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ceRNA的贡献下篇
张俊鹏 2021-9-9 09:12
写在前面 2011 年 ceRNA 正式问世,至今已 10 年。 10 年的时间,成就了一批硕士和博士。在下篇,我们来看看 ceRNA 在国外的贡献。 国外学术论文情况 在 Web of Science 数据库里面搜索关键词“ ceRNA ”,国外的学术论文 4292 篇,情况如图 1-4 所示。总的情况是:在国外, ceRNA 发表论文基本呈上 ...
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ceRNA的贡献上篇
张俊鹏 2021-9-7 09:35
写在前面 2011 年 ceRNA 正式问世,至今已 10 年。 10 年的时间,成就了一批硕士和博士。在上篇,首先看看 ceRNA 在国内的贡献。 国内学术论文情况 在 CNKI 知网里面搜索关键词“ ceRNA ”,国内的学术论文 174 篇。情况如图 1-4 所示。总的情况是:在国内, ceRNA 发表论文呈上升趋势,学科主要集 ...
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生信书籍推荐一波!
张俊鹏 2021-9-4 08:45
现状 生物信息学学科日新月异,单本教材不可能将生物信息学的内容覆盖全。况且,每本教材根据主编的研究兴趣和方向,都有所侧重!所以,多个教材全部购买回来,取其内容的并集,覆盖面方能更全些。 国内主编: l 陈铭主编《生物信息学》教材 l 樊龙江主编《生物信息学》教材 l &n ...
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ceRNA数据库外篇
张俊鹏 2021-9-2 09:13
写在前面 在生物医学领域,数据库的地位不言而喻。好的生物医学数据库共有的特点有:用户友好、界面美观、操作简单、定期维护与更新等。对于生物医学数据库,哪里能够方便查找最新数据库与数据库更新版本呢? NAR 数据库专刊 每年 1 月, Nucleic Acids Research ( NAR )杂志都会有一期的 ...
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ceRNA数据库下篇
张俊鹏 2021-8-31 09:30
写在前面 在《 ceRNA 数据库上篇 》和《 ceRNA 数据库中篇 》中,分别对实验验证型和计算预测型数据库进行了梳理。在 ceRNA 数据库下篇,将介绍三款综合型数据库( LncACTdb 、 LnCeVar 和 LnCeCell ,如表 1 ),都跟长链非编码 RNA ( lncRNA )关联的 ceRNA 调控有关。其综合型体现在整合实验验证型和计算 ...
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文献管理器推荐一波!
张俊鹏 2021-8-29 08:17
写在前面 文献管理器就是存储期刊论文、会议论文、书籍、专利等文献资料的仓库。极少有论文不参考文献,而且每个杂志和会议对参考文献的格式也不尽相同。手动编辑只适用于引用 20-30 篇参考文献。如果需要引用更多的参考文献,就需要文献管理器辅助了。因为引用参考文献多的话,牵一发而动全身。那么,哪些文献 ...
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ceRNA数据库中篇
张俊鹏 2021-8-27 09:56
写在前面 在《 ceRNA 数据库上篇 》中,介绍了两种实验验证型数据库( miRSponge 和 LncCeRBase )。虽然里面的高质量数据是生物湿实验得来的,但是其数据量极少。如果要进行后续交叉验证,覆盖面太小了。在这种情况下,计算机预测型数据库成为交叉验证的备选。所以,在 ceRNA 数据库中篇,就来看看一波计算机预测 ...
个人分类: 科普|1590 次阅读|没有评论
ceRNA数据库上篇
张俊鹏 2021-8-25 09:51
写在前面 简单来说,数据库就是存放数据的仓库和场所,本质上也就是一个文件。一般分为内部数据库(隐秘与独享)和外部数据库(公开与共享)两种类型。在生物医学领域,建立数据库具有耗时、耗力又耗人特点,尤其是建立用户非常友好的数据库。那么,为什么要建立数据库?最简单理由是快速、方便的查找和获取自己需要 ...
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ceRNA工具包之miRSM
张俊鹏 2021-8-23 10:01
写在前面 在前面的文章《 ceRNA群体竞争怎样才能“入会”? ​ 》 ​ 中,基于多种数据源,ceRNA群体竞争的“入会”条件主要有以下3条: i) 竞争群体 RNA 之间要充分共享 miRNAs (也就是竞争群体之间要有许多共同目标)。 ii) 竞争群体 RNA 之间要正相关(也就是竞争群体之间关系密 ...
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代码收留站推荐一波!
张俊鹏 2021-8-21 08:11
写在前面 代码收留站是存储和分享代码的虚拟场所。发表文章,尤其是发表计算机和信息类的文章时,需要在代码收留站公开代码以帮助相关研究者重复论文主要研究结果。另外的用途是,相关研究者也可以利用代码收留站找“现成轮子”辅助自己研究。更高级的用途是,在代码收留站进行企业软件项目开发和管理。一般的用户, ...
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