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单细胞转录组数据细胞类型自动识别方法: 张俊鹏 2022-10-4 12:08; 单细胞转录组数据细胞类型自动识别方法单细胞测序技术已在多个研究领域发挥重要作用，因为它能够刻画不同组织和细胞群体的异质性和复杂细胞类型。传统的单细胞转录组数据细胞类型识别方法耗时、先验知识依赖来进行人工注释。相比较而言，单细胞转录组数据细胞类型自动识别方法具有快速、精准、更加用户友 ...; 个人分类: 科普|1886 次阅读|没有评论

细胞特异性因果调控网络识别: 张俊鹏 2022-9-26 21:53; 细胞特异性因果调控网络识别细胞动态性本质上由基因调控网络控制，因而从观察数据中识别基因调控关系是系统生物学的一个核心问题。当前，单细胞精度水平的基因表达谱日趋成熟，能够允许大规模研究细胞状态的异质性。相对而言，目前大部分方法只能从群细胞（ bulk ）水平数据中识别一个静态基因调控网络 ...; 个人分类: 科普|2039 次阅读|没有评论

细胞特异性基因调控网络识别方法CeSpGRN: 张俊鹏 2022-9-21 16:14; 细胞特异性基因调控网络识别方法 CeSpGRN 单细胞基因表达谱数据通常用于发掘单个细胞之间的差异，今儿识别细胞类型和发现新的细胞类型。生物网络，尤其是基因调控网络（ gene regulatory networks, GRNs ）可以充当细胞的另一个特征来刻画每个单细胞的独一无二特性。虽然单细胞转录组数据日益丰富， ...; 个人分类: 科普|1675 次阅读|没有评论

单细胞测序技术进展: 张俊鹏 2022-9-15 20:01; 单细胞测序技术进展单细胞组学测序技术最早于 2009 年应用于转录组学，随后快速发展并应用于基因组学、 DNA 甲基化、三维基因组结构、染色质亲和性、组蛋白修饰等领域。在单细胞组学领域，单细胞表观基因组测序、细胞谱系示踪的单细胞基因组测序、空间分辨单细胞转录组学和基于三代测序平台的单细胞 ...; 个人分类: 科普|2124 次阅读|没有评论

miRspongeR 2.0版本来了: 张俊鹏 2022-9-5 20:52; miRspongeR 2.0 版本来了 miRspongeR 工具包专门用于 miRNA 海绵或 ceRNA 研究，在前面的文章中（ ceRNA ！你是谁？为了谁？， ceRNA 漫画，看吗？）已经阐明： miRNA 海绵通过共享 MREs （ miRNA response elements) ，能够竞争性的结合 miRNA ，进而削弱 miRNA 对靶基 ...; 个人分类: 科普|1753 次阅读|没有评论

网络模块识别已20年: 热度 1 张俊鹏 2022-8-30 21:54; 网络模块识别已 20 年网络分析过程中，一个最基本的技术挑战是自动识别网络社区或模块，所谓网络社区或模块是指一群高度相连的节点或者共享相似特性或功能的节点。网络模块识别的直观图可参见图 1 所示。图 1 每一种颜色代表一个模块。每一个节点代表一个脸书用 ...; 个人分类: 科普|1930 次阅读|2 个评论热度 1

研究是一门艺术: 热度 1 张俊鹏 2022-8-16 22:38; 研究是一门艺术研究是提出问题和解决问题的过程，该过程旨在探求事物的真相、性质、规律等。自从有了人类，研究就从未停止。人类不断地提出问题，进而不断的解决问题。在研究过程中，完美解决问题是不大可能的，更多的是以逼近的方式解决问题。正如艺术一样，无限逼近完美。所以说，研究也算一门艺术。 ...; 个人分类: 科普|2821 次阅读|3 个评论热度 1

如何做好文献综述？: 张俊鹏 2022-8-9 15:39; 如何做好文献综述？文献综述针对某一研究领域的课题、问题或研究，手动和自动搜集大量相关文献，然后通过阅读、分析、归纳、整理这些资源，并对其描述、阐述和展望的一种学术论文。好的文献综述往往具有可控性和准确性，其重点主要放在高质量的原始研究上，而不是研究发现的解释上。对于期刊或 ...; 个人分类: 科普|3538 次阅读|没有评论

Editorial: Computational Identification of ceRNA Regulation: 张俊鹏 2022-8-4 16:22; Editorial: Computational Identification of ceRNA Regulation 在杂志 Frontiers in Molecular Biosciences 开的 Topic Research 《 Computational Identification of ceRNA Regulation 》随着 Editorial 出版，总算完整了。本来编辑部邀请是否能够对该主题进行第二卷，但是由于时间和精力的原 ...; 个人分类: 科普|1669 次阅读|没有评论

环状RNAs与衰老: 张俊鹏 2022-7-31 21:09; 环状 RNAs 与衰老在先前已经介绍了环状 RNAs 的特性、细胞作用和潜在应用（参见四张图揭示环状 RNAs 的特性、细胞作用和潜在应用）。然而，提及功能性非编码 RNA ，一般将它们与恶性肿瘤疾病关联，较少探讨非编码 RNA 与衰老之间的功能关系。作为非编码 RNA 之一环状 RNA 也是如此，本 ...; 个人分类: 科普|2209 次阅读|没有评论

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