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miRNA靶基因之实验验证型数据库
张俊鹏 2021-10-26 12:15
写在前面 目前, miRNA 靶基因方面有三大类型数据库:实验验证型、计算机预测性和综合型。这次就先介绍两款常用的实验验证型 miRNA 靶基因数据库: miRTarBase 和 TarBase 。在 miRNA 靶基因识别领域,实验验证型数据库经常被当作真实数据( ground truth )来比较不同计算机识别方法的预测效果。 01 ...
个人分类: 科普|1387 次阅读|没有评论
你想了解因果推理吗?
张俊鹏 2021-10-22 14:27
写在前面 2021 年诺贝尔经济学奖一半授予 David Card (戴维·卡德),另一半授予 Joshua D. Angrist (乔舒亚· D ·安格里斯特)和 Guido W. Imbens (吉多· W ·因本斯)。其中, Joshua D. Angrist 和 Guido W. Imbens 的贡献是对因果关系分析的方法学(如图 1 )。经济学与人类密切相关,而 ...
个人分类: 科普|1364 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别:下一步
张俊鹏 2021-10-21 09:40
写在前面 在上次,我们说了 miRNA 靶基因识别的三大类方法。留下了一个问题:如何选择合适的 miRNA 靶基因识别方法呢?我的回答:每个方法都可以选择,毕竟每种方法都具有数据特异性。作为后来的人,最关心的问题是:如果我想做 miRNA 靶基因识别,下一步如何下手?这次就围绕这个问题,从数据和算力两个维度展望一下 ...
个人分类: 科普|1006 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别
张俊鹏 2021-10-19 09:27
写在前面 在前面介绍中( miRNA 是何方神圣? ),我们已经知道, miRNA 和靶基因 mRNA 通过碱基互补配对原则来完成剪切、抑制翻译和蛋白质降解过程,在调控发育过程中有重要调节功能。那么,在计算机角度,如何识别 miRNA 靶基因呢? 01 — 基于序列数据识别 miRNA 靶基因 这个 ...
个人分类: 科普|1887 次阅读|没有评论
机器学习资源库推荐一个
张俊鹏 2021-10-16 08:16
写在前面 在机器学习领域,训练和测试数据是很普遍的操作。尤其是在机器学习领域的晚辈:人工智能领域,训练和测试数据尤其重要,并且它还要求数据量要大。如果开发了一个新的模型(例如分类模型),那么自然就想知道该新模型表现如何。这时就需要一些基准数据集( benchmark data )来训练和测试。今天就推荐一个 ...
个人分类: 科普|1259 次阅读|没有评论
miRNA富集分析之clusterProfiler
张俊鹏 2021-10-14 09:45
写在前面 关于 miRNA 富集分析,前面介绍的都是在线工具。在线工具的主要问题是数据更新问题。地球人都知道, miRNA 与表型或者 miRNA 靶基因与表型之间的关系数据库始终处于动态。如果用在线数据库(最新版本停留在 2020 年,不知道要等几年才更新), miRNA 富集分析结果可能存在过时问题。那么,如何保持 miRNA 富 ...
个人分类: 科普|1682 次阅读|没有评论
miRNA富集分析之miEAA
张俊鹏 2021-10-12 09:42
写在前面 上回说过, TAM 2.0 专注于人类 miRNA 的富集分析,有没有工具能够做多个物种 miRNA 富集分析呢?当然是有的,今天就介绍一款多个物种的在线 miRNA 富集分析工具 miEAA ( https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/ )。 01 — miEAA 历史 miEAA (图 1 )是一款能够支持 ...
个人分类: 科普|1496 次阅读|没有评论
miRNA富集分析之TAM
张俊鹏 2021-10-7 07:50
写在前面 上次介绍了一款 miRNA 富集分析在线工具 miRPath ( miRNA 富集分析之 miRPath ),但该工具只能够进行 miRNA 在 KEGG ( Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes , https://www.kegg.jp/ )信号通路方面的富集分析。如果我想要富集其他表型,怎么办?这次就介绍一款 miRNA 富集分析在线工具 TAM ...
个人分类: 科普|1654 次阅读|没有评论
miRNA富集分析之miRPath
张俊鹏 2021-10-5 09:22
写在前面 一般而言,基因富集分析指的是给定一个基因集与先验表型(比如生物过程、信号通路或疾病等)的富集程度(显著性 p 值衡量)。如果 p 值越小,该基因集在统计水平下与某些先验表型显著性相关。因此,基因富集分析搭建了基因型与表型之间的桥梁。以往,基因富集分析专指编码基因的富集分析。那么作为非编 ...
个人分类: 科普|2000 次阅读|没有评论
文献订阅App只推荐一个!
张俊鹏 2021-10-2 12:52
写在前面 每天如果手动检索自己领域的最新文献,耗时耗力而且麻烦,另外还有检索不全的风险。以往许多工具也能够帮助了解领域的最新文献,例如 PubMed ( https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ )、 Stork 文献鸟( https://www.storkapp.me/ )、部分文献管理器(如 Mendeley , https://www.mendeley.com/ ...
个人分类: 科普|1904 次阅读|没有评论

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