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What？植物miRNA能够调控动物靶基因？
张俊鹏 2021-9-16 09:09
写在前面 2017 年在深圳参加 APBC （ The Fifteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference ）会议时，第一次听到了关于植物 miRNA 调控动物靶基因的学术报告（题目为“ Plant miRNAs found in human circulating system provide evidences of cross kingdom RNAi ”，如图 1 ）。当时觉得非常不可思议！在会议现 ...
个人分类: 科普|2020 次阅读|没有评论
miRNA是何方神圣？
张俊鹏 2021-9-14 09:19
写在前面 从 1993 年发现第一个 miRNA （ lin -4 ），至今将近 28 年。再过 2 年， miRNA 就要而立之年了。这么多年来， miRNA 成就了很多硕士和博士。在 CNKI 知网里面搜索一下关键词“ miRNA ”，发现有 5054 篇博士学位论文和 7669 篇硕士学位论文。以下是这些学位论文的年度趋势图（图 1 ）、前 10 强高校（ ...
个人分类: 科普|2722 次阅读|没有评论
生信微信公众号推荐一波！
张俊鹏 2021-9-11 08:16
写在前面 查阅微信公众号信息已经成为现代人的一种习惯。有些人通过微信公众号看新闻和视频，有些人是了解最新前沿动态，甚至还有一些人是学习新技能。当然，对于日新月异的生物信息学，查阅微信公众号信息也是很有必要的。当然，阅读学术论文、经典书籍和实践操作是关键，查阅微信公众号是辅助。这次就推荐一下生物 ...
个人分类: 科普|5039 次阅读|没有评论
ceRNA的贡献下篇
张俊鹏 2021-9-9 09:12
写在前面 2011 年 ceRNA 正式问世，至今已 10 年。 10 年的时间，成就了一批硕士和博士。在下篇，我们来看看 ceRNA 在国外的贡献。 国外学术论文情况 在 Web of Science 数据库里面搜索关键词“ ceRNA ”，国外的学术论文 4292 篇，情况如图 1-4 所示。总的情况是：在国外， ceRNA 发表论文基本呈上 ...
个人分类: 科普|1698 次阅读|没有评论
ceRNA的贡献上篇
张俊鹏 2021-9-7 09:35
写在前面 2011 年 ceRNA 正式问世，至今已 10 年。 10 年的时间，成就了一批硕士和博士。在上篇，首先看看 ceRNA 在国内的贡献。 国内学术论文情况 在 CNKI 知网里面搜索关键词“ ceRNA ”，国内的学术论文 174 篇。情况如图 1-4 所示。总的情况是：在国内， ceRNA 发表论文呈上升趋势，学科主要集 ...
个人分类: 科普|2589 次阅读|没有评论
生信书籍推荐一波！
张俊鹏 2021-9-4 08:45
现状 生物信息学学科日新月异，单本教材不可能将生物信息学的内容覆盖全。况且，每本教材根据主编的研究兴趣和方向，都有所侧重！所以，多个教材全部购买回来，取其内容的并集，覆盖面方能更全些。 国内主编： l 陈铭主编《生物信息学》教材 l 樊龙江主编《生物信息学》教材 l &n ...
个人分类: 科普|7078 次阅读|没有评论
ceRNA数据库外篇
张俊鹏 2021-9-2 09:13
写在前面 在生物医学领域，数据库的地位不言而喻。好的生物医学数据库共有的特点有：用户友好、界面美观、操作简单、定期维护与更新等。对于生物医学数据库，哪里能够方便查找最新数据库与数据库更新版本呢？ NAR 数据库专刊 每年 1 月， Nucleic Acids Research （ NAR ）杂志都会有一期的 ...
个人分类: 科普|1860 次阅读|没有评论
ceRNA数据库下篇
张俊鹏 2021-8-31 09:30
写在前面 在《 ceRNA 数据库上篇 》和《 ceRNA 数据库中篇 》中，分别对实验验证型和计算预测型数据库进行了梳理。在 ceRNA 数据库下篇，将介绍三款综合型数据库（ LncACTdb 、 LnCeVar 和 LnCeCell ，如表 1 ），都跟长链非编码 RNA （ lncRNA ）关联的 ceRNA 调控有关。其综合型体现在整合实验验证型和计算 ...
个人分类: 科普|2404 次阅读|没有评论
文献管理器推荐一波！
热度 1 张俊鹏 2021-8-29 08:17
写在前面 文献管理器就是存储期刊论文、会议论文、书籍、专利等文献资料的仓库。极少有论文不参考文献，而且每个杂志和会议对参考文献的格式也不尽相同。手动编辑只适用于引用 20-30 篇参考文献。如果需要引用更多的参考文献，就需要文献管理器辅助了。因为引用参考文献多的话，牵一发而动全身。那么，哪些文献 ...
个人分类: 科普|8447 次阅读|1 个评论 热度 1
ceRNA数据库中篇
张俊鹏 2021-8-27 09:56
写在前面 在《 ceRNA 数据库上篇 》中，介绍了两种实验验证型数据库（ miRSponge 和 LncCeRBase ）。虽然里面的高质量数据是生物湿实验得来的，但是其数据量极少。如果要进行后续交叉验证，覆盖面太小了。在这种情况下，计算机预测型数据库成为交叉验证的备选。所以，在 ceRNA 数据库中篇，就来看看一波计算机预测 ...
个人分类: 科普|3308 次阅读|没有评论
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