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你看同行评审意见与作者回复吗？: 张俊鹏 2021-12-11 08:27; 写在前面随着开放获取（ Open Access ）学术论文出版方式的进一步普及，学术论文的附件信息越来越丰富了。近年来，这些附件信息中出现了 Peer Review （同行评审）文件的身影。该文件记录了学术论文的同行评审意见以及作者对这些评审意见的点对点回复。如果遇到自己感兴趣的学术论文，翻看 Peer Review 文件还是挺有 ...; 个人分类: 科普|2784 次阅读|没有评论

单细胞水平miRNA调控: 张俊鹏 2021-12-9 07:24; 写在前面在前面聊 miRNA 调控的计算机方法时（ miRNA 靶基因识别， miRNA 靶基因识别：下一步），所利用的转录组数据都是群细胞（ bulk-cell ）基因表达数据。在群细胞内，基因表达是一群细胞“合唱”的结果。然而，事实上每个细胞都是独一无二的。为了获取每个细胞“独唱”结果，单细胞测序技术应运而生。 ...; 个人分类: 科普|2908 次阅读|没有评论

miRNA协作之因果推理方法: 张俊鹏 2021-12-7 15:56; 写在前面在上次，介绍了识别 miRNA 协作的方法 MFSN （ miRNA 协作之 MFSN ）。 miRNA 协作的计算机方法还是有一些，这次就介绍两个基于因果推理的 miRNA 协作识别方法。一个是模拟单基因敲除因果推理方法 mirSRN ，另外一个是模拟多基因敲除因果推理方法 miRsyn 。 01 — 模拟单基因敲 ...; 个人分类: 科普|1946 次阅读|没有评论

图标与插画网站推荐一个: 张俊鹏 2021-12-4 11:16; 写在前面早前，已推荐了流程图软件 Visio （流程图软件推荐一款）。有时候，画流程图需要素材（例如图表与插画），这些素材可能在 Visio 内找不到。这次就介绍一个免费的图标与插画网站： Iconfinder （如图 1 ， https://www.iconfinder.com/ ），辅助画出更好看的流程图或示意图。 ...; 个人分类: 科普|2220 次阅读|没有评论

miRNA协作之MFSN: 张俊鹏 2021-12-2 11:24; 写在前面在上次，我们说了 miRNA 协作的概念和存在的合理性（ miRNA 协作）。可能就会有人问，从生物信息学角度如何识别 miRNA 协作呢？这次，就介绍一种识别方法： MFSN 。 01 — MFSN MFSN （ miRNA– miRNA functional synergistic network ）是较早识别 miRNA 协作的生物信息学 ...; 个人分类: 科普|2336 次阅读|没有评论

miRNA协作: 张俊鹏 2021-11-30 09:26; 写在前面一个 miRNA 可以调控多个靶基因，一个靶基因也可以被多个 miRNAs 所调控。根据映射关系， miRNA 与靶基因是多对多（ many-to-many ）调控与被调控关系。这里多对多关系就隐含了 miRNA 之间存在协同互作来靶向下游基因，这就是今天要说的 miRNA 协作。 01 — 社会协作在谈论miRNA协作 ...; 个人分类: 科普|1936 次阅读|没有评论

文本编辑器推荐两款: 张俊鹏 2021-11-26 12:07; 写在前面在 Windows 系统里，常用的文本编辑器是 Word 、写字板和记事本，但对脚本编辑不是很友好。这次就推荐两款支持脚本运行的友好文本编辑器： EditPlus 和 Sublime 。 01 — EditPlus EditPlus （图 1 ）是一款由韩国 Sangil Kim 公司开发的 Windows 文本编辑器，脚 ...; 个人分类: 科普|2454 次阅读|没有评论

miRNA与EMT: 张俊鹏 2021-11-25 09:33; 写在前面在前面，我们关注了 miRNA 与人类疾病相关的数据库（ miRNA 与人类疾病）以及 miRNA 靶基因与人类疾病相关的数据库（ miRNA 靶基因与人类疾病）。这次，我们特别关注 miRNA 参与一个生物过程 EMT （ Epithelial-Mesenchymal Transition ）的情况。 01 — EMT EMT 中文翻译为 ...; 个人分类: 科普|2177 次阅读|没有评论

流程图软件推荐一款: 张俊鹏 2021-11-19 12:47; 写在前面流程图是构思想法和设计的有效途径，好的流程图有助于理清思路。复杂的就不介绍了，这次就介绍一款 Microsoft Office 流程图软件： Visio （ https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/visio/flowchart-software ）。如果你会用 Word 、 PPT 和 Excel ，那么 Visio 对你来说上手就不难 ...; 个人分类: 科普|2052 次阅读|没有评论

miRNA靶基因与人类疾病: 张俊鹏 2021-11-18 09:37; 写在前面在上一次，我们说了 miRNA 与人类疾病相关的数据库（ miRNA 与人类疾病）。细心的读者可能会问，它的靶基因与疾病相关的数据库又有哪些呢？那么，这次就说一下 miRNA 靶基因与人类疾病吧。 01 — miRNA 靶基因 miRNA 的靶基因有很多，例如 mRNA 、 lncRNA 、 circRNA 和 ...; 个人分类: 科普|2358 次阅读|没有评论

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