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ceRNA数据库下篇: 张俊鹏 2021-8-31 09:30; 写在前面在《 ceRNA 数据库上篇》和《 ceRNA 数据库中篇》中，分别对实验验证型和计算预测型数据库进行了梳理。在 ceRNA 数据库下篇，将介绍三款综合型数据库（ LncACTdb 、 LnCeVar 和 LnCeCell ，如表 1 ），都跟长链非编码 RNA （ lncRNA ）关联的 ceRNA 调控有关。其综合型体现在整合实验验证型和计算 ...; 个人分类: 科普|2406 次阅读|没有评论

文献管理器推荐一波！: 热度 1 张俊鹏 2021-8-29 08:17; 写在前面文献管理器就是存储期刊论文、会议论文、书籍、专利等文献资料的仓库。极少有论文不参考文献，而且每个杂志和会议对参考文献的格式也不尽相同。手动编辑只适用于引用 20-30 篇参考文献。如果需要引用更多的参考文献，就需要文献管理器辅助了。因为引用参考文献多的话，牵一发而动全身。那么，哪些文献 ...; 个人分类: 科普|8463 次阅读|1 个评论热度 1

ceRNA数据库中篇: 张俊鹏 2021-8-27 09:56; 写在前面在《 ceRNA 数据库上篇》中，介绍了两种实验验证型数据库（ miRSponge 和 LncCeRBase ）。虽然里面的高质量数据是生物湿实验得来的，但是其数据量极少。如果要进行后续交叉验证，覆盖面太小了。在这种情况下，计算机预测型数据库成为交叉验证的备选。所以，在 ceRNA 数据库中篇，就来看看一波计算机预测 ...; 个人分类: 科普|3319 次阅读|没有评论

ceRNA数据库上篇: 张俊鹏 2021-8-25 09:51; 写在前面简单来说，数据库就是存放数据的仓库和场所，本质上也就是一个文件。一般分为内部数据库（隐秘与独享）和外部数据库（公开与共享）两种类型。在生物医学领域，建立数据库具有耗时、耗力又耗人特点，尤其是建立用户非常友好的数据库。那么，为什么要建立数据库？最简单理由是快速、方便的查找和获取自己需要 ...; 个人分类: 科普|3245 次阅读|没有评论

ceRNA工具包之miRSM: 张俊鹏 2021-8-23 10:01; 写在前面在前面的文章《 ceRNA群体竞争怎样才能“入会”？》中，基于多种数据源，ceRNA群体竞争的“入会”条件主要有以下3条： i) 竞争群体 RNA 之间要充分共享 miRNAs （也就是竞争群体之间要有许多共同目标）。 ii) 竞争群体 RNA 之间要正相关（也就是竞争群体之间关系密 ...; 个人分类: 科普|1886 次阅读|没有评论

代码收留站推荐一波！: 张俊鹏 2021-8-21 08:11; 写在前面代码收留站是存储和分享代码的虚拟场所。发表文章，尤其是发表计算机和信息类的文章时，需要在代码收留站公开代码以帮助相关研究者重复论文主要研究结果。另外的用途是，相关研究者也可以利用代码收留站找“现成轮子”辅助自己研究。更高级的用途是，在代码收留站进行企业软件项目开发和管理。一般的用户， ...; 个人分类: 科普|2810 次阅读|没有评论

ceRNA工具包之SPONGE: 张俊鹏 2021-8-19 09:27; 写在前面在前面的文章《 ceRNA 个体竞争怎样才能 “ 入会 ” ？》中， “ 入会 ” 条件有一条：共享 miRNAs 前提条件下，竞争个体 RNA 之间的正相关关系波动很大（也就是共同目标能够很大程度上影响竞争个体之间的密切关系）。如果 0 代表没有波动， 1 代 ...; 个人分类: 科普|1971 次阅读|没有评论

ceRNA工具包之miRspongeR: 张俊鹏 2021-8-16 11:06; 写在前面其实， ceRNA 工具包 miRspongeR 在 5 年前就上线了。当时，它的名字叫 miRsponge 。由于与 ceRNA 数据库 miRSponge （ http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/ ）名称非常类似，所以就改成 miRspongeR 了（上线时间自然只有 2.5 年了，如图 1 ）。这几年， ceRNA 网络识别方法没有多大变化。未来，有 ...; 个人分类: 科普|2209 次阅读|没有评论

[转载]来来来，一起“撸”ceRNA模块！: 张俊鹏 2021-8-13 12:10; 写在前面 ceRNA “入会”系列：《 ceRNA 个体竞争怎样才能 “ 入会 ” ？》和《 ceRNA 群体竞争怎样才能 “ 入会 ” ？》分别讲述了加入“ ceRNA 网络”协会和“ ceRNA 模块”协会的“入会”条件和方式。现实情况：探究 ceRNA 个体竞争加入 “ ceRNA 网络”协会比较多，然而探究 ...; 个人分类: 科普|1521 次阅读|没有评论

[转载]从miRNA海绵到ncRNA海绵：因为“共同语言”: 张俊鹏 2021-8-6 09:32; 写在前面宏观层面，人、动物和植物等物种之间都有共同语言以便交流。如果没有共同语言，等同于鸡同鸭讲和对牛弹琴。微观层面，细胞间也存在共同语言进行通讯（ cell-cell communication ），甚至分子之间也存在共同语言，比如 ceRNA 或 miRNA 海绵竞争。本次就说说分子层面中 miRNA 海绵竞争所使用的语言， ...; 个人分类: 科普|2513 次阅读|没有评论

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