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细菌必需非编码RNA资源:DBEncRNA

已有 1347 次阅读 2023-4-3 09:33 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

细菌必需非编码RNA资源:DBEncRNA 

必须非编码RNAessential ncRNA)的概念来源于必须基因(essential gene),它指的是生物体生存所必不可少的ncRNA。在原核生物细菌中,必需ncRNA 以作为药物开发的潜在靶标,以降低致病菌的耐药性。针对抗菌药物靶标发现和药物设计需求,细菌必须ncRNA数据库DBEncRNA(图1http://yeyn.group:86/)应运而生。 

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1 DBEncRNA数据库 

DBEncRNA数据库包含20株细菌中的884条必需ncRNA序列及相关信息。新月柄杆菌(Caulobacter crescentus) 的必需ncRNA数目(532)占近61%,鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii ATCC 17 978)的必需ncRNA数目(60)占近7%。对细菌必须ncRNA感兴趣的,可以查看DBEncRNA数据库的数据信息,尤其是可以使用序列比对预测必需ncRNA 

1 DBEncRNA数据库内数据信息

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参考文献

[1] YE Yuannong, LIANG Dingfa, ZENG Zhu. DBEncRNADatabase of Bacterial Essential ncRNA[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2022, 51(3): 348-352. doi: 10.12178/1001-0548.2021389 

以往推荐如下:

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库:CITEdb

5. EMT标记物数据库:EMTome

6. EMT基因数据库:dbEMT

7. EMT基因调控数据库:EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库:RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库:RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库:RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库:CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库:ImmReg

13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台:ITCM

14. AgeAnno:人类衰老单细胞注释知识库

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