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miRNA协作之因果推理方法
张俊鹏 2021-12-7 15:56
写在前面 在上次,介绍了识别 miRNA 协作的方法 MFSN ( miRNA 协作之 MFSN )。 miRNA 协作的计算机方法还是有一些,这次就介绍两个基于因果推理的 miRNA 协作识别方法。一个是模拟单基因敲除因果推理方法 mirSRN ,另外一个是模拟多基因敲除因果推理方法 miRsyn 。 01 — 模拟单基因敲 ...
个人分类: 科普|1487 次阅读|没有评论
图标与插画网站推荐一个
张俊鹏 2021-12-4 11:16
写在前面 早前,已推荐了流程图软件 Visio ( 流程图软件推荐一款 )。有时候,画流程图需要素材(例如图表与插画),这些素材可能在 Visio 内找不到。这次就介绍一个免费的图标与插画网站: Iconfinder (如图 1 , https://www.iconfinder.com/ ),辅助画出更好看的流程图或示意图。   ...
个人分类: 科普|1646 次阅读|没有评论
miRNA协作之MFSN
张俊鹏 2021-12-2 11:24
写在前面 在上次,我们说了 miRNA 协作的概念和存在的合理性( miRNA 协作 )。可能就会有人问,从生物信息学角度如何识别 miRNA 协作呢?这次,就介绍一种识别方法: MFSN 。 01 — MFSN MFSN ( miRNA– miRNA functional synergistic network )是较早识别 miRNA 协作的生物信息学 ...
个人分类: 科普|1595 次阅读|没有评论
miRNA协作
张俊鹏 2021-11-30 09:26
写在前面 一个 miRNA 可以调控多个靶基因,一个靶基因也可以被多个 miRNAs 所调控。根据映射关系, miRNA 与靶基因是多对多( many-to-many )调控与被调控关系。这里多对多关系就隐含了 miRNA 之间存在协同互作来靶向下游基因,这就是今天要说的 miRNA 协作。 01 — 社会协作 在谈论miRNA协作 ...
个人分类: 科普|984 次阅读|没有评论
文本编辑器推荐两款
张俊鹏 2021-11-26 12:07
写在前面 在 Windows 系统里,常用的文本编辑器是 Word 、写字板和记事本,但对脚本编辑不是很友好。这次就推荐两款支持脚本运行的友好文本编辑器: EditPlus 和 Sublime 。 01 — EditPlus EditPlus (图 1 )是一款由韩国 Sangil Kim 公司开发的 Windows 文本编辑器,脚 ...
个人分类: 科普|1688 次阅读|没有评论
miRNA与EMT
张俊鹏 2021-11-25 09:33
写在前面 在前面,我们关注了 miRNA 与人类疾病相关的数据库( miRNA 与人类疾病 )以及 miRNA 靶基因与人类疾病相关的数据库( miRNA 靶基因与人类疾病 )。这次,我们特别关注 miRNA 参与一个生物过程 EMT ( Epithelial-Mesenchymal Transition )的情况。 01 — EMT EMT 中文翻译为 ...
个人分类: 科普|1264 次阅读|没有评论
流程图软件推荐一款
张俊鹏 2021-11-19 12:47
写在前面 流程图是构思想法和设计的有效途径,好的流程图有助于理清思路。复杂的就不介绍了,这次就介绍一款 Microsoft Office 流程图软件: Visio ( https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/visio/flowchart-software )。如果你会用 Word 、 PPT 和 Excel ,那么 Visio 对你来说上手就不难 ...
个人分类: 科普|1427 次阅读|没有评论
miRNA靶基因与人类疾病
张俊鹏 2021-11-18 09:37
写在前面 在上一次,我们说了 miRNA 与人类疾病相关的数据库( miRNA 与人类疾病 )。细心的读者可能会问,它的靶基因与疾病相关的数据库又有哪些呢?那么,这次就说一下 miRNA 靶基因与人类疾病吧。 01 — miRNA 靶基因 miRNA 的靶基因有很多,例如 mRNA 、 lncRNA 、 circRNA 和 ...
个人分类: 科普|1465 次阅读|没有评论
miRNA与人类疾病
张俊鹏 2021-11-16 09:21
写在前面 众所周知, miRNAs 在细胞分化、细胞增殖、细胞生长、细胞迁移和细胞凋亡中发挥着重要作用。在调控靶基因方面, miRNAs 有点类似于滑动变阻器来调整蛋白质输出。滑动变阻器功能一旦失灵,可能会导致产生包括癌症在内的许多人类复杂疾病。那么,我们如何知道哪些 miRNAs 与人类疾病关联呢?根据关键词搜索文 ...
个人分类: 科普|1270 次阅读|没有评论
通路分析软件推荐一款
张俊鹏 2021-11-13 08:12
写在前面 在生物学里,通路通常指信号通路。常见的信号通路数据库有 KEGG ( https://www.kegg.jp/ )和 Reactome ( https://reactome.org/ )。我们也不用把信号通路想得很特殊,其实微观的信号通路跟宏观的交通路是类似的。交通路的要塞对应信号通路的关键分子,每条道路就代表不同分子间的作用关系。针 ...
个人分类: 科普|2250 次阅读|没有评论

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