zhangjunpeng的个人博客

发育、稳态和癌症中的细胞竞争 在前面几次介绍中，我们主要介绍了细胞通讯或互作的基本概念（参见 生物组织内细胞通讯 ）、识别方法和数据库（参见 细胞通讯推理框架 、 细胞互作网络识别方法： CINS 、 人类细胞互作数据库： CITEdb ）。除了通讯或互作，细胞之间还存在相互竞争的机理。 ...

LncRNA 富集分析工具： LncSEA 关于基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis ， GSEA ），本公众号已经介绍了好几款使用的工具。例如，关于编码基因，已经介绍了 clusterProfiler 工具（ miRNA 富集分析之 clusterProfiler ）。关于非编码基因，介绍了 miRNA 集富集工具 TAM ...

带有权重的 miRNA 富集分析工具： wTAM 基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis ， GSEA ）是生物信息学领域功能分析的常规操作，其背后的含义是给定基因集，寻找该基因集到底与哪些生物过程、信号通路等功能富集相关。这里，已知的生物过程、信号通路、疾病等与哪些基因相关肯定是 ...

细胞互作网络识别方法： CINS 细胞通讯或互作是多细胞生物的基本而重要的生命活动，关于其基本概念可以参见 生物组织内细胞通讯 。随着单细胞测序技术和空间转录组测序技术的发展，许多细胞通讯网络识别方法被开发出来，这些方法各有特色，因此统一识别的框架 LIANA 应运而（参见生 细胞通讯推 ...

RNA 与疾病关系数据库： RNADisease v4.0 在 RNA 研究领域， RNA 承载着疾病的发生和发展。这里， RNA 不仅包含非编码 RNA ，而且囊括蛋白质编码 RNA 。疾病对象不仅存在于动植物，而且还广泛分布在非动植物物种中。可以说， RNA 与疾病之间的关系，呈现多 RNA 类型、多物种和多疾病 ...

EMT 基因调控数据库： EMT-Regulome 在前两次，分别介绍了 EMT 标记物数据库 EMTome 和 EMT 基因数据库 dbEMT （分别参见 EMT 标记物数据库： EMTome 和 EMT 基因数据库： dbEMT ）。以往研究表明， EMT 受多个基因调控。那么， EMT 相关的基因调控关系、基元（ motifs ...

EMT 基因数据库： dbEMT 在上次，已经介绍了 EMT （ Epithelial-Mesenchymal Transition ）标记物数据库（参见 ​ EMT 标记物数据库： EMTome ），本次介绍一个比较早的与 EMT 相关的基因数据库 dbEMT （图 1 ， http://dbemt.bioinfo-minzhao.org/index.html ），已经更新 ...

EMT 标记物数据库： EMTome EMT （ Epithelial-Mesenchymal Transition ）为上皮细胞 - 间充质细胞转换生物过程，该生物过程与恶性肿瘤的发生、发展和恶化紧密相关。在前面的文章中，已经知道 miRNA 也参与 EMT 过程（参见 miRNA 与 EMT ）以及介绍了调控 EMT 过程的许多调控因子 ...

单细胞数据中数据特异性差异表达基因识别 基因差异表达分析是转录组等数据分析中非常常规的手段之一，其重要意义在于能够帮助理解所要研究的生物学问题。本质上，基因差异表达分析也是一种预处理（降维）方法。尤其是在处理样本少、变量多（即多 n 少 p 问题）的数据时，基因差异表达分析能够化繁 ...

人类细胞互作数据库： CITEdb 细胞是多细胞生物的基本单元，它们相互协作共同实现生物的生理功能。细胞互作或通讯的研究将扩宽和加深理解细胞的运作模式。关于细胞互作或通讯，在前面已经对其基本概念（参见 生物组织内细胞通讯 ）和一体化的推理框架（参见 细胞通讯推理框架 ）进行了介绍。本 ...