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spongEffects：ceRNA模块识别: 张俊鹏 2023-9-4 11:10; spongEffects ： ceRNA 模块识别尽管最近在筛查、诊断和预后方面取得了进展，并且对肿瘤发生、进展和维持的机制也有了更多的了解，但到 2040 年，仅在美国，癌症死亡人数估计将达到每年 40 万人，这突显了对诊断、监测和治疗的创新方法需求。除了基因组变异和基因表达的传统研究外，鉴于 mic ...; 个人分类: 科普|471 次阅读|没有评论

包含细胞上下文信息的细胞互作数据库：CCIDB: 张俊鹏 2023-9-1 08:51; 包含细胞上下文信息的细胞互作数据库： CCIDB 生物系统由许多细胞组成，这些细胞之间的相互作用导致重要生物信号的交换，这些信号在维持生物功能方面发挥着重要作用。到目前为止，已经鉴定出各种类型的细胞 - 细胞相互作用（ CCI ），包括配体 - 受体相互作用、细胞外基质（ ECM ） - 受体和受 ...; 个人分类: 科普|403 次阅读|没有评论

小世界网络理论25周年: 张俊鹏 2023-8-30 17:28; 小世界网络理论 25 周年网络就像是研究许多物理系统的一个明显的数学框架，比如电网、大脑（图 1 ）和社交媒体平台。如今，有大量关于如何组织此类网络的理论工作，但事实并非总是如此。尽管对网络的研究有着悠久的历史，但在很长一段时间里，它最接近于将真实世界的网络描述为随机图，但大多数系 ...; 个人分类: 科普|516 次阅读|没有评论

生物信息学教育和培训面临的重大挑战: 张俊鹏 2023-8-28 07:02; 生物信息学教育和培训面临的重大挑战生命科学和健康科学界正面临着一个关键的挑战，即管理一个越来越定量和数据驱动的发现过程。应对这一挑战的关键是生物信息学，它可以被定义为从大量生物数据和信息中收集、管理、分析、建模和生成预测的科学。生物信息学是一个高度跨学科的领域，涉及许多专业的专业知识 ...; 个人分类: 科普|448 次阅读|没有评论

抗衰老策略的当前趋势: 张俊鹏 2023-8-25 07:59; 抗衰老策略的当前趋势衰老是人体发生系统性变化的自然过程，它导致功能下降，患年龄相关疾病的风险增加，最终导致死亡。尽管进行了几十年的观察和研究，但这一过程尚未被人类干预有效改变。然而抗衰老疗法和化妆品的市场价值近 600 亿美元，预计在未来 5 年内将增长 50% 。尽管人们对此非常感兴趣，但该领域 ...; 个人分类: 科普|447 次阅读|没有评论

miRNA靶向蛋白质编码区的规则: 张俊鹏 2023-8-23 07:56; miRNA 靶向蛋白质编码区的规则微小核糖核酸（ miRNAs ）是一种小的非编码 RNA ，构成 RNA 诱导沉默复合物（ RISC ）的靶识别成分。在这一作用中，他们通过将 RISC 募集到靶 mRNA 转录物中来促进基因表达，导致靶 mRNA 的翻译抑制或不稳定。 miRNAs 发挥作用的典型机制已经很好地建立起 ...; 个人分类: 科普|427 次阅读|没有评论

bmediatR：介导分析的贝叶斯模型选择方法: 张俊鹏 2023-8-21 12:13; bmediatR ：介导分析的贝叶斯模型选择方法介导分析试图通过确定中间变量（ M ）是否（至少部分）解释因变量（ Y ）对自变量（ X ）变化的反应来理解因果过程。尽管介导分析的因果解释受制于许多假设，但它在社会科学和自然科学中都得到了广泛应用。在生物医学背景下，介导分析已被用于研究 ...; 个人分类: 科普|474 次阅读|没有评论

scMTNI：从单细胞组数据集推断细胞谱系上的细胞类型特异性基因调控网络: 张俊鹏 2023-8-18 08:46; scMTNI ：从单细胞组数据集推断细胞谱系上的细胞类型特异性基因调控网络转录基因调控网络（ GRNs ）指定调控蛋白和靶基因之间的联系，并决定基因的空间和时间表达模式。这些网络在动态过程（如发育或疾病进展）中重新配置，以指定细胞类型特异性表达水平。单细胞组学技术的最新进展，如单细胞 RNA ...; 个人分类: 科普|602 次阅读|没有评论

MultiVI：多模态数据集成的深度生成模型: 张俊鹏 2023-8-16 09:49; MultiVI ：多模态数据集成的深度生成模型以单细胞分辨率分析转录和染色质可及性景观技术的出现对细胞类型和状态的编目至关重要。然而，单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）和转座酶可及染色质测序的单细胞测定（ scATAC-seq ）的大多数用途都受到限制，使得给定的细胞只能通过一种技术进行分析。最近 ...; 个人分类: 科普|609 次阅读|没有评论

推断人类神经发生过程中细胞类型特异性因果基因调控网络: 张俊鹏 2023-8-14 13:29; 推断人类神经发生过程中细胞类型特异性因果基因调控网络全基因组关联研究（ GWAS ）已经确定了许多与神经精神疾病风险相关的常见遗传变异以及其他大脑相关特征（如皮层结构）的个体间差异。单独的 GWAS 研究并不能产生分子、细胞和系统水平的因果通路，通过这些通路发现的遗传变异会影响性状。鉴于非编 ...; 个人分类: 科普|414 次阅读|没有评论

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