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miRNA靶基因识别:下一步
张俊鹏 2021-10-21 09:40
写在前面 在上次,我们说了 miRNA 靶基因识别的三大类方法。留下了一个问题:如何选择合适的 miRNA 靶基因识别方法呢?我的回答:每个方法都可以选择,毕竟每种方法都具有数据特异性。作为后来的人,最关心的问题是:如果我想做 miRNA 靶基因识别,下一步如何下手?这次就围绕这个问题,从数据和算力两个维度展望一下 ...
个人分类: 科普|1038 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别
张俊鹏 2021-10-19 09:27
写在前面 在前面介绍中( miRNA 是何方神圣? ),我们已经知道, miRNA 和靶基因 mRNA 通过碱基互补配对原则来完成剪切、抑制翻译和蛋白质降解过程,在调控发育过程中有重要调节功能。那么,在计算机角度,如何识别 miRNA 靶基因呢? 01 — 基于序列数据识别 miRNA 靶基因 这个 ...
个人分类: 科普|2115 次阅读|没有评论
机器学习资源库推荐一个
张俊鹏 2021-10-16 08:16
写在前面 在机器学习领域,训练和测试数据是很普遍的操作。尤其是在机器学习领域的晚辈:人工智能领域,训练和测试数据尤其重要,并且它还要求数据量要大。如果开发了一个新的模型(例如分类模型),那么自然就想知道该新模型表现如何。这时就需要一些基准数据集( benchmark data )来训练和测试。今天就推荐一个 ...
个人分类: 科普|1290 次阅读|没有评论
miRNA富集分析之clusterProfiler
张俊鹏 2021-10-14 09:45
写在前面 关于 miRNA 富集分析,前面介绍的都是在线工具。在线工具的主要问题是数据更新问题。地球人都知道, miRNA 与表型或者 miRNA 靶基因与表型之间的关系数据库始终处于动态。如果用在线数据库(最新版本停留在 2020 年,不知道要等几年才更新), miRNA 富集分析结果可能存在过时问题。那么,如何保持 miRNA 富 ...
个人分类: 科普|1842 次阅读|没有评论
miRNA富集分析之miEAA
张俊鹏 2021-10-12 09:42
写在前面 上回说过, TAM 2.0 专注于人类 miRNA 的富集分析,有没有工具能够做多个物种 miRNA 富集分析呢?当然是有的,今天就介绍一款多个物种的在线 miRNA 富集分析工具 miEAA ( https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/ )。 01 — miEAA 历史 miEAA (图 1 )是一款能够支持 ...
个人分类: 科普|1649 次阅读|没有评论
miRNA富集分析之TAM
张俊鹏 2021-10-7 07:50
写在前面 上次介绍了一款 miRNA 富集分析在线工具 miRPath ( miRNA 富集分析之 miRPath ),但该工具只能够进行 miRNA 在 KEGG ( Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes , https://www.kegg.jp/ )信号通路方面的富集分析。如果我想要富集其他表型,怎么办?这次就介绍一款 miRNA 富集分析在线工具 TAM ...
个人分类: 科普|1742 次阅读|没有评论
miRNA富集分析之miRPath
张俊鹏 2021-10-5 09:22
写在前面 一般而言,基因富集分析指的是给定一个基因集与先验表型(比如生物过程、信号通路或疾病等)的富集程度(显著性 p 值衡量)。如果 p 值越小,该基因集在统计水平下与某些先验表型显著性相关。因此,基因富集分析搭建了基因型与表型之间的桥梁。以往,基因富集分析专指编码基因的富集分析。那么作为非编 ...
个人分类: 科普|2201 次阅读|没有评论
文献订阅App只推荐一个!
张俊鹏 2021-10-2 12:52
写在前面 每天如果手动检索自己领域的最新文献,耗时耗力而且麻烦,另外还有检索不全的风险。以往许多工具也能够帮助了解领域的最新文献,例如 PubMed ( https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ )、 Stork 文献鸟( https://www.storkapp.me/ )、部分文献管理器(如 Mendeley , https://www.mendeley.com/ ...
个人分类: 科普|2034 次阅读|没有评论
miRNA有个DIANA系列!
张俊鹏 2021-9-30 09:22
写在前面 DIANA 的中文译为黛安娜,源于希腊神话中的月亮女神狄安娜。由于寓意很好,许多人以 DIANA 为名,例如,英国威尔士黛安娜王妃,美国 RB 歌手戴安娜罗斯。甚至在 miRNA 方面,也有个 DIANA 系列。 01 — DIANA 系列 DIANA 系列针对 miRNA 开发了一系列分析工具(图 1 ),包 ...
个人分类: 科普|1384 次阅读|没有评论
miRNA序列与表达谱数据库
张俊鹏 2021-9-28 09:29
写在前面 基因序列和基因表达谱是研究 miRNA 的两大数据类型。对于 miRNA 序列数据库而言, miRBase 一家独大;对于 miRNA 表达谱数据,主要有 GEO 、 ArrayExpress 、 TCGA 和 NGDC 四个数据库。 01 — miRBase 如果要从基因序列层次水平研究 miRNA ,就得下载 miRNA 序列数据。要想获得 mi ...
个人分类: 科普|2013 次阅读|没有评论

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