生物信息资源平台：bio.tools 

生命科学在很大程度上依赖于高通量技术来理解，例如，基因结构、表达、调节和变异对人类健康、福祉和环境的功能影响。其结果是前所未有的大量复杂的、高度异质的生物信息，这些信息可能跨越多个科学学科，如遗传学、生态学和农业。为此，开发了许多软件工具和数据库来管理和分析数据。这不仅对科学家提出了一个巨大的挑战，他们必须在浩瀚的可能性中找到相关的解决方案，而且对“蓝领生物信息学家”(Brad Chapman创造的，http://bcb.io)也是如此，他们必须解决大量的技术问题，因为他们必须从技术上多样化的资源中构建可用的协议和工作流程。因此，生物信息学帮助论坛(如BioStar)如此受欢迎也就不足为奇了。 

已经有很多努力帮助指导人们寻找和使用相关的生物信息学软件和数据库。这些包括由个别学术机构和研究基础设施提供的馆藏、专门的正式注册表和目录、软件平台、工具包、系统发行版、维基，以及网络上的多个特别列表。虽然这些计划很好地服务于目标受众，但没有一个单一的途径可以提供(i)资源描述语料库的一致性，(ii)对共同信息标准的坚持，以及(iii)可持续维护模型的基础，该模型可以在整个科学和技术范围内获得全面覆盖，并提供长期质量保证。 

本次介绍一个由ELIXIR支持的社区驱动计划，通过该计划，来自生物信息学领域的多个个体，包括用户、开发人员和现有的资源编目者，已经联合起来，从自下而上精确地建立了这样一个注册表。该注册表应有助于有效地发现和使用工具，从而为生命科学项目提供有用的支持。 

作者们为生物信息学工具和数据资源提出并实施了一个可持续的“联合管理模型”，开发者、供应商、集成商和编目者在其范围内维护和共享有关资源的信息:管理责任因此被分配。注册中心整理并提供在Web上分发的可用信息的统一“快照”，并为资源的注释提供支持和工具，使其符合共同标准。通过聚合来自外部资源的内容，利用现有的社区和已经创建的有价值的文档。贡献者不仅提供内容，而且还帮助开发用于对注册资源进行语义注释的底层本体EDAM（图1）。 

图1 EDAM概念。EDAM包括四个主要的子本体，定义了生物信息学中的常见概念:主题、操作、数据(包括标识符，第五个子本体)和数据格式。EDAM为描述注册表项提供了核心的科学概念 

截至2023年7月，bio.tools包含28229个资源，并且旨在成为传播生物资源的标准。访问和检索链接为：https://bio.tools/（图2）。 

图2 bio.tools主页 

参考文献

[1] Ison J, Rapacki K, Ménager H, Kalaš M, Rydza E, Chmura P, Anthon C, Beard N, Berka K, Bolser D, Booth T, Bretaudeau A, Brezovsky J, Casadio R, Cesareni G, Coppens F, Cornell M, Cuccuru G, Davidsen K, Vedova GD, Dogan T, Doppelt-Azeroual O, Emery L, Gasteiger E, Gatter T, Goldberg T, Grosjean M, Grüning B, Helmer-Citterich M, Ienasescu H, Ioannidis V, Jespersen MC, Jimenez R, Juty N, Juvan P, Koch M, Laibe C, Li JW, Licata L, Mareuil F, Mičetić I, Friborg RM, Moretti S, Morris C, Möller S, Nenadic A, Peterson H, Profiti G, Rice P, Romano P, Roncaglia P, Saidi R, Schafferhans A, Schwämmle V, Smith C, Sperotto MM, Stockinger H, Vařeková RS, Tosatto SC, de la Torre V, Uva P, Via A, Yachdav G, Zambelli F, Vriend G, Rost B, Parkinson H, Løngreen P, Brunak S. Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D38-47. doi: 10.1093/nar/gkv1116.

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. ​EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. ​EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库：ImmReg

13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台：ITCM

14. AgeAnno：人类衰老单细胞注释知识库

15. 细菌必需非编码RNA资源：DBEncRNA

16. 细胞标志物数据库：singleCellBase

17. ​实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述

18. 肿瘤免疫治疗基因表达资源：TIGER