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HCDT 2.0：高置信度药物靶点数据库: 张俊鹏 2025-5-17 10:38; HCDT 2.0 ：高置信度药物靶点数据库新药开发是一个耗时耗力的过程，往往受到药物作用机制复杂性和耐药性出现的阻碍。将新药推向市场的平均成本估计约为 26 亿美元，从发现到上市需要十多年的时间。因此，迫切需要找到一种新的药物发现策略。常见的药物相互作用靶点包括基因、通路和 RNA ，药物能够与 ...; 个人分类: 科普|886 次阅读|没有评论

单细胞转录组图谱中推断肿瘤微环境生态系统: 张俊鹏 2025-5-12 13:13; 单细胞转录组图谱中推断肿瘤微环境生态系统表达谱分析技术的最新进展显著加快了我们以单细胞和空间分辨率量化细胞表型的能力。单细胞转录组（ scRNA-seq ）能够以单细胞分辨率进行全转录组基因表达测量，并导致了与患者预后和治疗反应相关的细胞类型和转录状态的多项发现。空间表达谱分析技术以（亚）细胞 ...; 个人分类: 科普|895 次阅读|没有评论

基因调控网络推理的机器学习方法: 张俊鹏 2025-5-12 13:12; 基因调控网络推理的机器学习方法基因表达是遗传信息合成功能产物（如 RNA 和蛋白质）的过程，在所有生物体中都至关重要。适当调控基因表达对于确保基因仅在必要时被激活以及其活性得到适当控制至关重要。基因表达的调控是通过理解基因和其他分子之间复杂的相互作用来实现的。当前，基因调控网络已经成为一 ...; 个人分类: 科普|848 次阅读|没有评论

scContrast：基于对比学习的单细胞基因表达数据编码方法: 张俊鹏 2025-5-8 10:51; scContrast ：基于对比学习的单细胞基因表达数据编码方法单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）使研究人员能够在单个细胞水平上分析基因表达，从而深入了解细胞异质性、发育过程和疾病机制。典型的 scRNA-seq 分析首先对相似的细胞进行聚类，并确定每个聚类的关键标记基因，以绘制分化通路或揭示疾病机制 ...; 个人分类: 科普|1019 次阅读|没有评论

CAR-NET：整合转录组数据和先验信息推断ncRNA调控网络: 张俊鹏 2025-5-8 10:49; CAR-NET ：整合转录组数据和先验信息推断 ncRNA 调控网络非编码 RNA （ ncRNA ），包括长非编码 RNA （ lncRNA ）、微小 RNA （ miRNA ）、小核 RNA （ snRNA ）等，是在多个水平上控制基因表达的关键调控因子。与蛋白质编码基因相比， ncRNA 通常研究不足。揭示 ncRNA 如何调控 ...; 个人分类: 科普|915 次阅读|没有评论

miRTalk：细胞外囊泡衍生的miRNA介导细胞间通讯推断: 张俊鹏 2025-5-8 10:47; miRTalk ：细胞外囊泡衍生的 miRNA 介导细胞间通讯推断微小 RNA （ miRNA ）是一类小 RNA 分子，主要通过转录后基因沉默或（尽管不太常见）真核生物中的激活来协调许多细胞过程。在过去的十年中，人们在细胞外环境中发现了 miRNA ，并证明了它们促进功能性细胞间通讯（ CCC ）的能力。通过细胞外囊 ...; 个人分类: 科普|815 次阅读|没有评论

Netflux：基于逻辑的生物网络建模: 张俊鹏 2025-5-1 19:33; Netflux ：基于逻辑的生物网络建模生物信号网络负责各种细胞决策，包括生长、增殖、疾病进展和死亡。这些不同的行为源于数百种蛋白质、基因和细胞过程之间的相互作用。这种复杂性使得仅通过还原论实验方法很难理解细胞决策的机制。计算建模通过将系统组件之间的已知交互集成到框架中来解决这一挑战。人们 ...; 个人分类: 科普|935 次阅读|没有评论

SpathDB：空间通路活性图谱综合数据库: 张俊鹏 2025-4-28 20:31; SpathDB ：空间通路活性图谱综合数据库空间转录组学技术量化单个细胞 / 斑点的分子特征，同时保留组织中每个细胞 / 斑点的物理位置信息。这对于深入了解由调控网络功能活性微调驱动的细胞行为、组织复杂性、疾病发生和耐药性具有重要意义。通路的基因构成了重要的功能调控网络，通路活性分析可以提供一种更强 ...; 个人分类: 科普|1000 次阅读|没有评论

scPANDA：拥有1000万个单细胞图谱的泛血液数据注释器: 张俊鹏 2025-4-26 10:15; scPANDA ：拥有 1000 万个单细胞图谱的泛血液数据注释器免疫细胞在人类的生理和病理条件中起着至关重要的作用。单细胞技术的最新进展使研究人员能够以无与伦比的精度观察细胞动力学，以应对 bulk 测序方法无法解决的细胞异质性挑战。这大大推进了血液学和免疫学的研究。 2022 年， Xie 等人为各种人类血 ...; 个人分类: 科普|1001 次阅读|没有评论

scMalignantFinder：利用癌症标签在单细胞和空间转录组学中区分恶性细胞: 张俊鹏 2025-4-23 10:09; scMalignantFinder ：利用癌症标签在单细胞和空间转录组学中区分恶性细胞肿瘤是高度异质性的疾病，由肿瘤细胞内遗传、表观遗传和基因表达水平的分子紊乱驱动。准确表征肿瘤异质性对于理解癌症发展的机制和制定有效和持久的治疗策略至关重要。单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）技术通过能够测量肿瘤组织 ...; 个人分类: 科普|891 次阅读|没有评论

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