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借助Bioconductor策划单细胞分析: 张俊鹏 2022-2-10 10:47; 单细胞测序技术的广泛应用使得我们能够从单细胞精度水平来研究基因。近几年，大量人力物力的投入产生了丰富的单细胞测序数据。基于这些单细胞测序数据，一系列数据驱动生物信息学方法被开发出来。从 2001 开始， Bioconductor 计划就致力于汇集高通量生物学数据分析的开源 R 软件包，其计划发展与高通量测序技术密 ...; 个人分类: 科普|1842 次阅读|没有评论

预印本知多少？: 张俊鹏 2022-2-7 09:35; 预印本（ Preprint ）相对于后印本（ Postprint ），两者最大的区别为是否经过了同行评议。预印本形式的出现在很大程度避免了研究成果的滞后和被抢发。虽然预印本的研究成果还未在正式刊物发表，但是也算是公开发表了，并且加快了与同行信息交流的速率。一般而言，研究成果分享的速度为：预印本最快，会议论文次之，期刊论 ...; 个人分类: 科普|3202 次阅读|没有评论

IT问答平台：Stack Overflow: 热度 1 张俊鹏 2022-2-1 10:35; 前两次，介绍完国外知乎问答平台： Quora （国外知乎： Quora ）和生信问答平台： Biostars 。本次就说一下专注于 IT 领域的问答平台： Stack Overflow （图 1 ， https://stackoverflow.com/ ）。图 1 Stack Overflow 主页 Stack Overflow 是一个偏程序设计领域的问答平台。登录 ...; 个人分类: 科普|2515 次阅读|2 个评论热度 1

生信问答平台：Biostars: 张俊鹏 2022-1-31 12:35; 在上次，介绍了国外知乎问答平台： Quora （国外知乎： Quora ）。 Quora 问答平台是一个综合平台，里面的问题和回答五花八门。本次就说一下专注于生物信息学领域的问答平台： Biostars （图 1 ， https://www.biostars.org/ ）。图 1 Biostars 主页登录 Biostars 可以通过 GitHub ...; 个人分类: 科普|2351 次阅读|没有评论

国外知乎：Quora: 张俊鹏 2022-1-28 16:09; 如果遇到问题，为了得到解答，以往的做法是寻求老师和同学的帮助。除了这种做法，信息时代给了我们另外一种候选方案：在问答平台寻求解答。悬赏式问答，很多网友不乐意，毕竟掏钱这项活动大家都不喜欢。有没有免费的问答平台呢？有！中国有知乎，国外有 Quora （图 1 ， https://www.quora.com/ ）。本次就说一下外国知乎 ...; 个人分类: 科普|5335 次阅读|没有评论

卡片式笔记工具：Roam Research: 张俊鹏 2022-1-26 09:46; “好记性不如烂笔头”强调了做笔记的必要性和重要性。从小到大，使用纸质笔记本做笔记是通用做法。但是，纸质笔记本的缺点是编辑不方便。信息时代到来，各种软件工具成为做笔记的候选做法，软件笔记工具正好有效解决了纸质笔记本的缺点。本次就说一下卡片式笔记工具： Roam Research （图 1 ， https://roamresearch.com/ ...; 个人分类: 科普|3389 次阅读|没有评论

VOSviewer：文献图谱可视化: 张俊鹏 2022-1-24 12:15; 写在前面科学文献太多，收集起来之后都是 PDF 文档。现在想要弄清楚这些 PDF 文献之间的关系，怎么办？给定一个研究者，想知道该研究者与哪些研究者有合作关系？抑或，想知道某个杂志与哪些杂志有引文关系？这些关系共同构成了图谱网络，如何产生和可视化这些图谱网络呢？本次就说一下文献图谱可视化软件： VOSviewe ...; 个人分类: 科普|8928 次阅读|没有评论

R/Shiny交互式生物Web应用程序: 张俊鹏 2022-1-20 10:25; 写在前面存储、可视化和分析生物数据的交互式生物 Web 应用程序是生物信息学领域的一个重要课题。在生物数据分析和生物信息学领域， R 是最受欢迎的编程语言之一。然而，在 Shiny 工具包被 RStudio 公司于 2012 年开发之前， R 用户搭建交互式 Web 应用程序面临不小的挑战。 Shiny 通过将 R 代码编译成 HTML 、 CSS ...; 个人分类: 科普|2365 次阅读|没有评论

一份单细胞数据分析教程: 张俊鹏 2022-1-18 15:44; 写在前面单细胞测序让我们能够在前所未有的精度水平下研究基因表达，该技术同时衍生了众多单细胞数据分析方法。目前单细胞数据分析方法繁多，如何从这些方法中挑选适用于用户自己的单细胞数据分析方法，成为了大家的关注点。基于此，本次推荐一份单细胞数据分析教程《 Current best practices in single-cell RNA-se ...; 个人分类: 科普|5874 次阅读|没有评论

Ignite：5分钟短视频平台: 张俊鹏 2022-1-16 09:51; 给你 5 分钟（ 20 张幻灯片，每张停留 15 秒），你能够以科普形式讲清楚你从事的研究与工作吗？时间限制是一个挑战，该挑战要求演讲者必须用精炼和通俗的演讲方式来传递自己的思想。如果你想往这方面靠拢，本次就推荐一个 5 分钟短视频平台： Ignite （ http://www.ignitetalks.io/ ，图 1 ）。该平台致 ...; 个人分类: 科普|2150 次阅读|没有评论

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