zhangjunpeng的个人博客

DeepGSEA ：单细胞转录组数据的可解释深度基因集富集分析 自提出以来，单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 因其捕捉生命基本单元单细胞内基因特征的能力而令人们兴奋不已。通过测量单个细胞的表达谱，研究人员发现了大量 RNA-seq 数据中未发现的基因表达的大量细胞异质性。为了处理单细胞分析中的细胞异质性，已经 ...

hubEnsembles ： R 集成方法 对未来结果的预测对规划和决策至关重要，但对未来做出可靠的预测是一项挑战。克服这一挑战的一种方法是将多个独立模型的预测结合起来。这些组合方法 ( 也称为聚合或集合 ) 已被反复证明可以产生更准确的预测，并且比单个模型更加一致。由于明显的性能优势，多模型集成在各个领 ...

FORGEdb ：候选功能变异和复杂疾病靶基因识别工具 全基因组关联研究 (GWAS) 在识别与许多不同疾病和性状相关的遗传位点方面取得了显著成功。截至 2022 年底， GWAS 目录包含了 23.2 万个与 3000 种疾病和性状相关的不同变异。从 GWAS 中发现的许多位点都是基因间的，位于基因组的非蛋白质编码 ...

Open-ST ： 3D 高分辨率空间转录组 近年来，空间转录组学 (spatial transcriptomics ， ST) 方法的发展和应用得到了极大的发展。与标准的单细胞方法不同， ST 保留了捕获的转录组的空间背景，因此可以直接观察细胞的排列及其在组织空间中的相互作用。这些数据是理解健康分子机制的基础，对于确定和靶向疾 ...

计算知识共享和重复使用的十个简单规则 计算生物医学知识 (Computable biomedical knowledge ， CBK) 被不同地定义为 :“ 关于人类健康的分析和 / 或审议过程的 结果 ……” 可以使用逻辑、形式标准和数学方法来表示和推理 ” ，以及 “ 包含将输入数据转换为实际输出的机器可解释或可执行指令的软 ...

你的 SCI 论文没有被 WOS 收录，怎么办？ 最近需要开具 SCI 论文收录证明，突然发现 2023 年 10 月发表在 PLOS Computational Biology 杂志的 1 篇论文没有出现在 WOS 数据库里。在生物信息学领域， PLOS Computational Biology 杂志口碑很好，所以该 SCI 期刊运营肯定正常。然而，在正常期刊 ...

深度学习预测药物协同组合：现状和未来方向 联合多种药物治疗疾病的做法，被称为药物联合治疗，通常用于复杂的疾病，包括癌症、高血压和传染病。与单药治疗相比，药物联合治疗有几个优点，如提高疗效，减少副作用和毒性。然而，值得注意的是，并非所有的药物组合都表现出协同效应。事实上，一些组合可能显示出拮抗作用 ...

MiRNA/miRNA* 双链在植物 miRNA 加工中的作用原理 小 RNA 是植物基因表达的重要调控因子。其中， miRNA 是一类至关重要的基因，它们被精确地从折叠前体中切除，在植物基因的转录后调节中起着关键作用。进化上保守的 miRNA 在调控植物发育的转录因子、激素信号、小 RNA 通路和对营养缺乏的反应等多种植物过程中发 ...

从非编码 RNA 视角探索痴呆症的调控景观 痴呆症是一种复杂的神经系统综合征，可通过记忆丧失、思维和决策过程受损严重扰乱日常生活。痴呆症的发病率呈上升趋势，尤其是在 65 岁之前，这凸显了诊断和治疗新策略的重要性。痴呆有多种病因，包括阿尔茨海默病 (AD) 、额颞叶痴呆 (FTD) 、路易体痴呆 (LBD) 和 ...

MM ：基于 RNA-seq 数据的儿童肿瘤泛癌分类器 儿童癌症是高收入国家儿童疾病相关死亡的主要原因。正确的诊断对于治愈尽可能多的儿童和提高生活质量至关重要。然而，诊断肿瘤并不是一件小事，因为儿童可能患有许多肿瘤。虽然儿童癌症本身是罕见的，但在肿瘤实体的集合中，有许多不经常发生的癌症，影响不到 40 ...