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circMine:整合、分析和可视化人类疾病circRNA转录组的综合数据库
张俊鹏 2023-11-24 07:22
circMine :整合、分析和可视化人类疾病 circRNA 转录组的综合数据库 环状 RNA (circRNA) 是真核生物中由前体信使 RNA (mRNA) 反向剪接产生的共价封闭内源性 RNA ,它们主要是通过深度测序技术发现的。研究表明, circRNAs 通过充当 microRNA (miRNA) 海绵、竞争内源性 RNA (ceRNA) 、蛋白 ...
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CancerProteome:破译癌症中蛋白质组景观资源
张俊鹏 2023-11-23 13:38
CancerProteome :破译癌症中蛋白质组景观资源 精准医疗依赖于对特定分子变化的识别,从而对患者进行分层并选择有效的治疗方案。近年来,基因组学和转录组学在探索癌症易感性方面已经变得系统化,然而,癌症复杂的本质表明,仅靠基因组学不足以指导癌症患者的临床治疗。 蛋白质是细胞基因组编 ...
个人分类: 科普|624 次阅读|没有评论
NetSeekR:RNA转录组时序数据的网络分析管道
张俊鹏 2023-11-20 08:57
NetSeekR : RNA 转录组时序数据的网络分析管道 在过去十年中,由于 NGS 数据 ( 即 STAR , HISAT) 的可用性,开发了多个 RNA 转录组数据分析管道,提高了分析性能。这些管道通常运行在研究中心或云计算服务器上的大型计算平台上,提供从数百万个 reads 到数千个基因表达估计的数据摘 ...
个人分类: 科普|730 次阅读|没有评论
识别单个肿瘤的癌症驱动基因
张俊鹏 2023-11-17 13:14
识别单个肿瘤的癌症驱动基因 虽然治疗癌症的新方法的发展改善了某些癌症类型患者的生存前景,但其他癌症类型的死亡率却急剧上升。例如,在澳大利亚和美国,肝癌、胰腺癌、甲状腺癌和子宫癌的死亡率在过去四十年中稳步上升,预计其死亡率在未来将急剧上升。不出所料,这些癌症通常不能手术,缺乏有效的化疗选 ...
个人分类: 科普|682 次阅读|没有评论
利用agoTRIBE检测单细胞转录组内miRNA靶标
张俊鹏 2023-11-15 22:07
利用 agoTRIBE 检测单细胞转录组内 miRNA 靶标 miRNA 是小的非编码 RNA ,其转录后调节蛋白质编码基因的表达。从机制上讲,它们引导 Argonaute 效应蛋白到达信使 RNA 靶点,允许 Argonaute 和辅助因子抑制 mRNA 的翻译和 / 或促进降解。 miRNA 几乎存在于所有多细胞动物和植物中 ...
个人分类: 科普|805 次阅读|没有评论
单细胞基因组学似是而非的艺术
张俊鹏 2023-11-13 10:06
单细胞基因组学似是而非的艺术 “大数据”基因组数据集的高维性使得降维技术在过滤噪声、实现可处理计算和促进探索性数据分析 (EDA) 方面得到了广泛的应用。表面上看,这种简化的目标是从数据中保存和提取局部和 / 或全局结构,用于生物推理。常用技术的试错应用导致了目前流行的工作流程,将初始降维到 ...
个人分类: 科普|633 次阅读|没有评论
使用机器学习发掘抗衰老药物
张俊鹏 2023-11-8 09:08
使用机器学习发掘抗衰老药物 衰老是一种以细胞周期停滞、大分子损伤和代谢改变为特征的细胞状态。衰老表型可由多种细胞和环境应激因素触发,包括复制衰竭、致癌激活、化疗和放疗,并且已知对组织微环境有有益和有害的影响。例如,衰老有助于哺乳动物胚胎发育,促进伤口愈合和干细胞发育,并且是一种有效的肿 ...
个人分类: 科普|557 次阅读|没有评论
circExp:人类癌症circRNA基因表达在线转录组平台
张俊鹏 2023-11-6 11:35
circExp :人类癌症 circRNA 基因表达在线转录组平台 基因表达是将 DNA 编码的信息转化为功能性产物的过程。环状 RNA (circRNA) 是一类非编码 RNA ,它既与内源性 microRNA 竞争,又调节 RNA 结合蛋白,因此在转录和转录后水平上是重要的调节因子。环状 RNA 形成共价连接的连续环,在 ...
个人分类: 科普|633 次阅读|没有评论
CircNet 2.0:探索癌症中环状RNA调控网络数据库
张俊鹏 2023-11-3 12:39
CircNet 2.0 :探索癌症中环状 RNA 调控网络数据库 环状 RNA (circRNA) 是单链 RNA 分子,它们单独形成共价闭合的连续环。与线性 RNA 相比,环状 RNA 没有 5’ 和 3 ‘ 末端,因此抵抗外切酶介导的降解,使其成为高度稳定的分子。研究表明, circRNA 通过 “ 海绵 ”microRNAs (m ...
个人分类: 科普|549 次阅读|没有评论
单细胞RNA测序数据聚类的显著性分析
张俊鹏 2023-11-1 09:29
单细胞 RNA 测序数据聚类的显著性分析 无监督聚类广泛应用于单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 工作流程中。目标是检测不同的细胞群,这些细胞群可以被注释为已知的细胞类型或被发现为新的细胞类型。应用这些工作流的一个常见说法是,新的细胞亚型或状态已经被发现,因为聚类算法将与已知细胞类型相关 ...
个人分类: 科普|742 次阅读|没有评论

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