1 , https://stackoverflow.com/ )。 图 1 Stack Overflow 主页 Stack Overflow 是一个偏程序设计领域的问答平台。登录 ...
个人分类: 科普|1378 次阅读|2 个评论 热度 1
生信问答平台:Biostars
2022-1-31 12:35
在上次,介绍了国外知乎问答平台: Quora ( 国外知乎: Quora )。 Quora 问答平台是一个综合平台,里面的问题和回答五花八门。本次就说一下专注于生物信息学领域的问答平台: Biostars (图 1 , https://www.biostars.org/ )。 图 1 Biostars 主页 登录 Biostars 可以通过 GitHub ...
个人分类: 科普|1612 次阅读|没有评论
国外知乎:Quora
2022-1-28 16:09
如果遇到问题,为了得到解答,以往的做法是寻求老师和同学的帮助。除了这种做法,信息时代给了我们另外一种候选方案:在问答平台寻求解答。悬赏式问答,很多网友不乐意,毕竟掏钱这项活动大家都不喜欢。有没有免费的问答平台呢?有!中国有知乎,国外有 Quora (图 1 , https://www.quora.com/ )。本次就说一下外国知乎 ...
个人分类: 科普|1642 次阅读|没有评论
卡片式笔记工具:Roam Research
2022-1-26 09:46
“好记性不如烂笔头”强调了做笔记的必要性和重要性。从小到大,使用纸质笔记本做笔记是通用做法。但是,纸质笔记本的缺点是编辑不方便。信息时代到来,各种软件工具成为做笔记的候选做法,软件笔记工具正好有效解决了纸质笔记本的缺点。本次就说一下卡片式笔记工具: Roam Research (图 1 , https://roamresearch.com/ ...
个人分类: 科普|1842 次阅读|没有评论
VOSviewer:文献图谱可视化
2022-1-24 12:15
写在前面 科学文献太多,收集起来之后都是 PDF 文档。现在想要弄清楚这些 PDF 文献之间的关系,怎么办?给定一个研究者,想知道该研究者与哪些研究者有合作关系?抑或,想知道某个杂志与哪些杂志有引文关系?这些关系共同构成了图谱网络,如何产生和可视化这些图谱网络呢?本次就说一下文献图谱可视化软件: VOSviewe ...
个人分类: 科普|2835 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2022-5-21 21:40

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