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评估单细胞测序数据插值方法
张俊鹏 2024-5-20 09:42
评估单细胞测序数据插值方法 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 技术的进步使得在单个细胞的分辨率上探索转录组成为可能。这可以潜在地揭示不同细胞类型之间的异质性和多样性。然而,尽管实验方案有所改进,但各种技术因素导致 scRNA-seq 数据存在大量噪声。此外,低转录本捕获效率和低测序效率可能导致大量零值或低 ...
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SifiNet:识别特征基因集和注释细胞
张俊鹏 2024-5-17 09:02
SifiNet :识别特征基因集和注释细胞 单细胞测序技术,包括单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 和单细胞 ATAC 测序 (scATAC-seq) ,使研究人员能够量化细胞组学表型。理想的单细胞数据分析有望帮助研究人员了解细胞组学异质性,提取感兴趣的细胞亚群,识别响应细胞亚群的特征基因集,以及揭示细胞亚群之间的关系 ...
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单细胞测序数据分析技巧和未来计划
张俊鹏 2024-5-13 08:38
单细胞测序数据分析技巧和未来计划 对于那些寻求高分辨率、高规模和高通量转录组学信息的人来说,单细胞 RNA 测序带来了数据。科学家们在回顾这种方法走红的过程中,分享了一些技巧和未来的计划。在 Nature Methods 杂志最新一期中, Vivien Marx 将这一技术专访整理成如下文字。 纽约基因组 ...
个人分类: 科普|384 次阅读|没有评论
SCancerRNA:肿瘤ncRNA生物标志物的单细胞表达与相互作用资源
张俊鹏 2024-5-10 11:28
SCancerRNA :肿瘤 ncRNA 生物标志物的单细胞表达与相互作用资源 尽管精准医疗取得了重大进展,但癌症仍然是导致死亡的主要原因。 RNA 传递遗传信息并调控关键细胞过程,可作为研究癌症的新工具。非编码 RNA(non-coding RNAs, ncRNAs) 由于其在病理条件下的异常表达以及在体液中循环和维持旁分泌功能的能力 ...
个人分类: 科普|402 次阅读|没有评论
SCORPION:基因调控网络群体水平比较
张俊鹏 2024-5-8 11:09
SCORPION :基因调控网络群体水平比较 在真核生物中,基因表达受到转录因子的严格调控,转录因子是一种在决定细胞身份和控制细胞状态方面起关键作用的蛋白质。它们通过激活或抑制特定目标基因的表达来实现这一目标。这种调控依赖于转录因子的丰度、它们与染色质 (DNA - 蛋白复合物 ) 结合的能力以及它们经历的 ...
个人分类: 科普|506 次阅读|没有评论
单细胞图谱能够绘制成人乳腺的稳态细胞位移
张俊鹏 2024-5-6 10:40
单细胞图谱能够绘制成人乳腺的稳态细胞位移 治疗乳腺癌的最大挑战之一是这种疾病的异质性。我们对早期从稳态乳腺亚型分化导致肿瘤异质性的理解有限。虽然大规模的癌症基因组研究表明,不同的乳腺癌亚型富集了某些突变,但并非所有的表型变异和肿瘤行为都可以单独用突变来解释。对小鼠的研究表明,起源细胞可能对最终肿 ...
个人分类: 科普|391 次阅读|没有评论
miTEA-HiRes:从转录组学数据中推断单细胞和空间miRNA活性
张俊鹏 2024-5-1 08:50
miTEA-HiRes :从转录组学数据中推断单细胞和空间 miRNA 活性 MicroRNAs (miRNAs) 是一种小 RNA ( sRNA ) ,其作用方式是转录后抑制靶基因,诱导信使 RNA (mRNA) 降解或抑制翻译。许多研究表明,过表达 miRNA 会降低其靶点的表达水平和蛋白水平,而敲低 miRNA 则会提高其靶点的表达水平 ...
个人分类: 科普|594 次阅读|没有评论
lncRNA协同调控导致lncRNA靶标紧密耦合
张俊鹏 2024-4-29 10:28
lncRNA 协同调控导致 lncRNA 靶标紧密耦合 成千上万的 lncRNA 在人体组织中表达,通常以细胞类型和疾病特异性方式表达,在每种情况下都有成千上万的 lncRNA 共表达。 lncRNA 调节关键的细胞过程,包括 DNA 修复、癌细胞增殖、上皮间质转化、干细胞重编程和染色质修饰。它们可能结合 DNA 调控 ...
个人分类: 科普|650 次阅读|没有评论
量化变量间直接关联关系
张俊鹏 2024-4-26 18:50
量化变量间直接关联关系 物理学中的观测和测量通常会导致各种变量的概率分布,而研究变量之间的关联性,特别是与因果关系密切相关的变量之间的直接联系是一项至关重要的任务。 1948 年,香农将熵引入信息论,以量化变量的信息或不确定性。此后,许多基于香农熵的测量方法被开发出来,用于量化不同变量之间 ...
个人分类: 科普|515 次阅读|没有评论
计算生物学在非编码RNA研究中的应用
张俊鹏 2024-4-24 09:16
计算生物学在非编码 RNA 研究中的应用 在细胞内,非编码 RNA ( non-coding RNA , ncRNA )数量远远超过蛋白质编码 RNA ,并在其发挥着多样而重要的生物学功能。 ncRNA 英文综述文献众多,中文文献很少。最近,杨建华课题组围绕 ncRNA 计算生物学中的常用算法和工具进行了综述,介绍了专家系统、机 ...
个人分类: 科普|526 次阅读|没有评论

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