zhangjunpeng的个人博客

写在前面 一个 miRNA 可以调控多个靶基因，一个靶基因也可以被多个 miRNAs 所调控。根据映射关系， miRNA 与靶基因是多对多（ many-to-many ）调控与被调控关系。这里多对多关系就隐含了 miRNA 之间存在协同互作来靶向下游基因，这就是今天要说的 miRNA 协作。 01 — 社会协作 在谈论miRNA协作 ...

写在前面 在 Windows 系统里，常用的文本编辑器是 Word 、写字板和记事本，但对脚本编辑不是很友好。这次就推荐两款支持脚本运行的友好文本编辑器： EditPlus 和 Sublime 。 01 — EditPlus EditPlus （图 1 ）是一款由韩国 Sangil Kim 公司开发的 Windows 文本编辑器，脚 ...

写在前面 在前面，我们关注了 miRNA 与人类疾病相关的数据库（ miRNA 与人类疾病 ）以及 miRNA 靶基因与人类疾病相关的数据库（ miRNA 靶基因与人类疾病 ）。这次，我们特别关注 miRNA 参与一个生物过程 EMT （ Epithelial-Mesenchymal Transition ）的情况。 01 — EMT EMT 中文翻译为 ...

写在前面 还是提醒一下，我们在 Frontiers in Molecular Biosciences 杂志（ 2020_IF = 5.246 ）整了个 “ Computational Identification of ceRNA Regulation ”主题专刊。目前，该专题已开放四个月了，截稿日期是 2022 年 1 月 9 日。所以有意向投稿的，要抓紧了哦。现在投一篇，说不定过年就有 G ...

写在前面 流程图是构思想法和设计的有效途径，好的流程图有助于理清思路。复杂的就不介绍了，这次就介绍一款 Microsoft Office 流程图软件： Visio （ https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/visio/flowchart-software ）。如果你会用 Word 、 PPT 和 Excel ，那么 Visio 对你来说上手就不难 ...

写在前面 在上一次，我们说了 miRNA 与人类疾病相关的数据库（ miRNA 与人类疾病 ）。细心的读者可能会问，它的靶基因与疾病相关的数据库又有哪些呢？那么，这次就说一下 miRNA 靶基因与人类疾病吧。 01 — miRNA 靶基因 miRNA 的靶基因有很多，例如 mRNA 、 lncRNA 、 circRNA 和 ...

写在前面 众所周知， miRNAs 在细胞分化、细胞增殖、细胞生长、细胞迁移和细胞凋亡中发挥着重要作用。在调控靶基因方面， miRNAs 有点类似于滑动变阻器来调整蛋白质输出。滑动变阻器功能一旦失灵，可能会导致产生包括癌症在内的许多人类复杂疾病。那么，我们如何知道哪些 miRNAs 与人类疾病关联呢？根据关键词搜索文 ...

写在前面 在生物学里，通路通常指信号通路。常见的信号通路数据库有 KEGG （ https://www.kegg.jp/ ）和 Reactome （ https://reactome.org/ ）。我们也不用把信号通路想得很特殊，其实微观的信号通路跟宏观的交通路是类似的。交通路的要塞对应信号通路的关键分子，每条道路就代表不同分子间的作用关系。针 ...

写在前面 在前面几次（ miRNA 靶基因系列： miRNA 靶基因识别 和 miRNA 靶基因识别：下一步 等），我们主要介绍了 miRNA 作为调控子来调控靶基因。在这种情况下， miRNA 是上游分子，靶基因是下游分子。那么，是否还有上游分子调控 miRNA ？答案是肯定的。这次就说一下调控 miRNA 的上游分子： TF （ t ...

写在前面 当使用异构数据源识别 miRNA 基因时，可能会遇到 miRNA 名称不一致的问题。例如，有些数据库中的 miRNA 版本比较低，但是有些数据库中 miRNA 又是最新版本。因此，在整合多种异构数据源之前，首先要将 miRNA 名称一致化。为了将 miRNA 名称一致化，这次就介绍一下 R 工具包 miRBaseConverter （ https://bio ...