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miRNA靶基因识别: 张俊鹏 2021-10-19 09:27; 写在前面在前面介绍中（ miRNA 是何方神圣？），我们已经知道， miRNA 和靶基因 mRNA 通过碱基互补配对原则来完成剪切、抑制翻译和蛋白质降解过程，在调控发育过程中有重要调节功能。那么，在计算机角度，如何识别 miRNA 靶基因呢？ 01 — 基于序列数据识别 miRNA 靶基因这个 ...; 个人分类: 科普|3761 次阅读|没有评论

机器学习资源库推荐一个: 张俊鹏 2021-10-16 08:16; 写在前面在机器学习领域，训练和测试数据是很普遍的操作。尤其是在机器学习领域的晚辈：人工智能领域，训练和测试数据尤其重要，并且它还要求数据量要大。如果开发了一个新的模型（例如分类模型），那么自然就想知道该新模型表现如何。这时就需要一些基准数据集（ benchmark data ）来训练和测试。今天就推荐一个 ...; 个人分类: 科普|1632 次阅读|没有评论

miRNA富集分析之clusterProfiler: 张俊鹏 2021-10-14 09:45; 写在前面关于 miRNA 富集分析，前面介绍的都是在线工具。在线工具的主要问题是数据更新问题。地球人都知道， miRNA 与表型或者 miRNA 靶基因与表型之间的关系数据库始终处于动态。如果用在线数据库（最新版本停留在 2020 年，不知道要等几年才更新）， miRNA 富集分析结果可能存在过时问题。那么，如何保持 miRNA 富 ...; 个人分类: 科普|3073 次阅读|没有评论

miRNA富集分析之miEAA: 张俊鹏 2021-10-12 09:42; 写在前面上回说过， TAM 2.0 专注于人类 miRNA 的富集分析，有没有工具能够做多个物种 miRNA 富集分析呢？当然是有的，今天就介绍一款多个物种的在线 miRNA 富集分析工具 miEAA （ https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/ ）。 01 — miEAA 历史 miEAA （图 1 ）是一款能够支持 ...; 个人分类: 科普|2925 次阅读|没有评论

miRNA富集分析之TAM: 张俊鹏 2021-10-7 07:50; 写在前面上次介绍了一款 miRNA 富集分析在线工具 miRPath （ miRNA 富集分析之 miRPath ），但该工具只能够进行 miRNA 在 KEGG （ Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ， https://www.kegg.jp/ ）信号通路方面的富集分析。如果我想要富集其他表型，怎么办？这次就介绍一款 miRNA 富集分析在线工具 TAM ...; 个人分类: 科普|2532 次阅读|没有评论

miRNA富集分析之miRPath: 张俊鹏 2021-10-5 09:22; 写在前面一般而言，基因富集分析指的是给定一个基因集与先验表型（比如生物过程、信号通路或疾病等）的富集程度（显著性 p 值衡量）。如果 p 值越小，该基因集在统计水平下与某些先验表型显著性相关。因此，基因富集分析搭建了基因型与表型之间的桥梁。以往，基因富集分析专指编码基因的富集分析。那么作为非编 ...; 个人分类: 科普|3825 次阅读|没有评论

文献订阅App只推荐一个！: 张俊鹏 2021-10-2 12:52; 写在前面每天如果手动检索自己领域的最新文献，耗时耗力而且麻烦，另外还有检索不全的风险。以往许多工具也能够帮助了解领域的最新文献，例如 PubMed （ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ ）、 Stork 文献鸟（ https://www.storkapp.me/ ）、部分文献管理器（如 Mendeley ， https://www.mendeley.com/ ...; 个人分类: 科普|5772 次阅读|没有评论

miRNA有个DIANA系列！: 张俊鹏 2021-9-30 09:22; 写在前面 DIANA 的中文译为黛安娜，源于希腊神话中的月亮女神狄安娜。由于寓意很好，许多人以 DIANA 为名，例如，英国威尔士黛安娜王妃，美国 RB 歌手戴安娜罗斯。甚至在 miRNA 方面，也有个 DIANA 系列。 01 — DIANA 系列 DIANA 系列针对 miRNA 开发了一系列分析工具（图 1 ），包 ...; 个人分类: 科普|2003 次阅读|没有评论

miRNA序列与表达谱数据库: 张俊鹏 2021-9-28 09:29; 写在前面基因序列和基因表达谱是研究 miRNA 的两大数据类型。对于 miRNA 序列数据库而言， miRBase 一家独大；对于 miRNA 表达谱数据，主要有 GEO 、 ArrayExpress 、 TCGA 和 NGDC 四个数据库。 01 — miRBase 如果要从基因序列层次水平研究 miRNA ，就得下载 miRNA 序列数据。要想获得 mi ...; 个人分类: 科普|4473 次阅读|没有评论

专利数据库推荐一波！: 张俊鹏 2021-9-25 08:05; 写在前面在高校，教师和科研人员主要关心项目、论文和人才计划等。对高校专利而言，其布局和重视程度还有待提高。对于普通专利申请者，在申请一项专利前必须要检索相关的国内外专利数据库，以确保专利的新颖性。那么，对于普通人员，国内外有哪些免费的专利数据库呢？ 01 — 何谓专利？查 ...; 个人分类: 科普|2629 次阅读|没有评论

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