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热搜: 科学 论文
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基础模型的机遇与风险
张俊鹏 2022-1-12 11:22
写在前面 随着适用于大范围数据训练和大规模下游任务分析的通用模型(例如 BERT 、 DALL-E 和 GPT-3 )发展,人工智能( Artificial Intelligence ,简称 AI )正在经历范式变革。 AI 内的通用模型也叫基础模型,那么基础模型未来面临的机遇与风险如何?本次就推荐一篇发表在 arXiv 预印本的综述报告《 On the opport ...
个人分类: 科普|1708 次阅读|没有评论
生物学家的机器学习指南
张俊鹏 2022-1-10 11:33
写在前面 在 PLoS Computational Biology 杂志中,曾经发表了一篇标题为《 Ten simple rules for biologists initiating a collaboration with computer scientists 》(图 1 )的文章。当生物学家想与计算机学家合作时,里面的第一条规则是:不要试图将计算机学家变成生物学家( Do not try to turn them into biolo ...
个人分类: 科普|1405 次阅读|没有评论
构建条件单细胞基因调控网络
张俊鹏 2022-1-7 10:33
写在前面 基于单细胞转录组数据,我们有机会在单细胞精度水平下研究基因调控( 单细胞水平 miRNA 调控 )。在上次,已经推荐了 CSN ( C ell- S pecific N etwork )方法来识别单细胞特异性基因网络。本次再介绍一个 CSN 改进方法: c-CSN ( C onditional C ell- S pecific N etwork )。 ...
个人分类: 科普|1822 次阅读|没有评论
因果推理综述推荐一篇
热度 1 张俊鹏 2022-1-4 21:30
因果推理可以让机器学习具备可解释性,将因果推理与机器学习结合,将是迈向人工智能 2.0 的关键步骤。既然这么重要,本次推荐 1 篇国产杂志《 Engineering 》邀约的综述性论文《 Causal Inference 》(图 1 )。 图 1 综述性论文《 Causal Inference 》 该综述性论文由国内外在因果推理领 ...
个人分类: 科普|2145 次阅读|3 个评论 热度 1
miRNA活性识别之因果推理方法
张俊鹏 2021-12-30 08:23
写在前面 因果推理模型除了识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA , miRNA 靶基因识别之 DirectTarget , miRNA 靶基因识别之 JointIDA 和 miRNA 靶基因识别之 hiddenICP ),而且还能够识别 miRNA 活性。这次说一下基于因果推理方法识别 miRNA 活性。 01 — 动机 ...
个人分类: 科普|2247 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别之hiddenICP
张俊鹏 2021-12-28 11:48
写在前面 前三次说了基于因果推理方法识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA , miRNA 靶基因识别之 DirectTarget 和 miRNA 靶基因识别之 JointIDA )。这次说一下基于 hiddenICP ( hidden I nvariant C ausal P rediction )因果推理方法识别 miRNA 靶基因。 01 — ...
个人分类: 科普|2184 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别之JointIDA
张俊鹏 2021-12-23 11:09
写在前面 前两次说了基于 IDA ( I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA 和 miRNA 靶基因识别之 DirectTarget )。这次说一下基于 JointIDA ( Joint I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法 ...
个人分类: 科普|1639 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别之DirectTarget
张俊鹏 2021-12-21 09:30
写在前面 上次说了基于 IDA ( I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA )。这次继续说基于 IDA 因果推理识别 miRNA 靶基因,方法为 DirectTarget 。 01 — 动机 以往识别 miRNA 靶基因往往是直接和间接调控 ...
个人分类: 科普|1474 次阅读|没有评论
EMT,你怎么那么多调控因子!
张俊鹏 2021-12-17 10:13
写在前面 在前面文章( miRNA 与 EMT )中,已经介绍了 EMT ( Epithelial-Mesenchymal Transition )基本概念及其相关的 miRNAs 。这次,通过一篇评论论文(图 1 , Bracken, C.P., Goodall, G.J. The many regulators of epithelial − mesenchymal transition. Nat Rev Mol Cell Biol (2021). https:// ...
个人分类: 科普|1736 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别之IDA
张俊鹏 2021-12-16 09:31
写在前面 在前面文章( miRNA 靶基因识别 )中, miRNA 靶基因识别方法大致划分为相关分析法、回归分析法、贝叶斯网络法和因果推理法等。本次就专门说一下基于 IDA ( I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法识别 miRNA 靶基因。有关因果推理方法简介参见以前文章( 你想了解因果 ...
个人分类: 科普|1826 次阅读|没有评论

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