写在前面 单细胞测序让我们能够在前所未有的精度水平下研究基因表达,该技术同时衍生了众多单细胞数据分析方法。目前单细胞数据分析方法繁多,如何从这些方法中挑选适用于用户自己的单细胞数据分析方法,成为了大家的关注点。基于此,本次推荐一份单细胞数据分析教程《 Current best practices in single-cell RNA-se ...
写在前面 在 PLoS Computational Biology 杂志中,曾经发表了一篇标题为《 Ten simple rules for biologists initiating a collaboration with computer scientists 》(图 1 )的文章。当生物学家想与计算机学家合作时,里面的第一条规则是:不要试图将计算机学家变成生物学家( Do not try to turn them into biolo ...
写在前面 基于单细胞转录组数据,我们有机会在单细胞精度水平下研究基因调控( 单细胞水平 miRNA 调控 )。在上次,已经推荐了 CSN ( C ell- S pecific N etwork )方法来识别单细胞特异性基因网络。本次再介绍一个 CSN 改进方法: c-CSN ( C onditional C ell- S pecific N etwork )。 ...
写在前面 前两次说了基于 IDA ( I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA 和 miRNA 靶基因识别之 DirectTarget )。这次说一下基于 JointIDA ( Joint I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法 ...
写在前面 上次说了基于 IDA ( I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA )。这次继续说基于 IDA 因果推理识别 miRNA 靶基因,方法为 DirectTarget 。 01 — 动机 以往识别 miRNA 靶基因往往是直接和间接调控 ...