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怎样做开题报告?
热度 1 张俊鹏 2022-3-14 09:10
怎样做开题报告? 狭义而言,开题报告是本科生和研究生毕业的必备条件。广义而言,开题报告类似于课题或项目申请书,因而也是研究者争取课题和项目的必备文档。如何开好题,一直以来是每个研究者不断琢磨的必修课。早在 2005 年 6 月,美国雪城大学出版社出版了美国雪城大学教育学院两位国际教育研 ...
个人分类: 读书|2586 次阅读|1 个评论 热度 1
怎样做好一项研究?
张俊鹏 2022-3-10 08:39
怎样做好一项研究? 拿到一个课题或项目,研究者的初心都是想做好这个课题或项目研究。然而,要想做好一项研究,是一件不那么容易的事情。 2021 年 9 月,英国开放大学出版社出版了英国德蒙福特大学 Denscombe Martyn 教授的著作《 The Good Research Guide: Research methods for small-scale soci ...
个人分类: 读书|1609 次阅读|没有评论
NAguideR:填充蛋白质组学数据缺失值
张俊鹏 2022-3-7 17:36
简而言之,缺失值就是数据集中某个或某些属性的值为空。在现实数据中,这种现象普遍存在。比如,医生记录病人的信息时候,有些拿不定的属性值,习惯性的空缺。另外,有些测不出来的属性值,默认为空缺。导致缺失值的原因主要分为三类:完全随机,随机以及非随机。数据既然存在缺失,那么填充这些空缺成为数据预处理的必要 ...
个人分类: 科普|1421 次阅读|没有评论
临床医疗维修店铺
张俊鹏 2022-3-4 09:38
在前面几次,分享了 2017 级生物医学工程专业在昆明医科大学第二附属医院的临床医疗维修实习案例(参见 杰纳瑞 G3L 多参数监护仪维修案例 , 日本 JMS SP-500 型微量注射泵维修案例 , 沈大 350—5L 型高亮度冷光源维修案例 , 成都新兴牌 XX—LG350.2 型内窥镜冷光源维修案例 , 迈瑞 PM-7 ...
个人分类: 科普|1312 次阅读|没有评论
scIB:单细胞数据融合基准框架
张俊鹏 2022-2-18 08:45
给定一个疾病,围绕该疾病产生的单细胞数据会有许多个。这些单细胞数据的产生来自不同实验条件、不同实验室以及不同组织区域。如果我们想融合该疾病所有关联的单细胞数据,必须要解决的困难是:消除或者减轻这些不同单细胞数据之间复杂并且嵌套的批次效应( batch effect )。 何谓批次效应?简而言之,批 ...
个人分类: 科普|1614 次阅读|没有评论
mRNA表达无法取代蛋白质表达
张俊鹏 2022-2-16 16:59
基因表达涉及转录、翻译以及蛋白质和 mRNA 之间的转换率,其通路将基因型与表型有效的连接起来(图 1 )。蛋白质丰度多大程度取决于 mRNA 表达以及 mRNA 与蛋白质是否存在相关性,仍然是一个具有争议性的话题。由于 mRNA 与蛋白质的符号( symbol )名称一样,为了省事,许多研究者用 mRNA 表达近似取代蛋 ...
个人分类: 科普|2422 次阅读|没有评论
要选哪个蛋白质互作数据库作为先验信息?
张俊鹏 2022-2-14 09:16
作为中心法则的末端产物,蛋白质( Protein )是组成人体一切细胞、组织的重要有机大分子。可以说,没有蛋白质就没有生命,它是生命的物质基础,也是行使生命活动的主要执行者。在生命活动过程中,蛋白质通常与其他蛋白质结合,共同实现特定生物功能,这种结合被称为蛋白质互作( Protein-Protein Interaction )。众 ...
个人分类: 科普|1255 次阅读|没有评论
借助Bioconductor策划单细胞分析
张俊鹏 2022-2-10 10:47
单细胞测序技术的广泛应用使得我们能够从单细胞精度水平来研究基因。近几年,大量人力物力的投入产生了丰富的单细胞测序数据。基于这些单细胞测序数据,一系列数据驱动生物信息学方法被开发出来。从 2001 开始, Bioconductor 计划就致力于汇集高通量生物学数据分析的开源 R 软件包,其计划发展与高通量测序技术密 ...
个人分类: 科普|1616 次阅读|没有评论
预印本知多少?
张俊鹏 2022-2-7 09:35
预印本( Preprint )相对于后印本( Postprint ),两者最大的区别为是否经过了同行评议。预印本形式的出现在很大程度避免了研究成果的滞后和被抢发。虽然预印本的研究成果还未在正式刊物发表,但是也算是公开发表了,并且加快了与同行信息交流的速率。一般而言,研究成果分享的速度为:预印本最快,会议论文次之,期刊论 ...
个人分类: 科普|2126 次阅读|没有评论
IT问答平台:Stack Overflow
热度 1 张俊鹏 2022-2-1 10:35
前两次,介绍完国外知乎问答平台: Quora ( 国外知乎: Quora )和生信问答平台: Biostars 。本次就说一下专注于 IT 领域的问答平台: Stack Overflow (图 1 , https://stackoverflow.com/ )。 图 1 Stack Overflow 主页 Stack Overflow 是一个偏程序设计领域的问答平台。登录 ...
个人分类: 科普|1666 次阅读|2 个评论 热度 1

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GMT+8, 2022-9-28 04:39

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