科学网—zhangjunpeng的博文

DeepRIG：用图形自编码器模型从单细胞转录组推断基因调控网络

张俊鹏 2024-2-15 20:25

DeepRIG ：用图形自编码器模型从单细胞转录组推断基因调控网络与批量 RNA 测序 (RNA-seq) 技术相比，单细胞 RNA-seq (scRNA-seq) 数据提供了鉴定细胞异质性和动态细胞分化生物学过程的机会。在 scRNA-seq 数据中，基因调控网络 (GRN) 的重建可以成功揭示细胞分化机制。 GRN 是在基因水平上描述复杂生 ...

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SCA：基于信息降维恢复单细胞异质性

张俊鹏 2024-2-10 10:17

SCA ：基于信息降维恢复单细胞异质性单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 产生单个细胞的转录本计数，使生物组织的细粒度分析成为可能。单细胞数据集可以揭示在生物和病理现象中起关键作用的细胞群体和基因相互作用。识别和表征这种异质性是许多单细胞实验的关键动力。然而，单细胞数据的大小、高维和噪 ...

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GEARS：预测多基因扰动的转录结果

热度 1 张俊鹏 2024-2-7 08:35

GEARS ：预测多基因扰动的转录结果细胞对遗传扰动的转录反应揭示了细胞如何运作的基本见解。转录反应可以描述多种功能，从基因调控机制如何帮助维持细胞身份到调节基因表达如何逆转疾病表型。这对生物医学研究，特别是在开发个性化治疗方面具有重要意义。例如，通过基因扰动研究来验证药物靶点，增加了临床试验成 ...

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组学基准的挑战和最佳实践

张俊鹏 2024-2-5 09:00

组学基准的挑战和最佳实践组学技术产生大量的高维数据，可以使用各种计算方法和算法进行分析，以提取有意义的生物信息。这些分析方法的准确性、灵敏度、特异性和效率可能因所问的具体问题和输入的数据而有很大差异。通过执行严格的基准测试——比较不同分析方法的性能——研究人员可以确保他们的分析是基于最有效的审 ...

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利用差异因果效应识别失调癌症通路

张俊鹏 2024-2-2 10:17

利用差异因果效应识别失调癌症通路癌症的复杂性使得找到可靠的诊断和治疗方案成为一项艰巨的任务。几十年的研究提高了我们对这种难治性疾病的认识。然而，由于其高度可变性和环境特异性，仍然存在许多挑战，例如 : 关于组织和细胞类型。早期常见癌症类型的患者表现出良好的生存率，尽管罕见亚型由于不同的特征 ( ...

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COFFEE：一致性单细胞类型特异性基因调控网络推断

张俊鹏 2024-1-31 10:13

COFFEE ：一致性单细胞类型特异性基因调控网络推断生物系统的研究正在以几种不同的方式进行。分析染色质、转录因子和基因之间关系的一种流行方法是将它们表示为一个称为基因调控网络 (GRN) 的复杂网络。 GRN 对于理解细胞身份如何在疾病中建立和破坏至关重要。分析 GRN 的流行抽象是用图的形式，其 ...

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DeepCCI：从单细胞RNA测序数据中识别细胞-细胞相互作用的深度学习框架

张俊鹏 2024-1-29 13:17

DeepCCI ：从单细胞 RNA 测序数据中识别细胞 - 细胞相互作用的深度学习框架多细胞生命依赖于细胞活动的一致性，而细胞活动依赖于不同细胞类型之间的细胞 - 细胞相互作用 (CCIs) 。单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 技术在前所未有的分辨率水平上理解细胞机制方面取得了显着进展。尽管 scRNA- ...

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超越基准：迈向数据集特异性单细胞RNA-seq管道性能的预测模型

张俊鹏 2024-1-26 10:52

超越基准：迈向数据集特异性单细胞 RNA-seq 管道性能的预测模型单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 通过在单细胞分辨率下实现转录组范围内的基因表达定量，已经彻底改变了生物医学。 scRNA-seq 数据的分析通常是复杂的，需要多个相互作用的组件，如细胞过滤、归一化、降维和聚类，这些组件的选择可能影响 ...

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TimeTalk：破译早期胚胎发育过程中的细胞通讯

张俊鹏 2024-1-25 16:46

TimeTalk ：破译早期胚胎发育过程中的细胞通讯早期胚胎发育是一个多层次的调控过程，受精卵经过多轮卵裂形成一个自组织的空心球体结构，称为囊胚。在早期胚胎发育的初期，受精过程中，父亲的配子精子和母亲的配子卵细胞融合形成一个单细胞胚胎，称为受精卵。然后，单细胞胚胎受精卵经历多轮细胞分裂，伴随 ...

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绘制肿瘤的基因组异质性—从多细胞到单细胞

张俊鹏 2024-1-24 07:59

绘制肿瘤的基因组异质性—从多细胞到单细胞细胞是人体的基本组成部分。细胞中含有 DNA ，可以比作说明书。这个手册是用碱基 A 、 C 、 T 和 G 四个字母写的，它们结合在一起，指示细胞要制造什么产品。每个细胞都有自己独特的功能，就像使用手册中的不同章节一样。功能相同的细胞组成组织，不同的 ...

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