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值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC: 张俊鹏 2023-3-1 09:30; 值得关注的宝藏数据库： CNCB-NGDC 国家基因组学数据中心 (NGDC) 是中国国家生物信息中心 (CNCB) 的一部分，为全球学术界和工业界提供一系列数据库资源。随着多组学数据以前所未有的速度爆发式积累， CNCB-NGDC （图 1 ）通过大数据归档、整合分析和增值策展，不断扩展和更新核心数据库资源。在 ...; 个人分类: 科普|2195 次阅读|没有评论

基于生物病理轨迹的癌症驱动子识别因果方法: 张俊鹏 2023-2-27 13:08; 基于生物病理轨迹的癌症驱动子识别因果方法普遍认为，具有驱动突变的基因是癌症的驱动子。最近的研究结果表明，一些没有驱动突变的基因也会导致癌症进展。驱动导致癌症的生物过程的基因 ( 即动态癌症驱动因子，简称 DCD) 不一定是突变的。此外，不同的生物核心过程是由不同的基因集驱动的。不同类别癌 ...; 个人分类: 科普|1297 次阅读|没有评论

非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune: 张俊鹏 2023-2-25 09:06; 非编码 RNA 与免疫关系数据库： RNA2Immune 非编码 RNAs(ncRNAs) ，如 microRNAs (miRNAs) 、长链非编码 RNAs (lncRNAs) 和环状 RNAs (circRNAs) ，已成为免疫系统的重要调节因子，参与控制免疫细胞生物学、疾病发病机制以及疫苗反应。 ncRNA- 免疫关联数据库将促进我们对免疫系统中 nc ...; 个人分类: 科普|1225 次阅读|没有评论

因果涌现普遍存在于各种因果关系测量中: 张俊鹏 2023-2-23 14:05; 因果涌现普遍存在于各种因果关系测量中因果涌现理论认为：宏观尺度可以减少因果关系中的噪声，从而在宏观尺度上产生更强的因果。首先是使用有效信息，后来是模型系统中的集成信息，从那时起，因果涌现就在各个科学领域的真实数据中进行了分析。但这仅仅是这些原始措施的一个怪癖吗 ? 为了回答这个问题， ...; 个人分类: 科普|1639 次阅读|没有评论

滴水不漏: 张俊鹏 2023-2-20 09:50; 滴水不漏《朱子语类 · 易三》中，滴水不漏（ Watertight ）的字面意思是一滴水也不外漏。形容人说话、办事非常细致、周密和无懈可击，也形容人将钱财全部抓在手里，不肯轻易出手（参见 https://baike.baidu.com/item/ 滴水不漏 /1153997 ）。在社会生活（做人和做事）中，我们对滴水不漏的字面意 ...; 个人分类: 科普|1664 次阅读|没有评论

技术和计算进步推动高通量肿瘤学发展: 热度 1 张俊鹏 2023-2-17 11:47; 技术和计算进步推动高通量肿瘤学发展工程和计算的进步为癌症研究开辟了许多新途径，特别是在跨学科应用方面。例如，微流体、新型测序技术和计算分析的结合对于实现单细胞分析至关重要，例如首次给出了肿瘤异质性的详细图像。以类似的方式，这些“技术”学科生成大型数据集，已经成为多维癌症“组学”方法、 ...; 个人分类: 科普|1297 次阅读|2 个评论热度 1

细胞发育阶段特异性lncRNA调控网络识别方法：CDSlncR: 张俊鹏 2023-2-14 08:59; 细胞发育阶段特异性 lncRNA 调控网络识别方法： CDSlncR 非编码 RNA （ ncRNA ）在人类转录组中占比 ~98% ，通常不被翻译成蛋白质。在 ncRNA 中，长链非编码 RNA （ lncRNA ， 200 核苷酸）是调节基因表达的重要调控因子，参与许多生物学过程 ( 如细胞发育 ) 。为了研究 lnc ...; 个人分类: 科普|1392 次阅读|没有评论

一份真核生物环状RNA命名指南: 张俊鹏 2023-2-11 09:03; 一份真核生物环状 RNA 命名指南真核信使 RNA 转录本的选择性剪接通常会导致从单个基因位点产生几种成熟的 RNA ，包括线性 RNA 和环状 RNA （ circRNAs ）。环状 RNA 的名称通常是模棱两可的，在研究中缺乏一致性。本次介绍的指南呼吁业界采用通用命名法来命名环状 RNA ，以确保清晰性 ...; 个人分类: 科普|1547 次阅读|没有评论

局部细胞特异性网络识别方法LocCSN: 张俊鹏 2023-2-8 15:04; 局部细胞特异性网络识别方法 LocCSN 单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）为单个细胞提供了高通量 RNA 表达，揭示了细胞群的异质性。基于单细胞测序数据，计算方法让细胞类型分类、新型细胞类型识别和轨迹分析成为可能。然而，在这些方法中，很少有人关注基因 - 基因相关关系和转录网络（揭示许多重要 ...; 个人分类: 科普|1382 次阅读|没有评论

RNA修饰关联的“读出、擦除、写入”蛋白靶标数据库：RM2Target: 张俊鹏 2023-2-3 17:06; RNA 修饰关联的“读出、擦除、写入”蛋白靶标数据库： RM2Target 众所周知， RNA 修饰在调节 RNA 代谢中起着关键作用，如基因转录、 RNA 稳定性、 RNA 剪接、核定位和翻译。 RNA 修饰由三种不同类型的蛋白质动态介导即“读出、擦除、写入”蛋白（ Writer 、 Erasers 和 Reader ， WE ...; 个人分类: 科普|2041 次阅读|没有评论

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