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细胞通讯推理框架
张俊鹏 2022-6-20 09:40
细胞通讯推理框架 在先前 （ 生物组织内细胞通讯 ）已经推荐了 1 篇细胞通讯网络推理的综述论文，里面的细胞通讯网络推理方法都是基于单细胞转录组数据。但是，该综述论文并没有对不同方法进行比较研究，因此细胞通讯网络推理效果如何也无从知晓。为了了解不同方法在细胞通讯网络推理方面的效果， ...
个人分类: 科普|1732 次阅读|没有评论
piRNA关联数据库和计算模型
张俊鹏 2022-6-14 15:35
piRNA 关联数据库和计算模型 与 PIWI 相互作用的 RNA 称为 piRNA ，其长度为 21–35 核苷酸，也是最多的一种非编码 RNA 类型。在长度范围， piRNA 有一部分与 miRNA （ 18-25 核苷酸长度）是重叠的。与微小 RNA （ microRNA ，简称 miRNA ）不一样，虽然 piRNA 也属于小非编码 ...
个人分类: 科普|2196 次阅读|没有评论
机器学习中的“优秀学生”“和“三好学生”
张俊鹏 2022-6-9 10:34
在六一儿童节这一天，许多小学都会评出“优秀学生”、“三好学生”等荣誉称号。所谓“优秀学生”，一般指态度端正、认真听讲、积极互动、完成作业和学习成绩好的一类学生，重点突出学习方面。所谓“三好学生”，除了学习好，还要求品德好和身体好，可谓德智体美劳全面发展的一类学生。 评价学生是否是“优秀 ...
个人分类: 科普|2080 次阅读|没有评论
让机器真正学习
张俊鹏 2022-6-2 08:51
让机器真正学习 人和动物靠实践探索世界、靠学习认知世界。广义来说，学习是指人与动物在生活过程中凭借经验产生的行为或行为潜能的相对持久的变化。次广义来说，学习是指人类的学习。狭义来说，学习专指学生的学习 。人类不仅自己学习，也逐渐让机器替代自己学习。对于人类而言，机器往往能够学习 ...
个人分类: 科普|1587 次阅读|没有评论
走进数据挖掘
张俊鹏 2022-5-30 07:31
走进数据挖掘 在汉语中，数据也叫数值，它是通过观察、实验或计算得出的结果。其最简单的形式就是数字，也可以是文本、图像、声音等（参考链接 ）。在计算机领域，各种字母、数字符号的组合、语音、图形、图像等统称为数据，它经过加工后就成为信息（参考链接 ）。不管如何定义，一般而言，数据就 ...
个人分类: 科普|1553 次阅读|没有评论
怎样开展网络数据分析？
张俊鹏 2022-5-19 21:52
怎样开展网络数据分析？ 说起网络一词，大家普遍会想到计算机网络或万维网（ World Wide Web ，简称 WWW ）。然而，计算机网络只属于广义网络的一个分支。广义上，网络被定义为由若干节点和边所构成，表示诸多对象及其相互联系。所有的实体都可以成为网络中的对象或节点，因此有“万物皆可网络化”这 ...
个人分类: 科普|2132 次阅读|没有评论
多组学的基本要素
张俊鹏 2022-5-16 08:49
多组学的基本要素 多组学是测序技术的产物，它通常包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组学等多个维度数据。在现代生物学领域，多组学之所以迅猛发展，其前提条件是，单一组学数据对于探究生物学问题具有单一局限性，然而生物体问题的解决往往需要多维度信息进行表征。例如，在癌症研究 ...
个人分类: 科普|4159 次阅读|没有评论
差异表达分析：经典方法未必逊色于流行方法
张俊鹏 2022-5-11 09:11
差异表达分析：经典方法未必逊色于流行方法 差异表达一般指基因在不同组别（例如实验组 vs 对照组）内的表达水平具有显著性差异，该分析是转录组数据的常规步骤之一。目前，针对转录组数据，差异表达分析工具有 DESeq2 、 edgeR 、 limma-voom 、 NOISeq 、 dearseq 、 t-test 和 Wilcoxon ...
个人分类: 科普|2575 次阅读|没有评论
scIMC：填充单细胞转录组数据缺失值
张俊鹏 2022-5-9 07:43
scIMC ：填充单细胞转录组数据缺失值 在之前，已经介绍了一款填充蛋白质组学数据缺失值的工具： NAguideR （ NAguideR ：填充蛋白质组学数据缺失值 ）。本次将介绍一个填充单细胞转录组数据缺失值工具 scIMC （ single-cell Imputation Methods Comparison platform ， https://server.we ...
个人分类: 科普|2174 次阅读|没有评论
你衰老了吗？
张俊鹏 2022-5-4 08:41
你衰老了吗？ “当独立、自助的生活不能再维持时，我们该怎么办？在生命临近终点的时刻，我们该和医生谈些什么？应该如何优雅地跨越生命的终点？”，这是美国作家 Atul Gawande 在畅销书籍《最好的告别》（图 1 ）中的发问。《最好的告别》是一本关于衰老与死亡的书籍，并从医生角度对衰老与死亡 ...
个人分类: 科普|1858 次阅读|没有评论
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