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差异表达分析:经典方法未必逊色于流行方法
张俊鹏 2022-5-11 09:11
差异表达分析:经典方法未必逊色于流行方法 差异表达一般指基因在不同组别(例如实验组 vs 对照组)内的表达水平具有显著性差异,该分析是转录组数据的常规步骤之一。目前,针对转录组数据,差异表达分析工具有 DESeq2 、 edgeR 、 limma-voom 、 NOISeq 、 dearseq 、 t-test 和 Wilcoxon ...
个人分类: 科普|1829 次阅读|没有评论
scIMC:填充单细胞转录组数据缺失值
张俊鹏 2022-5-9 07:43
scIMC :填充单细胞转录组数据缺失值 在之前,已经介绍了一款填充蛋白质组学数据缺失值的工具: NAguideR ( NAguideR :填充蛋白质组学数据缺失值 )。本次将介绍一个填充单细胞转录组数据缺失值工具 scIMC ( single-cell Imputation Methods Comparison platform , https://server.we ...
个人分类: 科普|1642 次阅读|没有评论
你衰老了吗?
张俊鹏 2022-5-4 08:41
你衰老了吗? “当独立、自助的生活不能再维持时,我们该怎么办?在生命临近终点的时刻,我们该和医生谈些什么?应该如何优雅地跨越生命的终点?”,这是美国作家 Atul Gawande 在畅销书籍《最好的告别》(图 1 )中的发问。《最好的告别》是一本关于衰老与死亡的书籍,并从医生角度对衰老与死亡 ...
个人分类: 科普|1612 次阅读|没有评论
你健康吗?
热度 3 张俊鹏 2022-4-29 12:17
你健康吗? 早晨的阳光洒在苍山千秋画的身上,穿上运动鞋,奔跑在运动场地;傍晚的余晖拨弄洱海万古琴的琴弦,拍拍身上尘埃,漫步在生态廊道。这是生活在大理的早晨和傍晚场景,也是追求健康生活每一天的写照(图 1 )。 图 1 苍山和洱海(网上供图) 大家都想要健康生活,一般 ...
个人分类: 科普|5894 次阅读|5 个评论 热度 3
6个,10个,14个......
张俊鹏 2022-4-27 07:33
6 个, 10 个, 14 个 ...... 法国童话《一个,两个,三个。。。。。。蘑菇下躲雨》(图 1 )讲述森林里的小动物找地方躲雨。小小的蘑菇在雨水滋润下,慢慢变大,容纳越来越多的小动物们纷纷挤到蘑菇底下躲雨。 图 1 《一个,两个,三个。。。。。。蘑菇下躲雨 ...
个人分类: 科普|5987 次阅读|没有评论
记一次主题编辑经历
热度 1 张俊鹏 2022-4-18 11:24
记一次主题编辑经历 为期 8 个月(从 2021 年 7 月 20 日至 2022 年 3 月 20 日)的 Frontiers in Molecular Biosciences 杂志的主题编辑工作终于落下帷幕了。本次研究主题为“ Computational Identification of ceRNA Regulation ”,已经在本公众号宣传了多次。以往大都以作者和审稿 ...
个人分类: 科普|1795 次阅读|2 个评论 热度 1
生物组织内细胞通讯
热度 1 张俊鹏 2022-4-8 21:00
生物组织内细胞通讯 在多细胞生物组织内,细胞往往通过介质将发送的信息传递给其他细胞。信息一旦发出,其他细胞会做出三种反应:响应、无响应和接收不到。这种模式非常类似于我们用电话跟其他人打电话时的场景,当我们拨打电话之后,对方也有三种反应:接电话、不接电话和无信号接收不到。一般而言,细胞 ...
个人分类: 科普|2187 次阅读|3 个评论 热度 1
TF靶标
张俊鹏 2022-4-5 12:32
TF 靶标 转录因子( Transcription Factor ,简称 TF )是一类与基因 5` 端上游特定序列结合的蛋白质,它能够调控基因的转录,并且让其以特定的强度在特定的时间与空 间进行表达。作为上游调控因子, TF 主要分为两类:普遍转录因子(与 RNA 聚合酶 Ⅱ 共同组成转录起始复合体)、组织细 ...
个人分类: 科普|1639 次阅读|没有评论
一对搭档:计算与生物
张俊鹏 2022-3-31 18:28
一对搭档:计算与生物 搭档是人类共谋或共做一事的称呼。“志同道合”、“一个好汉三个帮”、“集思广益”、“集成学习”都隐含了搭档的重要性。有人说,搭档的最好形式是优势互补。在生物信息学领域,就有一对最佳搭档:计算与生物。 计算属于计算机领域,如今的计算再也不是算盘和计算器, ...
个人分类: 科普|1241 次阅读|没有评论
癌症内RNA
热度 1 张俊鹏 2022-3-29 09:05
癌症内RNA 癌症( Cancer )定义为细胞分裂增殖机制失调,导致细胞增生异常的疾病。除了细胞分裂增殖异常,癌细胞的重要特性之一是具有转移特性,例如转移至其他组织。一般而言,不具备转移特性的肿瘤称为良性肿瘤。仅仅人类本身,已知的癌症就超过了 100 余种。关于众病之王癌症,它还有一个传 ...
个人分类: 科普|3378 次阅读|1 个评论 热度 1

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