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进入深度单细胞蛋白质组学时代
热度 1 张俊鹏 2025-4-4 10:54
进入深度单细胞蛋白质组学时代 单细胞转录组学使在细胞分辨率下对生物系统进行了深入研究。尽管对生物医学科学的众多进展有帮助,但它仅提供有限的分子见解。单细胞蛋白质组学( Single-cell proteomics , SCP )有望扩大可用的分析工具集,但到目前为止,吞吐量和蛋白质组学深度受到限制。为了应对这一 ...
个人分类: 科普|1094 次阅读|1 个评论 热度 1
肿瘤微环境中关键免疫生物标志物的泛癌空间表征
张俊鹏 2025-3-31 14:02
肿瘤微环境中关键免疫生物标志物的泛癌空间表征 肿瘤在复杂的微环境中发展,微环境中含有多种免疫和基质细胞,这些细胞可以促进和抑制癌症进展。了解这些肿瘤免疫微环境( TiME )的细胞组成和空间组织对于开发更有效的治疗策略非常重要。为此,空间生物学技术,如多重免疫荧光( mIF ),通过测量组织样本中的生 ...
个人分类: 科普|1051 次阅读|没有评论
scMultiomeGRN:基于深度学习的细胞类型特异性基因调控网络推断方法
热度 1 张俊鹏 2025-3-28 16:50
scMultiomeGRN :基于深度学习的细胞类型特异性基因调控网络推断方法 定义细胞身份和状态之间的转换对于理解生物发育和人类疾病的机制至关重要。因此,探索这些转换可以揭示生物发育和人类疾病的潜在过程。基因调控网络( GRN )描述了转录调控因子与多个顺式调控 DNA 序列之间的复杂相互作用,在确定 ...
个人分类: 科普|1502 次阅读|1 个评论 热度 1
单细胞 RNA 测序在癌症中的新兴临床应用
热度 1 张俊鹏 2025-3-26 13:46
单细胞 RNA 测序在癌症中的新兴临床应用 癌症研究传统上认为肿瘤是一个单一的实体,主要将生物学特征:遗传学、组织学和分类归因于整个肿瘤。然而,这种方法未能反映每个肿瘤都是一个复杂的生态系统,具有多种相互作用的成分,共同产生其表型和临床特征。因此,一个更现实的癌症模式正在发展,它认识到 ...
个人分类: 科普|1081 次阅读|1 个评论 热度 1
GeneFEAST:基因功能富集分析总结和可视化工具
热度 1 张俊鹏 2025-3-26 13:44
GeneFEAST :基因功能富集分析总结和可视化工具 在高通量“组学”实验时代,功能富集分析( Functional Enrichment Analysis , FEA )在我们解释这些研究所产生的 “ 大 ” 生物数据的能力中起着至关重要的作用。在典型的工作流程中,一个实验产生大量的基因(即 “ 感兴趣的基因 ” )以供进 ...
个人分类: 科普|1110 次阅读|1 个评论 热度 1
MRF-IMD:一种用于鲁棒生物标志物发现的集成多组学随机森林框架
热度 1 张俊鹏 2025-3-23 10:34
MRF-IMD : 一种用于鲁棒生物标志物发现的集成多组学随机森林框架 近年来,高通量测序、质谱和成像技术的进步导致了跨越基因组、表观基因组、转录组、蛋白质组和代谢组的多组学数据激增。与单独分析任何单个组学层相比,整合这些不同的数据源可以提供更全面的复杂生物系统图景。如果有效地完成,整合可以突 ...
个人分类: 科普|1239 次阅读|1 个评论 热度 1

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