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流程图软件推荐一款
张俊鹏 2021-11-19 12:47
写在前面 流程图是构思想法和设计的有效途径,好的流程图有助于理清思路。复杂的就不介绍了,这次就介绍一款 Microsoft Office 流程图软件: Visio ( https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/visio/flowchart-software )。如果你会用 Word 、 PPT 和 Excel ,那么 Visio 对你来说上手就不难 ...
个人分类: 科普|1483 次阅读|没有评论
miRNA靶基因与人类疾病
张俊鹏 2021-11-18 09:37
写在前面 在上一次,我们说了 miRNA 与人类疾病相关的数据库( miRNA 与人类疾病 )。细心的读者可能会问,它的靶基因与疾病相关的数据库又有哪些呢?那么,这次就说一下 miRNA 靶基因与人类疾病吧。 01 — miRNA 靶基因 miRNA 的靶基因有很多,例如 mRNA 、 lncRNA 、 circRNA 和 ...
个人分类: 科普|1535 次阅读|没有评论
miRNA与人类疾病
张俊鹏 2021-11-16 09:21
写在前面 众所周知, miRNAs 在细胞分化、细胞增殖、细胞生长、细胞迁移和细胞凋亡中发挥着重要作用。在调控靶基因方面, miRNAs 有点类似于滑动变阻器来调整蛋白质输出。滑动变阻器功能一旦失灵,可能会导致产生包括癌症在内的许多人类复杂疾病。那么,我们如何知道哪些 miRNAs 与人类疾病关联呢?根据关键词搜索文 ...
个人分类: 科普|1368 次阅读|没有评论
通路分析软件推荐一款
张俊鹏 2021-11-13 08:12
写在前面 在生物学里,通路通常指信号通路。常见的信号通路数据库有 KEGG ( https://www.kegg.jp/ )和 Reactome ( https://reactome.org/ )。我们也不用把信号通路想得很特殊,其实微观的信号通路跟宏观的交通路是类似的。交通路的要塞对应信号通路的关键分子,每条道路就代表不同分子间的作用关系。针 ...
个人分类: 科普|2603 次阅读|没有评论
miRNA与TF互为调控
张俊鹏 2021-11-11 09:16
写在前面 在前面几次( miRNA 靶基因系列: miRNA 靶基因识别 和 miRNA 靶基因识别:下一步 等),我们主要介绍了 miRNA 作为调控子来调控靶基因。在这种情况下, miRNA 是上游分子,靶基因是下游分子。那么,是否还有上游分子调控 miRNA ?答案是肯定的。这次就说一下调控 miRNA 的上游分子: TF ( t ...
个人分类: 科普|1660 次阅读|没有评论
miRNA靶基因之miRBaseConverter
张俊鹏 2021-11-9 09:30
写在前面 当使用异构数据源识别 miRNA 基因时,可能会遇到 miRNA 名称不一致的问题。例如,有些数据库中的 miRNA 版本比较低,但是有些数据库中 miRNA 又是最新版本。因此,在整合多种异构数据源之前,首先要将 miRNA 名称一致化。为了将 miRNA 名称一致化,这次就介绍一下 R 工具包 miRBaseConverter ( https://bio ...
个人分类: 科普|1250 次阅读|没有评论
网络可视化软件推荐两款
张俊鹏 2021-11-6 08:09
写在前面 网络是一种数据,也是一种信息和知识。在信息时代,网路无处不在。例如,人与人之间的关系、城市与城市之间交通关系、论文引证关系、基因之间的关系、信号之间的关系、蛋白质间的互作关系等等,都可以构成错综复杂的网络数据。对于网络而言,主要分为有向、无向和混合(包含有向和无向)三种类型。有向网络 ...
个人分类: 科普|2491 次阅读|没有评论
miRNA靶基因之miRLAB
张俊鹏 2021-11-4 15:17
写在前面 前面几次主要介绍了 miRNA 靶基因的方法简介与数据库。对于 miRNA 靶基因识别方法,一般比较零散。有些方法还不开放代码,所以结果很难复现。这次就介绍一个 R 工具包 miRLAB ( https://bioconductor.org/packages/miRLAB/ ),该工具包汇总 10 多种常规方法进行 miRNA 靶基因识别。 01 ...
个人分类: 科普|1764 次阅读|没有评论
miRNA靶基因之综合型数据库
张俊鹏 2021-11-3 09:35
写在前面 接着前两次的介绍( ​ miRNA 靶基因之实验验证型数据库 , ​ miRNA 靶基因之预测型数据库 ),这次就轮到综合型数据库了。 miRNA 靶基因综合型数据同时含有实验验证型和计算机预测两种类型数据。在 miRNA 靶基因识别领域,综合型数据库既可以被当成真实数据( ground truth ),又 ...
个人分类: 科普|1034 次阅读|没有评论
机器学习软件推荐一个
张俊鹏 2021-10-29 12:14
写在前面 谈起机器学习和数据挖掘,很多非计算机专业的人就望而却步。很重要的原因是,敲代码。这次就推荐一款无需敲代码的独立软件 Weka ,专门做机器学习和数据挖掘,用起来真的很香。当然, Weka 也为开发者提供了接口,方便用户开发新应用。 01 — Weka 之名 Weka 全称为怀卡 ...
个人分类: 科普|1558 次阅读|没有评论

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