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转录因子DNA结合与调控靶标重叠率低: 张俊鹏 2025-7-3 12:26; 转录因子 DNA 结合与调控靶标重叠率低在任何真核细胞中表达的 DNA 序列特异性转录因子的子集决定了其基本特性，包括基因表达模式、细胞身份以及对内在信号和环境变化的反应。转录因子通过与辅因子或基础转录机制的直接相互作用来调控转录起始或延长，或指导染色质修饰。大规模筛选表明，在没有其他 TF ...; 个人分类: 科普|300 次阅读|没有评论

PISA：植物自交不亲和综合知识库: 张俊鹏 2025-7-3 12:24; PISA ：植物自交不亲和综合知识库开花植物（被子植物）约占所有陆生植物的 90% ，是大多数生态系统的基础，在人类生计中起着关键作用。自交不亲和（ Self-incompatibility ， SI ）存在于 40% 以上的被子植物中，是一种阻止可育植物自交受精的生殖机制。作为一个严格的内屏障， SI 可以防止近亲 ...; 个人分类: 科普|296 次阅读|没有评论

整合单细胞和bulk转录组数据的人体组织基因表达图谱资源: 张俊鹏 2025-6-30 11:47; 整合单细胞和 bulk 转录组数据的人体组织基因表达图谱资源组学技术的快速发展使大规模项目能够绘制所有主要人体组织和器官的基因表达。人类细胞图谱（ www.humancellatlas.org ）等项目和 Tabula Sapiens 旨在使用单细胞测序系统地介绍每种细胞类型，而专门的计划，例如 Allen 脑图谱，都使用单 ...; 个人分类: 科普|496 次阅读|没有评论

SigXTalk：细胞通讯诱发的串扰识别: 张俊鹏 2025-6-27 09:30; SigXTalk ：细胞通讯诱发的串扰识别细胞中的调控通路几乎单独起作用，串扰通常存在于多个通路之间。这样的串扰可能共享上游细胞通讯（ CCC ）信号，中间调控子（例如转录因子）和下游靶基因。通路之间的串扰可以用作信号转导的有用功能。例如，共享受体 TGFBR1 和 TGFBR2 可以激活 Hippo 信号传导 ...; 个人分类: 科普|465 次阅读|没有评论

scMINER：单细胞数据聚类与暗驱动子推断互信息框架: 张俊鹏 2025-6-27 09:27; scMINER ：单细胞数据聚类与暗驱动子推断互信息框架细胞身份是由转录因子（ TF ）和信号蛋白（ SIG ）的连接和重新布线确定和调控的。确定这些网络的 “ 驱动因素 ” 对于理解细胞可塑性和动力学以及确定疾病的治疗靶标至关重要。下游靶基因的预测，也称为基因网络推断，目前是识别这些驱动因素的 ...; 个人分类: 科普|578 次阅读|没有评论

DiSC：个体水平单细胞数据的快速差异表达分析统计工具: 张俊鹏 2025-6-23 16:27; DiSC ：个体水平单细胞数据的快速差异表达分析统计工具单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）已成为通过细胞水平基因表达分析阐明复杂生物学过程的关键方法。这种高分辨率方法为包括 COVID-19 、自闭症、阿尔茨海默氏病和癌症等各种疾病提供了新见解。它具有表征细胞异质性，鉴定稀有细胞群体，阐明细胞相 ...; 个人分类: 科普|622 次阅读|没有评论

跨人类细胞TF驱动基因程序图谱: 张俊鹏 2025-6-23 16:25; 跨人类细胞 TF 驱动基因程序图谱单细胞技术和资源（例如人类细胞图谱（ HCA ））的最新兴起允许从多种不同的细胞类型和条件中记录基因表达和染色质可及性。现在，利用这些庞大的资源打开了在单细胞分辨率下大规模表征细胞类型的基因调控网络的可能性。这可以通过将计算方法与已知的分子相互作用偏好相 ...; 个人分类: 科普|591 次阅读|没有评论

因果涌现2.0：量化涌现复杂性: 张俊鹏 2025-6-23 16:23; 因果涌现 2.0 ：量化涌现复杂性复杂的系统跨尺度运行，因此证明了大量可能的描述。这导致了一种说法，即在复杂的系统中，如生物学中，“没有特权层次的因果关系”。但是，所有可能的尺度集合（即使在低维度形式）很大，即使对于小型系统，大多数是对系统因果关系工作的低级描述（例如，计算机的随机粗粒 ...; 个人分类: 科普|632 次阅读|没有评论

借助因果差异网络识别生物扰动靶标: 张俊鹏 2025-6-17 21:15; 借助因果差异网络识别生物扰动靶标细胞构成生物系统的基础，它们在其一生中都经历了多种动力状态。除了细胞周期之类的自然因素外，外部扰动（例如药物、基因敲低）还可以改变细胞状态。虽然扰动可以影响许多下游变量，但从细胞重编程到阐明作用机制，确定诱发这些转变的根本原因或目标具有巨大的治疗意义。 ...; 个人分类: 科普|758 次阅读|没有评论

cellSight：使用单细胞数据刻画细胞动力学: 张俊鹏 2025-6-17 21:13; cellSight ：使用单细胞数据刻画细胞动力学高通量单细胞技术的出现已经产生了前所未有的生物学数据量，在处理、分析和解释细胞异质性和动力学方面引起了重大计算挑战。单细胞基因组学领域强调了对能够处理复杂数据分析的复杂计算工具的需求，尤其是在理解细胞异质性及其时间动力学方面。最近在单细胞方法 ...; 个人分类: 科普|818 次阅读|没有评论

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