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一份单细胞数据分析教程: 张俊鹏 2022-1-18 15:44; 写在前面单细胞测序让我们能够在前所未有的精度水平下研究基因表达，该技术同时衍生了众多单细胞数据分析方法。目前单细胞数据分析方法繁多，如何从这些方法中挑选适用于用户自己的单细胞数据分析方法，成为了大家的关注点。基于此，本次推荐一份单细胞数据分析教程《 Current best practices in single-cell RNA-se ...; 个人分类: 科普|3274 次阅读|没有评论

Ignite：5分钟短视频平台: 张俊鹏 2022-1-16 09:51; 给你 5 分钟（ 20 张幻灯片，每张停留 15 秒），你能够以科普形式讲清楚你从事的研究与工作吗？时间限制是一个挑战，该挑战要求演讲者必须用精炼和通俗的演讲方式来传递自己的思想。如果你想往这方面靠拢，本次就推荐一个 5 分钟短视频平台： Ignite （ http://www.ignitetalks.io/ ，图 1 ）。该平台致 ...; 个人分类: 科普|1825 次阅读|没有评论

基础模型的机遇与风险: 张俊鹏 2022-1-12 11:22; 写在前面随着适用于大范围数据训练和大规模下游任务分析的通用模型（例如 BERT 、 DALL-E 和 GPT-3 ）发展，人工智能（ Artificial Intelligence ，简称 AI ）正在经历范式变革。 AI 内的通用模型也叫基础模型，那么基础模型未来面临的机遇与风险如何？本次就推荐一篇发表在 arXiv 预印本的综述报告《 On the opport ...; 个人分类: 科普|1851 次阅读|没有评论

生物学家的机器学习指南: 张俊鹏 2022-1-10 11:33; 写在前面在 PLoS Computational Biology 杂志中，曾经发表了一篇标题为《 Ten simple rules for biologists initiating a collaboration with computer scientists 》（图 1 ）的文章。当生物学家想与计算机学家合作时，里面的第一条规则是：不要试图将计算机学家变成生物学家（ Do not try to turn them into biolo ...; 个人分类: 科普|1563 次阅读|没有评论

构建条件单细胞基因调控网络: 张俊鹏 2022-1-7 10:33; 写在前面基于单细胞转录组数据，我们有机会在单细胞精度水平下研究基因调控（单细胞水平 miRNA 调控）。在上次，已经推荐了 CSN （ C ell- S pecific N etwork ）方法来识别单细胞特异性基因网络。本次再介绍一个 CSN 改进方法： c-CSN （ C onditional C ell- S pecific N etwork ）。 ...; 个人分类: 科普|2023 次阅读|没有评论

因果推理综述推荐一篇: 热度 1 张俊鹏 2022-1-4 21:30; 因果推理可以让机器学习具备可解释性，将因果推理与机器学习结合，将是迈向人工智能 2.0 的关键步骤。既然这么重要，本次推荐 1 篇国产杂志《 Engineering 》邀约的综述性论文《 Causal Inference 》（图 1 ）。图 1 综述性论文《 Causal Inference 》该综述性论文由国内外在因果推理领 ...; 个人分类: 科普|2481 次阅读|3 个评论热度 1

miRNA活性识别之因果推理方法: 张俊鹏 2021-12-30 08:23; 写在前面因果推理模型除了识别 miRNA 靶基因（ miRNA 靶基因识别之 IDA ， miRNA 靶基因识别之 DirectTarget ， miRNA 靶基因识别之 JointIDA 和 miRNA 靶基因识别之 hiddenICP ），而且还能够识别 miRNA 活性。这次说一下基于因果推理方法识别 miRNA 活性。 01 — 动机 ...; 个人分类: 科普|2345 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别之hiddenICP: 张俊鹏 2021-12-28 11:48; 写在前面前三次说了基于因果推理方法识别 miRNA 靶基因（ miRNA 靶基因识别之 IDA ， miRNA 靶基因识别之 DirectTarget 和 miRNA 靶基因识别之 JointIDA ）。这次说一下基于 hiddenICP （ hidden I nvariant C ausal P rediction ）因果推理方法识别 miRNA 靶基因。 01 — ...; 个人分类: 科普|2286 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别之JointIDA: 张俊鹏 2021-12-23 11:09; 写在前面前两次说了基于 IDA （ I ntervention calculus when the D AG is A bsent ）因果推理方法识别 miRNA 靶基因（ miRNA 靶基因识别之 IDA 和 miRNA 靶基因识别之 DirectTarget ）。这次说一下基于 JointIDA （ Joint I ntervention calculus when the D AG is A bsent ）因果推理方法 ...; 个人分类: 科普|1715 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别之DirectTarget: 张俊鹏 2021-12-21 09:30; 写在前面上次说了基于 IDA （ I ntervention calculus when the D AG is A bsent ）因果推理方法识别 miRNA 靶基因（ miRNA 靶基因识别之 IDA ）。这次继续说基于 IDA 因果推理识别 miRNA 靶基因，方法为 DirectTarget 。 01 — 动机以往识别 miRNA 靶基因往往是直接和间接调控 ...; 个人分类: 科普|1548 次阅读|没有评论

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