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miRNA靶基因预测工具：“我们到了哪里，又该往哪去？”: 张俊鹏 2022-11-28 09:21; miRNA 靶基因预测工具： “ 我们到了哪里，又该往哪去？ ” 关于 miRNA 靶基因识别，本公众号已经推荐了许多工具、方法和数据库，感兴趣的可以在公众号里面搜索“ miRNA ”。本次为大家推荐一个有关 miRNA 靶基因预测工具的综述文献（图 1 ），里面的思路挺有意思的，可以借鉴到其他 ...; 个人分类: 科普|1153 次阅读|没有评论

细胞发育轨迹数据库CellTracer: 张俊鹏 2022-11-21 09:42; 细胞发育轨迹数据库 CellTracer 在单细胞层面，生物标志物的应用之一是细胞注释（ cell type annotation ）。生物标志物之所能够进行细胞注释，其前提条件是不同细胞类型内，生物标志物的表达（例如基因表达）具有差异。这种差异使得细胞群体分为许多细胞亚型。在单细胞研究领域，细胞注释是下游分析 ...; 个人分类: 科普|1176 次阅读|没有评论

细胞标志物数据库CellMarker 2.0: 张俊鹏 2022-11-14 21:40; 细胞标志物数据库 CellMarker 2.0 关于生物标志物，上两次分别对其定义和应用（参见生物标志物定义及其应用），以及分子生物学数据库 MarkerDB （参见分子生物标志物数据库 MarkerDB ）进行了介绍。在细胞层次，本次介绍一个细胞标志物数据库 CellMarker 2.0 （图 1 ）。 &nb ...; 个人分类: 科普|1695 次阅读|没有评论

分子生物标志物数据库MarkerDB: 张俊鹏 2022-11-7 11:13; 分子生物标志物数据库 MarkerDB 生物标志物是生物学的路标，其作用等同于道路指示牌告诉驾驶员前方路发生了什么。在上次，已经介绍了生物标志物的定义及其应用（参见生物标志物定义及其应用）。本次说一下开源的分子生物标志物数据库 MarkerDB （ https://markerdb.ca/ ）。 Ma ...; 个人分类: 科普|1445 次阅读|没有评论

生物标志物定义及其应用: 张俊鹏 2022-10-31 10:08; 生物标志物定义及其应用生物标志物（ Biomarkers ）对于有效发展医学治疗至关重要，然而在研究和临床实践中，其基本定义和概念仍然存在混淆。澄清不同生物标志物的定义以及更好理解其应用将对医学治疗具有重要意义。什么是生物标志物？传统的简单并且模糊的定义为“ A defined characte ...; 个人分类: 科普|1850 次阅读|没有评论

样本异质性定量化: 张俊鹏 2022-10-26 11:49; 样本异质性定量化样本异质性是生物样本普遍存在的现象，也是样本分类的基础。可以说，即使表型相同的生物样本，也会存在异质性，因而有必要进行样本亚型分类。一般而言，样本分类属于大类别分类，样本亚型分类是针对每个大类别进一步进行子类别分类。以往，在转录组水平，进行样本分类和样 ...; 个人分类: 科普|1100 次阅读|没有评论

小样本学习: 张俊鹏 2022-10-17 09:28; 小样本学习小样本学习（ Few-Sample Learning 或者 Few-Shot Learning, FSL ）是机器学习领域的热点和难点。在给小样本学习下定义之前，先看看机器学习定义，其中 T （ Task ）代表学习任务， E （ Experience ）代表经验或先验知识， P （ Performance ）代表性能。 ...; 个人分类: 科普|1002 次阅读|没有评论

因果学习工具：Causal Explorer和Causal Learner: 热度 1 张俊鹏 2022-10-10 11:47; 因果学习工具： Causal Explorer 和 Causal Learner 在因果学习领域，识别因果结构（ Causal structure ）和马尔可夫毯（ Markov blanket ）是两个非常重要的研究点。其中，因果结构分为全局和局部两种，马尔可夫毯能有效应用于特征选择研究领域。按照定义，全局因果结构的有向无环图（ dir ...; 个人分类: 科普|1258 次阅读|5 个评论热度 1

单细胞转录组数据细胞类型自动识别方法: 张俊鹏 2022-10-4 12:08; 单细胞转录组数据细胞类型自动识别方法单细胞测序技术已在多个研究领域发挥重要作用，因为它能够刻画不同组织和细胞群体的异质性和复杂细胞类型。传统的单细胞转录组数据细胞类型识别方法耗时、先验知识依赖来进行人工注释。相比较而言，单细胞转录组数据细胞类型自动识别方法具有快速、精准、更加用户友 ...; 个人分类: 科普|1270 次阅读|没有评论

细胞特异性因果调控网络识别: 张俊鹏 2022-9-26 21:53; 细胞特异性因果调控网络识别细胞动态性本质上由基因调控网络控制，因而从观察数据中识别基因调控关系是系统生物学的一个核心问题。当前，单细胞精度水平的基因表达谱日趋成熟，能够允许大规模研究细胞状态的异质性。相对而言，目前大部分方法只能从群细胞（ bulk ）水平数据中识别一个静态基因调控网络 ...; 个人分类: 科普|1387 次阅读|没有评论

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