科学网—zhangjunpeng的博文

miRTalk：细胞外囊泡衍生的miRNA介导细胞间通讯推断

张俊鹏 2025-5-8 10:47

miRTalk ：细胞外囊泡衍生的 miRNA 介导细胞间通讯推断微小 RNA （ miRNA ）是一类小 RNA 分子，主要通过转录后基因沉默或（尽管不太常见）真核生物中的激活来协调许多细胞过程。在过去的十年中，人们在细胞外环境中发现了 miRNA ，并证明了它们促进功能性细胞间通讯（ CCC ）的能力。通过细胞外囊 ...

个人分类: 科普|873 次阅读|没有评论

Netflux：基于逻辑的生物网络建模

张俊鹏 2025-5-1 19:33

Netflux ：基于逻辑的生物网络建模生物信号网络负责各种细胞决策，包括生长、增殖、疾病进展和死亡。这些不同的行为源于数百种蛋白质、基因和细胞过程之间的相互作用。这种复杂性使得仅通过还原论实验方法很难理解细胞决策的机制。计算建模通过将系统组件之间的已知交互集成到框架中来解决这一挑战。人们 ...

个人分类: 科普|997 次阅读|没有评论

SpathDB：空间通路活性图谱综合数据库

张俊鹏 2025-4-28 20:31

SpathDB ：空间通路活性图谱综合数据库空间转录组学技术量化单个细胞 / 斑点的分子特征，同时保留组织中每个细胞 / 斑点的物理位置信息。这对于深入了解由调控网络功能活性微调驱动的细胞行为、组织复杂性、疾病发生和耐药性具有重要意义。通路的基因构成了重要的功能调控网络，通路活性分析可以提供一种更强 ...

个人分类: 科普|1061 次阅读|没有评论

scPANDA：拥有1000万个单细胞图谱的泛血液数据注释器

张俊鹏 2025-4-26 10:15

scPANDA ：拥有 1000 万个单细胞图谱的泛血液数据注释器免疫细胞在人类的生理和病理条件中起着至关重要的作用。单细胞技术的最新进展使研究人员能够以无与伦比的精度观察细胞动力学，以应对 bulk 测序方法无法解决的细胞异质性挑战。这大大推进了血液学和免疫学的研究。 2022 年， Xie 等人为各种人类血 ...

个人分类: 科普|1088 次阅读|没有评论

scMalignantFinder：利用癌症标签在单细胞和空间转录组学中区分恶性细胞

张俊鹏 2025-4-23 10:09

scMalignantFinder ：利用癌症标签在单细胞和空间转录组学中区分恶性细胞肿瘤是高度异质性的疾病，由肿瘤细胞内遗传、表观遗传和基因表达水平的分子紊乱驱动。准确表征肿瘤异质性对于理解癌症发展的机制和制定有效和持久的治疗策略至关重要。单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）技术通过能够测量肿瘤组织 ...

个人分类: 科普|961 次阅读|没有评论

GeneCOCOA：利用共表达数据检测单个基因的上下文特异性功能

张俊鹏 2025-4-21 10:53

GeneCOCOA ：利用共表达数据检测单个基因的上下文特异性功能测序技术的进步降低了成本，提高了转录组分析的准确性。这导致从各种各样的实验条件中产生了大量的数据集，其中许多是公开可用的。因此，在关注特定基因或感兴趣的基因产物的研究中，询问公共测序数据已成为越来越重要的一步。通常，这仅限于检测感兴趣 ...

个人分类: 科普|936 次阅读|没有评论

单细胞基因组学的因果机器学习

张俊鹏 2025-4-20 15:45

单细胞基因组学的因果机器学习细胞是生命的基本单位，其功能和身份由复杂的物理和生化过程塑造。了解细胞过程中的因果关系对于揭示驱动细胞行为（如增殖、分化和凋亡）的复杂生物学机制至关重要，对于识别相关的信号分子、遗传突变或环境刺激至关重要，对于帮助开发癌症、神经变性疾病和代谢综合征等疾病的靶向治疗至 ...

个人分类: 科普|1012 次阅读|没有评论

MNMO：多组学数据多层网络中发掘驱动基因

张俊鹏 2025-4-17 19:53

MNMO ：多组学数据多层网络中发掘驱动基因使肿瘤细胞具有选择性生存优势的驱动突变已被公认为癌症的病因。随着测序技术的发展，一些大型癌症项目积累了大量癌症基因组数据，如癌症基因组图谱（ TCGA ）和国际癌症基因组协会（ ICGC ）。通过利用海量数据，可以进行研究以识别包含驱动突变的驱动基因。早期 ...

个人分类: 科普|1048 次阅读|没有评论

人类癌细胞中环状RNA功能景观

热度 1 张俊鹏 2025-4-14 18:20

人类癌细胞中环状 RNA 功能景观传统上，癌症生物学研究主要以蛋白质编码基因为中心。然而，最近转录组学研究的激增将焦点转向了癌症中其他类别的 RNA 分子。值得注意的是，源自人类基因组的 RNA 中有 90% 以上属于非编码 RNA （ ncRNA ），其中许多 RNA 的定义尚不明确。随着 RNA 治疗的最 ...

个人分类: 科普|1152 次阅读|3 个评论热度 1

consexpressionR：一致差异基因表达分析工具包

张俊鹏 2025-4-13 11:17

consexpressionR ：一致差异基因表达分析工具包 Bulk RNA 测序（ RNA-Seq ）是一种在广泛背景下研究基因表达机制的流行方法。由于高通量测序技术的出现， RNA-Seq 研究的重要性显著增加，该技术能够以比以前方法更低的成本和更短的时间生成大量数据。处理和分析这些数据的计算方法也发展迅速。现代高通 ...

个人分类: 科普|1356 次阅读|没有评论

帐号		自动登录	找回密码
密码			注册

关闭 安全验证

zhangjunpeng

关闭安全验证