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构建条件单细胞基因调控网络
张俊鹏 2022-1-7 10:33
写在前面 基于单细胞转录组数据,我们有机会在单细胞精度水平下研究基因调控( 单细胞水平 miRNA 调控 )。在上次,已经推荐了 CSN ( C ell- S pecific N etwork )方法来识别单细胞特异性基因网络。本次再介绍一个 CSN 改进方法: c-CSN ( C onditional C ell- S pecific N etwork )。 ...
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因果推理综述推荐一篇
热度 1 张俊鹏 2022-1-4 21:30
因果推理可以让机器学习具备可解释性,将因果推理与机器学习结合,将是迈向人工智能 2.0 的关键步骤。既然这么重要,本次推荐 1 篇国产杂志《 Engineering 》邀约的综述性论文《 Causal Inference 》(图 1 )。 图 1 综述性论文《 Causal Inference 》 该综述性论文由国内外在因果推理领 ...
个人分类: 科普|3580 次阅读|3 个评论 热度 1
miRNA活性识别之因果推理方法
张俊鹏 2021-12-30 08:23
写在前面 因果推理模型除了识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA , miRNA 靶基因识别之 DirectTarget , miRNA 靶基因识别之 JointIDA 和 miRNA 靶基因识别之 hiddenICP ),而且还能够识别 miRNA 活性。这次说一下基于因果推理方法识别 miRNA 活性。 01 — 动机 ...
个人分类: 科普|2587 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别之hiddenICP
张俊鹏 2021-12-28 11:48
写在前面 前三次说了基于因果推理方法识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA , miRNA 靶基因识别之 DirectTarget 和 miRNA 靶基因识别之 JointIDA )。这次说一下基于 hiddenICP ( hidden I nvariant C ausal P rediction )因果推理方法识别 miRNA 靶基因。 01 — ...
个人分类: 科普|2464 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别之JointIDA
张俊鹏 2021-12-23 11:09
写在前面 前两次说了基于 IDA ( I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA 和 miRNA 靶基因识别之 DirectTarget )。这次说一下基于 JointIDA ( Joint I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法 ...
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miRNA靶基因识别之DirectTarget
张俊鹏 2021-12-21 09:30
写在前面 上次说了基于 IDA ( I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA )。这次继续说基于 IDA 因果推理识别 miRNA 靶基因,方法为 DirectTarget 。 01 — 动机 以往识别 miRNA 靶基因往往是直接和间接调控 ...
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EMT,你怎么那么多调控因子!
张俊鹏 2021-12-17 10:13
写在前面 在前面文章( miRNA 与 EMT )中,已经介绍了 EMT ( Epithelial-Mesenchymal Transition )基本概念及其相关的 miRNAs 。这次,通过一篇评论论文(图 1 , Bracken, C.P., Goodall, G.J. The many regulators of epithelial − mesenchymal transition. Nat Rev Mol Cell Biol (2021). https:// ...
个人分类: 科普|2833 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别之IDA
张俊鹏 2021-12-16 09:31
写在前面 在前面文章( miRNA 靶基因识别 )中, miRNA 靶基因识别方法大致划分为相关分析法、回归分析法、贝叶斯网络法和因果推理法等。本次就专门说一下基于 IDA ( I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法识别 miRNA 靶基因。有关因果推理方法简介参见以前文章( 你想了解因果 ...
个人分类: 科普|2304 次阅读|没有评论
听说你想了解生物信息学?
张俊鹏 2021-12-14 10:05
目前,生物信息学( Bioinformatics )概念还未统一。根据百度百科( https://baike.baidu.com/item/%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6/207195 )定义, 生物信息学是研究生物信息的采集、处理、存储、传播,分析和解释等各方面的学科,也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展,生命科学和计算机科学相结合 ...
个人分类: 科普|2508 次阅读|没有评论
你看同行评审意见与作者回复吗?
张俊鹏 2021-12-11 08:27
写在前面 随着开放获取( Open Access )学术论文出版方式的进一步普及,学术论文的附件信息越来越丰富了。近年来,这些附件信息中出现了 Peer Review (同行评审)文件的身影。该文件记录了学术论文的同行评审意见以及作者对这些评审意见的点对点回复。如果遇到自己感兴趣的学术论文,翻看 Peer Review 文件还是挺有 ...
个人分类: 科普|2565 次阅读|没有评论

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